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NicoleDH

银虫 (小有名气)

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[求助] USCF DOCK生成和产生对接空间的问题

刚开始接触DOCK6，按照官网上的对接教程做了一遍。后来拿了一个G-四链体（PDB ID:4DA3）做，发现几个问题，在网上搜了很多，关于dock的帖子太少。在这里请教一下各位。
问题一：
在准备受体分子表面文件时，终端输入：dms rec_noH.pdb -n -w 1.4 -v -o rec.ms，出现 No atoms in input file! 的错误提示，rec_noH.pdb不是空文件，为什么出现这种情况呢？终端不行，后来就在chimera界面上生成的dms文件。
问题二：
在生成spheres的时候，我需要的活性口袋没有生成spheres ,如附件，图一。活性中心是图一中黄色框的G平面。我听说有种方法是按照晶体复合物中的配体，手动添加配体位置一样的球，但是怎么做呢？
问题三：
前一步由于活性位点的地方没有生成球，我这设置选择离配体10A的地方的球为对接空间，显然是不对的，请教一下怎么解决。
问题四：
前面这些不对，就继续往后做了，结果半柔性对接时出现： ERROR:  Could not complete growth.
                                                                                                            Confirm that the grid box is large enough to contain the ligand,
                                                                                                            and try increasing max_orientations.
我看了一下，就算对接空间不对，盒子大小应该是可以的，max_orientations 500，1000,2000都试了，也还是这样。如图二。

请大家多多指教，非常感谢！好人一生平安！

图一