| 查看: 2091 | 回复: 5 | |||
[求助]
USCF DOCK生成和产生对接空间的问题
|
|
刚开始接触DOCK6，按照官网上的对接教程做了一遍。后来拿了一个G-四链体（PDB ID:4DA3）做，发现几个问题，在网上搜了很多，关于dock的帖子太少。在这里请教一下各位。 问题一： 在准备受体分子表面文件时，终端输入：dms rec_noH.pdb -n -w 1.4 -v -o rec.ms，出现 No atoms in input file! 的错误提示，rec_noH.pdb不是空文件，为什么出现这种情况呢？终端不行，后来就在chimera界面上生成的dms文件。 问题二： 在生成spheres的时候，我需要的活性口袋没有生成spheres ,如附件，图一。活性中心是图一中黄色框的G平面。我听说有种方法是按照晶体复合物中的配体，手动添加配体位置一样的球，但是怎么做呢？ 问题三： 前一步由于活性位点的地方没有生成球，我这设置选择离配体10A的地方的球为对接空间，显然是不对的，请教一下怎么解决。 问题四： 前面这些不对，就继续往后做了，结果半柔性对接时出现： ERROR: Could not complete growth. Confirm that the grid box is large enough to contain the ligand, and try increasing max_orientations. 我看了一下，就算对接空间不对，盒子大小应该是可以的，max_orientations 500，1000,2000都试了，也还是这样。如图二。 请大家多多指教，非常感谢！好人一生平安！  图一  图1.png  图二.png |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 分子模拟 |
» 猜你喜欢
售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急
已经有4人回复
-
某top大学教授说“能够在市场中兑现的能力才是真能力”无比同意！
已经有13人回复
-
同一个分子，一条来自文献，一条来自AI——不告诉你答案，你会选哪条？
已经有7人回复
-
售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急
已经有4人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急
已经有4人回复
-
售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急
已经有4人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有4人回复
-
售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有3人回复
-
售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急
已经有3人回复
-
售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急
已经有3人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
 |
2楼2017-08-19 05:58:17
 |
3楼2017-08-19 11:48:16
4楼2017-08-19 16:26:35
5楼2017-08-19 16:26:53
f959701991
银虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 240.5
- 红花: 1
- 帖子: 89
- 在线: 12.5小时
- 虫号: 4519753
- 注册: 2016-03-18
- 专业: 物理学II
6楼2018-07-14 13:47:17
