| 查看: 4578 | 回复: 12 | |||
| 【悬赏金币】回答本帖问题，作者天波稀客将赠送您 45 个金币 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
天波稀客金虫 (小有名气)
|
[求助]
求助高斯09计算中的stable与stable=opt的用法
|
||
| 本人最近在研究双自由基问题，高斯手册中提到臭氧分子是典型的双自由基分子(两个成单电子自旋相反)，我用"UCCSD(T)/aug-cc-pVTZ guess=mix stable"命令在高斯09中检测了它电荷为0自选多重度为1的波函数稳定性(已在相同计算水平下进行构型优化)，结果显示The wavefunction has an internal instability，我的哪里出现问题了呢？然后我又用"UCCSD(T)/aug-cc-pVTZ guess=mix stable"检测过它电荷为0自选多重度为3的波函数，结果也是The wavefunction has an internal instability，用"RCCSD(T)/aug-cc-pVTZ guess=mix stable"检测过它电荷为0自选多重度为1的波函数，结果显示The wavefunction has an RHF -> UHF instability。我现在找不到任何一个stable检测结果稳定的波函数，所以想不通。Sobereva老师曾给我指点用stable=opt命令，于是我用UCCSD(T)/aug-cc-pVTZ Stable=opt对电荷为0自选多重度为1的臭氧进行计算，结果提示出错Error termination in NtrErr: NtrErr Called from FileIO. 请懂这方面知识的老师帮忙指点一下，stable与stable=opt的用法，非常感谢！ |
回复此楼» 收录本帖的淘贴专辑推荐
 计算 |
» 猜你喜欢
“催化材料信息学”博士后 松山湖材料实验室联合招聘！待遇从优！
已经有5人回复
-
“催化材料信息学”博士后招聘！松山湖材料实验室联合招聘！待遇从优！
已经有5人回复
-
物理化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有133人回复
-
这代表水合肼加多少毫升啊求大佬讲解
已经有3人回复
-
“催化材料信息学”博士后招聘！松山湖材料实验室联合招聘！待遇从优！
已经有5人回复
-
“催化材料信息学”博士后招聘！松山湖材料实验室联合招聘！待遇从优！
已经有5人回复
-
“催化材料信息学”博士后招聘！松山湖材料实验室联合招聘！待遇从优！
已经有5人回复
-
求助好投的催化类二区SCI
已经有1人回复
-
大连海事大学青年千人团队招聘科研助理（博士研究生）启事
已经有11人回复
-
催化材料信息学博士后招聘 总包40-60w/年 松山湖材料实验室刘利峰研究员、张磊教授
已经有5人回复
-
催化材料信息学博士后招聘 总包40-60w/年 松山湖材料实验室刘利峰研究员、张磊教授
已经有5人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
paramecium86
版主 (著名写手)
- QC强帖: 5
- 应助: 567 (博士)
- 贵宾: 0.01
- 金币: 24973.9
- 红花: 338
- 帖子: 1976
- 在线: 1343.5小时
- 虫号: 2466443
- 注册: 2013-05-16
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 量子化学
★ ★ ★ ★ ★
zhou2009: 金币+5 2017-07-26 14:48:14
zhou2009: 金币+5 2017-07-26 14:48:14
|
Stable命令就是检查一下 波函数稳定不稳定 stable=opt就是检查一下 稳定就okay 不稳定就opt到稳定。 算自旋极化的单重态 波函数不稳定挺正常的。 不过这个错误一般是硬盘不够了才会出现的（查查输出文件里是不是还有 这句话 FileIO operation on non-existent file.） 如果有的话可以检查一下checkpoint所存放的磁盘是否够大？ 毕竟ccsdt这个级别的计算所用的硬盘量不小。 另外除了直接算整体也可以尝试在分子里设置片段 两边分别是三重态的 alpha和beta电子，这个如果你看sob的博客上写过一个讲这个的可以找找。 |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
天波稀客2楼2017-07-26 11:56:47
paramecium86
版主 (著名写手)
- QC强帖: 5
- 应助: 567 (博士)
- 贵宾: 0.01
- 金币: 24973.9
- 红花: 338
- 帖子: 1976
- 在线: 1343.5小时
- 虫号: 2466443
- 注册: 2013-05-16
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 量子化学
4楼2017-07-27 09:14:19
paramecium86
版主 (著名写手)
- QC强帖: 5
- 应助: 567 (博士)
- 贵宾: 0.01
- 金币: 24973.9
- 红花: 338
- 帖子: 1976
- 在线: 1343.5小时
- 虫号: 2466443
- 注册: 2013-05-16
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 量子化学
|
恩 我之前一直没理解对你的问题。看到你的input才反应过来了。 在用stable=opt的时候 前面不能是UCCSD（T） 因为stable这个命令只允许用在HF 和 DFT上的 因为 stable这个命令本身也就是检测wavefunction， 所以只作用在算HF-SCF这步，而之后UCCSD（T）会进入Post-HF步骤 所以这时候会出错。从output也能看出来 在你outpu中间已经检测到instability 但是因为之后马上进入post HF部分所以立即出错。 把UCCSD（T）改成 UHF 就能继续算下去。直到给出稳定的波函数。我算了下 out附上了，SCF能量从-224.343752990 降到了 -224.431617185。 至于 双自由基是单重态还是三重态稳定 这个还是看情况 不一定哪个低。一般来说 两个电子之间相互作用小 那么一般单重态能量比较低 比如O3 再比如·CH2-CH2-CH2· 另外 如果计算资源足够 我觉得还是用 MRCI的方法来算这样的开壳单重态比较好，只是单纯的HF-SCF 不但不容易converge而且还需要每次检验Stable。 |
» 本帖附件资源列表
-
欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：libolin3@tal.com - 附件 1 : stableopt_muchong.out
2017-07-27 23:40:22, 44.08 K
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
6楼2017-07-27 23:43:47
paramecium86
版主 (著名写手)
- QC强帖: 5
- 应助: 567 (博士)
- 贵宾: 0.01
- 金币: 24973.9
- 红花: 338
- 帖子: 1976
- 在线: 1343.5小时
- 虫号: 2466443
- 注册: 2013-05-16
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 量子化学
|
因为stable只检测 HF 或者 DFT 波函数的稳定性。 所以即使 写成 RCCSD(T) stable 实际上检测的还是 RHF wavefunction 检查完之后直接就结束任务 不进入post-HF部分 所以不会报错。 但是STABLE=opt的时候 检测完一次RHF 波函数之后因为不稳定要算下一个cycle 这时候就会先进入RCCSD（T）计算中的 post-HF部分 这时候就报错了。 不要用 UHF做 opt freq， 这个结构算出来是极为不靠谱的。 一个波函数算出来稳定不稳定 是跟结构有关系的。 比较靠谱的做法应该是 用 UCCSD（T）或者 RCCSD（T）做结构优化 。然后用UHF 或者 RHF 做stable检测在这个结构下给出的波函数稳定与否。（而且 高水平的RCCSD（T） 和 UCCSD（T）这两个计算中得出波函数都是 RHF 和 UHF给出的，后面的CCSD（T）部分只是算出更为准确的能量而已，然后基于这个能量去进行opt而已） 我也认同你们老师的说法。毕竟对于这种双自由基 HF给出的波函数是不能精确描述的 还是用 多参考multi reference（比如MRCI ） 的方法更靠谱 至于有的在B3LYp下 stable了到CCSD（t）就不稳定 我认为原因 首先是得到的结构的准确性不同，其次 B3LYP属于DFT，DFT方法中求解 KS方程和CCSD（T）中求解 HF方程 本质上是不同的。（虽然在高斯中描述方法都是给出个行列式，但是本质完全不同）所以给出波函数稳定性有不同很正常。 话又说回来 用单行列式的HF 波函数 去描述这种双自由基 并不是太好用的 sob写过一篇博客 http://sobereva.com/82 讲的这种对称性缺破的计算方法 还有一个讲的更加基础的文章 你也可以看看 http://blog.sina.com.cn/s/blog_7fc1bcdf0102v7nt.html 再次再次 我不是啥老师哈 我博士都还没毕业 上来是交流交流学习学习。 |
8楼2017-07-28 21:40:13
10