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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » 土壤DNA提取
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18699725315

新虫 (初入文坛)

[求助] 土壤DNA提取 已有2人参与

土壤微生物如果是保存原因，导致土壤DNA提取含量较低，条带不清楚，能否采用培养基定向分类培养，扩大微生物数量的方法进行后再提取土壤的DNA呀，还是应该怎么处理？求这方面的专家给出见解，不甚感激

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1楼 2017-08-11 17:19:17
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snoopytbw

荣誉版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
小冀-: 金币+1, 应助指数+1, 鼓励回帖交流 2017-08-16 09:42:49
培养后，菌群结构显著改变了，大量的优势菌把其他微生物全盖掉了。。肯定不行的。建议用专业的土壤DNA提取试剂盒，好像是罗氏的，有点贵，且操作很繁琐，优点是效率很高，提DNA很浓。自己查下好了。
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2楼2017-08-16 08:53:28
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Only菱花

禁虫 (正式写手)
本帖内容被屏蔽
3楼2017-08-16 09:01:55
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zhsmxfx

金虫 (小有名气)
有呢！博日公司好像有

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4楼2017-08-16 09:19:00
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微基生物

捐助贵宾 (小有名气)

技术专员
引用回帖:
3楼: Originally posted by Only菱花 at 2017-08-16 09:01:55
怎么土壤也有DNA的吗？把我看糊涂了，看来孤陋寡闻了……

土壤里面有微生物，微生物有DNA。
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专注微生物多样性分析QQ2758452825
5楼2017-08-21 17:18:00
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微基生物

捐助贵宾 (小有名气)

技术专员

【答案】应助回帖

如果是由于样本保存的原因，条带如果有拖尾的话，说明里面DNA已经降解了。（不过在现实中，及时是不放到-20或-80保存，土壤中应该也有微生物存在，特别是细菌的）。看你做什么了，如果做细菌，那么可以用16S的一段如（V3-V4）或（V4-V5），对抽提的DNA进行扩增，看看是否能扩出来。在我们公司的实际操作中，有时候土壤总DNA提的效果不好，但是16S的一段却扩的很好，如果这个扩的很好，也是也可以用的。你可以试一下。还有，也有可能是提取试剂盒的原因，你可以用一下天根的土壤DNA抽提试剂盒，效果不错的。建议不要用培养基定性培养，因为会改变里面微生物的群落结构。
如果真的是保存原因，那就只能重新取样了。
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专注微生物多样性分析QQ2758452825
6楼2017-08-21 17:22:03
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学爱临风

铁虫 (初入文坛)
土壤中含有大量的腐殖酸等酸类物质，对提取DNA有很大的影响。建议可以看看《土壤微生物DNA提取方法的研究》西北大学学报，2009，39（5）
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7楼2018-03-16 10:11:26
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xiayuran

银虫 (小有名气)
有大部分菌是不可培养的，会丢失很多信息，建议直接用试剂盒提取

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8楼2021-11-06 07:03:53
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菠萝生煎

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 微基生物 at 2017-08-21 17:22:03
如果是由于样本保存的原因，条带如果有拖尾的话，说明里面DNA已经降解了。（不过在现实中，及时是不放到-20或-80保存，土壤中应该也有微生物存在，特别是细菌的）。看你做什么了，如果做细菌，那么可以用16S的一段如 ...

学到了

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9楼2021-11-06 10:43:37
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