| 查看: 4574 | 回复: 12 | |||
| 【悬赏金币】回答本帖问题，作者天波稀客将赠送您 45 个金币 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
天波稀客金虫 (小有名气)
|
[求助]
求助高斯09计算中的stable与stable=opt的用法
|
||
| 本人最近在研究双自由基问题，高斯手册中提到臭氧分子是典型的双自由基分子(两个成单电子自旋相反)，我用"UCCSD(T)/aug-cc-pVTZ guess=mix stable"命令在高斯09中检测了它电荷为0自选多重度为1的波函数稳定性(已在相同计算水平下进行构型优化)，结果显示The wavefunction has an internal instability，我的哪里出现问题了呢？然后我又用"UCCSD(T)/aug-cc-pVTZ guess=mix stable"检测过它电荷为0自选多重度为3的波函数，结果也是The wavefunction has an internal instability，用"RCCSD(T)/aug-cc-pVTZ guess=mix stable"检测过它电荷为0自选多重度为1的波函数，结果显示The wavefunction has an RHF -> UHF instability。我现在找不到任何一个stable检测结果稳定的波函数，所以想不通。Sobereva老师曾给我指点用stable=opt命令，于是我用UCCSD(T)/aug-cc-pVTZ Stable=opt对电荷为0自选多重度为1的臭氧进行计算，结果提示出错Error termination in NtrErr: NtrErr Called from FileIO. 请懂这方面知识的老师帮忙指点一下，stable与stable=opt的用法，非常感谢！ |
回复此楼» 收录本帖的淘贴专辑推荐
 计算 |
» 猜你喜欢
MPMA是什么化合物的缩写
已经有1人回复
-
biologic电化学工作站
已经有0人回复
-
物理化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有99人回复
-
“催化材料信息学”博士后 松山湖材料实验室联合招聘！待遇从优！
已经有5人回复
-
“催化材料信息学”博士后招聘！松山湖材料实验室联合招聘！待遇从优！
已经有5人回复
-
ACS Nano投稿后分配到副编辑手里12天了，能确定送审了吗？
已经有10人回复
-
国自然基金公布的时候基金号有吗
已经有11人回复
-
“催化材料信息学”博士后招聘！松山湖材料实验室联合招聘！待遇从优！
已经有5人回复
-
“催化材料信息学”博士后招聘！松山湖材料实验室联合招聘！待遇从优！
已经有5人回复
-
“催化材料信息学”博士后招聘！松山湖材料实验室联合招聘！待遇从优！
已经有5人回复
-
循环伏安活化
已经有0人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
天波稀客
金虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 837.5
- 散金: 20
- 帖子: 74
- 在线: 15.2小时
- 虫号: 4146310
- 注册: 2015-10-15
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
送红花一朵|
首先谢谢您的回答！但是我对高斯手册中提到臭氧分子是典型的双自由基分子(两个成单电子自旋相反)，用"UCCSD(T)/aug-cc-pVTZ guess=mix stable"命令在高斯09中检测了它电荷为0自选多重度为1的波函数稳定性，结果显示The wavefunction has an internal instability，还是非常不解。另外想问一下您，臭氧分子是不是双自由基分子呢？双自由基分子都是单重态的吗？如果您了解这方面知识拜托相告，非常感谢！至于那个Error termination in NtrErr: NtrErr Called from FileIO的出错，文件里并没有FileIO operation on non-existent file这句话 ，应该不会是磁盘内存不足问题引起的出错，文件尾部信息见下文： Error termination in NtrErr: NtrErr Called from FileIO. Error: segmentation violation rax 0000000000000000, rbx 00000000012d74c0, rcx ffffffffffffffff rdx 0000000000013a8c, rsp 00007ffc177bef68, rbp 00007ffc177bef90 rsi 000000000000000b, rdi 0000000000013a8c, r8 00002b58abdd72c0 r9 0000000000000000, r10 00007ffc177becf0, r11 0000000000000202 r12 00007ffc177bf138, r13 00007ffc177bf140, r14 000000000131cb48 r15 00002b58acab3350 --- traceback not available -----Phoenix cluster job statistics----- Time info: real 0m4.480s user 1m6.986s sys 0m1.249s Disk space usage: 15M /scratch/2439851.phoenix.chem.wisc.edu |
3楼2017-07-26 22:16:06
天波稀客
金虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 837.5
- 散金: 20
- 帖子: 74
- 在线: 15.2小时
- 虫号: 4146310
- 注册: 2015-10-15
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
|
您好，以下是我上传的三个文件：u1_stb_O3.out文件是使用# UCCSD(T)/aug-cc-pVTZ Guess=mix Stable命令，对电荷为0多重度为1的O3分子波函数检测output文件，u1_stbopt_O3.gjf文件是对电荷为0多重度为1的O3分子波函数优化的输入文件，u1_stbopt_O3.out是对应的输出文件。谢谢！ |
» 本帖附件资源列表
-
欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：libolin3@tal.com - 附件 1 : u1_stb_O3.out
- 附件 2 : u1_stbopt_O3.gjf
- 附件 3 : u1_stbopt_O3.out
2017-07-27 09:56:22, 27.21 K
2017-07-27 09:56:40, 371 bytes
2017-07-27 09:56:48, 31.32 K
5楼2017-07-27 10:00:09
天波稀客
金虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 837.5
- 散金: 20
- 帖子: 74
- 在线: 15.2小时
- 虫号: 4146310
- 注册: 2015-10-15
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
送红花一朵|
非常感谢您的耐心解答，也非常钦佩您扎实的理论功底，看完此条回复豁然开朗了很多也惭愧很多，尽管您讲的有些理论知识我尚不懂，但一定还会查阅相关资料努力完全搞明白您的此条回复。另外，麻烦老师您再给我指点两个这方面的问题可以吗？我懂得太少实在不好意思~ ①您的回复中"因为stable这个命令只允许用在HF 和 DFT上"，这里的"stable这个命令"是不是仅指"stable=opt"这个命令呢？因为我只添加stable命令能正常结束对O3分子在RCCSD(T)/aug-cc-pVTZ或UCCSD(T)/aug-cc-pVTZ计算水平下的波函数稳定性检测，只不过高斯手册上讲它开壳层多重度为1的波函数稳定，而我在该计算水平上并未得到"The wavefunction is stable under the perturbations considered"的输出文件，有老师给我讲双自由基在CCSD(T)的计算水平上不会检测到波函数稳定"The wavefunction is stable under the perturbations considered"的结果，真的是这样吗？ ②我用"UHF/aug-cc-pVTZ opt freq"命令对电荷为0多重度为3的O3分子优化后，再用"UHF/aug-cc-pVTZ stable"命令检测该优化后的波函数，竟然在输出文件中给出"The wavefunction is stable under the perturbations considered"的检测稳定结果，令我十分惊讶、不安和疑惑，而改用"UHF/aug-cc-pVTZ stable=opt"命令后输出文件的中间部分却给出了"The wavefunction has an internal instability."的检测不稳定结果，并且优化后的SCF能量从=-224.410381降到了-224.4250151。而在同一计算水平下，用同样的操作，闭壳层的O3分子和开壳层多重度为1的O3分子均没有检测稳定的结果。老师您知道是哪里有问题吗？是较低水平的计算方法(如HF或B3LYP)做波函数检测不准确吗？有些分子在B3LYP方法下优化后做波函数的stable检测稳定，而换到高水平的CCSD(T)方法下优化后做波函数的stable检测却不稳定，是我猜想的计算水平会影响波函数检测准确性的原因吗？若是的话我该在什么标准下的计算水平做stable检测呢？ 再次感谢您对我的耐心和热情，请原谅我这个小白的很多无知，真心谢谢，期待您的回复！谢谢！ |
7楼2017-07-28 09:34:59
天波稀客
金虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 837.5
- 散金: 20
- 帖子: 74
- 在线: 15.2小时
- 虫号: 4146310
- 注册: 2015-10-15
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
9楼2017-07-28 22:24:26
天波稀客
金虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 837.5
- 散金: 20
- 帖子: 74
- 在线: 15.2小时
- 虫号: 4146310
- 注册: 2015-10-15
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
10楼2017-07-28 22:58:20
5