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暗淡的玉

新虫 (初入文坛)

[求助] smiles转分子式求助 已有1人参与

我从CHEMBL下下载到了大量活性小分子，但是它是SMILES格式，求教虫友怎么将SMILES格式转化为分子式，mol2格式那种的，而且可以一次性批量转化的
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1楼 2017-08-03 09:47:27
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瑭孜5555

新虫 (初入文坛)
可以通过chemdraw选择格式再保存，但是不知道能不能输入大量数据直接转化，我也没试过～请问如何使用Chembl下载所需的配体小分子呢？具体说，就是我想要FXR的所有结合物，还怎么操作呢

发自小木虫Android客户端
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5楼2018-01-10 00:34:56
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晋鹏

版主 (知名作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
解决：我只用原来的smiles来分析有机物的组成，然后我按照有机物的结构，单独找出来C,O的数量，其余元素，简单统计一下放在后面就好了。主要分为三部分，C数目，O数目,其他元素。

使用PHP进行结构式搜索的时候，发现获取到smiles无法进行查询操作，然后想到了转化为分子式的操作。
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及时行乐，人生不留遗憾！
2楼2017-08-03 10:49:45
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