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【求助】关于NBO分析键级
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应用Gaussian03对化合物进行了NBO分析以后，期望从中得到键级的信息，现在不知道在输出文件中具体的哪部分是该信息，请高手赐教。 请问是不是从下面输出文件矩阵中的对应数字就是键级啊，比如说，C2－N14的键级是1.6717？ 还有就是在输出文件中有如下信息： Atom-atom overlap-weighted NAO bond order: （矩阵） Atom-atom overlap-weighted NAO bond order, Totals by atom: （数列） MO bond order: （矩阵） 这些不同的键级都是从什么角度考虑的，又是怎么计算出来的？ 请问这些又都是些什么信息啊，文章中要讨论的“键级”到底应该怎么从输出文件中读取？ 现在有点糊涂，边上又没有课题问的人，现在请大家帮忙答疑一下。 谢谢！ 是不是在计算细节部分给出（ Wiberg bond index），就可以在后面的讨论部分用下图给出的数值讨论键级？ [ Last edited by yjcmwgk on 2009-11-13 at 19:25 ] |
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 气态分子化学动力学 |
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lxl8506
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8楼2009-02-12 18:58:28
2楼2009-02-10 10:44:51
3楼2009-02-10 10:55:22
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谢谢楼上，我的输入文件如下 %mem=1GB %nprocshared=2 %chk=D:\222.chk # ub3lyp/6-311g pop=nboread geom=connectivity Title Card Required 0 2 B 0.00000000 0.89787000 0.00000000 B 0.77757800 -0.44893500 0.00000000 B -0.77757800 -0.44893500 0.00000000 1 2 1.0 3 1.0 2 3 1.0 3 $nbo bndidx $end 但好像算不了。计算的是硼的三聚体。你知道是什么原因吗？（这个结构是优化后的结果） 提示为 Structure accepted: No low occupancy Lewis orbitals WARNING: 1 low occupancy (<0.9990e) core orbital found on B 1 1 low occupancy (<0.9990e) core orbital found on B 2 1 low occupancy (<0.9990e) core orbital found on B 3 --- Apparent excited state configuration --- The following "inverted" NBO labels reflect the actual hybrid overlap: NBO 39 has been relabelled BD Unable to label the NBOs properly: 8 unstarred orbitals 7 occupied orbitals Error Error termination via Lnk1e in C:\G03W\l607.exe at Tue Feb 10 11:33:57 2009. Job cpu time: 0 days 0 hours 0 minutes 10.0 seconds. File lengths (MBytes): RWF= 11 Int= 0 D2E= 0 Chk= 1 Scr= 1 [ Last edited by yzcluster on 2009-2-10 at 11:35 ] |
4楼2009-02-10 11:31:08
5楼2009-02-10 11:35:15
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提示为 Structure accepted: No low occupancy Lewis orbitals WARNING: 1 low occupancy (<0.9990e) core orbital found on B 1 1 low occupancy (<0.9990e) core orbital found on B 2 1 low occupancy (<0.9990e) core orbital found on B 3 --- Apparent excited state configuration --- The following "inverted" NBO labels reflect the actual hybrid overlap: NBO 39 has been relabelled BD Unable to label the NBOs properly: 8 unstarred orbitals 7 occupied orbitals Error Error termination via Lnk1e in C:\G03W\l607.exe at Tue Feb 10 11:33:57 2009. Job cpu time: 0 days 0 hours 0 minutes 10.0 seconds. File lengths (MBytes): RWF= 11 Int= 0 D2E= 0 Chk= 1 Scr= 1 |
6楼2009-02-10 11:36:03
7楼2009-02-10 11:46:58
yuhuobuku
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xuefei06(金币+3,VIP+0):thanks！ 2-12 20:15
xuefei06(金币+3,VIP+0):thanks！ 2-12 20:15
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讨论键级一般都是讨论WBI 从输出文件中找：Wiberg bond index matrix in the NAO basis 矩阵元即键级 矩阵中C2－N14和N14-C2的对应矩阵元数值都是一样的。 对开窍层和闭窍层体系的讨论还不太一样，给你摘录厦大论坛上看到一段只供参考： 以O2为例： 对于单重态（闭壳层）输入文件： —————————————————————————— #B3LYP/6-311++G(3df,2pd) opt Pop(nboread) HF 0 1 O 0.00 0.80 0.000000 O 0.00 0.80 1.200000 $NBO BNDIDX $END —————————————————————— 单重态闭壳层做最简单，在输出文件中，找 Wiberg bond index matrix in the NAO basis 它以矩阵的形式列出了分子间的键级。 注意一点：因为计算中有结构优化(opt)，所以一定要“从后往前”找 Wiberg bond index matrix in the NAO basis。 （你可以试试水的计算，我的计算结果是0.7924，差不多了。 三重态也差不多，输入文件： —————————————————————————— #uB3LYP/6-311++G(3df,2pd) opt Pop(nboread) HF 0 3 O 0.00 0.80 0.000000 O 0.00 0.80 1.200000 $NBO BNDIDX $END —————————————————————— 也是在输出文件中，找 Wiberg bond index matrix in the NAO basis 注意：因为是开壳层计算，所以会有alfa和beta电子的区别。 仍然是“从后往前”找 Wiberg bond index matrix in the NAO basis 找到的第一个其实是beta电子的，找到的第二个是alfa电子的，第三个是total的。 注意，关键在这里：对开壳层计算，不能直接用total的结果（可能程序有问题）， 而是应该用 (alfa+beta)*2 . 我计算的结果是： Total:1.5185 alfa :0.2620 (with around 1 electron in BD and 0 electron in BD*) beta :0.7521 (with around 3 electrons in BD and 0 electron in BD*) 用 (alfa+beta)*2＝2.0282， 刚好是O2三重态的键级。 单重态的计算肯定没有问题，多重态（开壳层）的计算方法是我自己琢磨的，不一定对。 不过我试了用开壳层的方法计算单重态，证实我的方法是对的，所以我比较自信这个方法。 应该是这些吧 Atom-atom overlap-weighted NAO bond order: Atom 1 2 ---- ------ ------ 1. O 0.0000 0.6958 2. O 0.6958 0.0000 Atom-atom overlap-weighted NAO bond order, Totals by atom: Atom 1 ---- ------ 1. O 0.6958 2. O 0.6958 MO bond order: Atom 1 2 ---- ------ ------ 1. O 0.0000 0.8710 2. O 0.8710 0.0000 我前面总结过了。 用AIM可以。不过有的体系会算不了。程序会出错。 用pop=nboread可以，对于单重态直接看Wiberg bond index matrix， 对于多重态也是看Wiberg bond index matrix， 不过是分别看alfa和beta的，要把alfa和beta的加起来，再乘以2。 （对于多重态这个方法是我自己摸索的，不一定对，不过对于好几个体系 我试过都是对的。） nbo 算的出键级的，在Natural Orbital Bond下，要把A轨道和B轨道的加起来在求平均值，就是键级 J. Comput. Chem. 19(6), 610-627(1998) |
9楼2009-02-12 19:41:01
10楼2009-02-12 23:58:36