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莘芷

新虫 (初入文坛)

[求助] 您好,老师!目前我有一个物种的转录组unigene,现在我需... 已有1人参与

您好,老师!目前我有一个物种的转录组unigene,现在我需要从这些unigene中筛选出CYP450酶的基因,根据NCBI的比对结果,我筛选出645条unigene,但现在我不知道具体哪一天unigene是我所需要的,所以我应该怎样做才能缩小范围,尽快找出目标unigene?

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合欢花的忧伤

新虫 (著名写手)

2楼2017-07-30 09:34:11
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莘芷

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 合欢花的忧伤 at 2017-07-30 09:34:11
看表达量

怎样看表达量呢

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3楼2017-07-31 09:02:25
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lzh860801

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
LZ问题描述的不清楚,
如果只是寻找编码CYP450酶的基因,那么你的NCBI结果就是了,
但是你这里明显是有更具体的要求的,那肯定就需要结合其他信息来进一步筛选了,如同2L所说的看表达量就是其中一种,从你的645个候选中筛选出在你关注点上高表达的基因,这部份就可能是你正在需要的;
当然这部筛选后很可能依旧会存在很多个候选,那你就需要结合其他的实验材料来设计了,你这里情况说的太简单,别人没办法帮你
4楼2017-07-31 11:21:52
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莘芷

新虫 (初入文坛)

我现在只有Nr,Swissport,COG,KEGG的比对结果,可不可以根据这几项进行筛选呢 @hc-material

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5楼2017-07-31 15:15:55
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hc-material

专家顾问 (职业作家)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 莘芷 at 2017-07-31 15:15:55
我现在只有Nr,Swissport,COG,KEGG的比对结果,可不可以根据这几项进行筛选呢 hc-material

可以的
6楼2017-07-31 22:24:31
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莘芷

新虫 (初入文坛)

那我具体应该怎样进行呢,我对这方面不是很懂,还望能不吝赐教 @hc-material

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7楼2017-08-01 09:39:58
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