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melodysese

金虫 (著名写手)

[交流] iTRAQ蛋白质组学相关问题

我做iTRAQ的物种,之前没有人做过基因组和转录组,所以用的植物界总蛋白来鉴定可信蛋白的,也就是鉴定出的蛋白质都是其它物种的。因为我没找到和我情况类似的文献参考,,所以不知如何撰写讨论呢,大家遇到过这种情况或者这种情况的文献吗,急求赐教!金币奉上!
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笑侠楚留香

新虫 (小有名气)

★ ★
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西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2017-08-09 07:49:15
楼主研究的是很生僻的植物吗,如果是这种情况最好有该物种的转录组数据,实在没有的话只能映射到模式生物的蛋白数据库来鉴定了。
蛋白组学/代谢组学
2楼2017-08-06 23:20:43
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jinkairui123

铁虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
这种还是找几篇文章参考一下吧,肯定有的
武汉金开瑞生物,提供核酸和蛋白的整体研究方案
3楼2017-08-07 16:07:51
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melodysese

金虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 笑侠楚留香 at 2017-08-06 23:20:43
楼主研究的是很生僻的植物吗,如果是这种情况最好有该物种的转录组数据,实在没有的话只能映射到模式生物的蛋白数据库来鉴定了。

我做的两面针的种子,芸香科的植物,好像芸香科的植物做的人不多。我用的是植物总蛋白,不是模式植物拟南芥烟草番茄之类的的。所以很苦恼。

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4楼2017-08-08 09:20:40
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laop_530

新虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
做个转绿组吧,要不数据也不好用,转绿组现在也不贵

发自小木虫IOS客户端
5楼2017-08-08 11:05:19
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笑侠楚留香

新虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
总感觉用植物总蛋白不靠谱,有文献这么做过吗?楼主不要省钱了,做个转录组吧

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蛋白组学/代谢组学
6楼2017-08-08 16:27:45
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melodysese

金虫 (著名写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by laop_530 at 2017-08-08 11:05:19
做个转绿组吧,要不数据也不好用,转绿组现在也不贵

老师估计不会再做的,一是没有样品了,而是实验设计本身够悬
7楼2017-08-08 20:27:40
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笑侠楚留香

新虫 (小有名气)


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引用回帖:
7楼: Originally posted by melodysese at 2017-08-08 20:27:40
老师估计不会再做的,一是没有样品了,而是实验设计本身够悬...

那还是选个近源物种的蛋白数据库吧,用总蛋白不靠谱的

发自小木虫Android客户端
蛋白组学/代谢组学
8楼2017-08-09 07:46:40
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laop_530

新虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
7楼: Originally posted by melodysese at 2017-08-08 20:27:40
老师估计不会再做的,一是没有样品了,而是实验设计本身够悬...

正常样本就可以,不做的话你只能用总库搜了,但分析结果不一好

发自小木虫IOS客户端
9楼2017-08-09 14:42:50
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10楼2017-08-11 21:34:46
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