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暗淡的玉

新虫 (初入文坛)

[求助] smiles转分子式求助 已有1人参与

我从CHEMBL下下载到了大量活性小分子,但是它是SMILES格式,求教虫友怎么将SMILES格式转化为分子式,mol2格式那种的,而且可以一次性批量转化的
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晋鹏

版主 (知名作家)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
解决:我只用原来的smiles来分析有机物的组成,然后我按照有机物的结构,单独找出来C,O的数量,其余元素,简单统计一下放在后面就好了。主要分为三部分,C数目,O数目,其他元素。

使用PHP进行结构式搜索的时候,发现获取到smiles无法进行查询操作,然后想到了转化为分子式的操作。
及时行乐,人生不留遗憾!
2楼2017-08-03 10:49:45
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暗淡的玉

新虫 (初入文坛)

内容已删除
3楼2017-08-04 16:06:02
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晋鹏

版主 (知名作家)

内容已删除
及时行乐,人生不留遗憾!
4楼2017-08-04 16:06:50
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瑭孜5555

新虫 (初入文坛)

可以通过chemdraw选择格式再保存,但是不知道能不能输入大量数据直接转化,我也没试过~请问如何使用Chembl下载所需的配体小分子呢?具体说,就是我想要FXR的所有结合物,还怎么操作呢

发自小木虫Android客户端
5楼2018-01-10 00:34:56
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