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amoschen

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】如何利用MD进行模拟退火

请问应该如何利用MD进行模拟退火?我是新手,在看到一篇文献----“苯并三唑与氧化亚铜晶体相互作用的MD模拟”中讲到:“为了克服空间取样缓慢的难题,采用了模拟退火技术”但是没有说明具体的做法,请教各位高手可不可以详细的解释一下模拟退火的具体做法。
      感激不尽!谢谢

[ Last edited by zdhlover on 2009-11-21 at 15:10 ]
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长

★ ★ ★
lei0736(金币+3):谢谢 2-3 10:29
你要进行分子动力学得用MD软件吧,基本MD程序都可以进行分子动力学模拟的退火模拟,你所要做的只是学习软件使用方法,即怎么去退火而已
个人博客:[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
2楼2009-02-02 11:34:10
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lei0736

荣誉版主 (职业作家)

优秀版主


gwdavid(金币+1,VIP+0):谢谢! 2-4 22:44
升温再降温
3楼2009-02-02 12:32:54
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚

★ ★
lei0736(金币+2):谢谢 2-3 10:30
引用回帖:
Originally posted by gwdavid at 2009-2-2 11:34:
你要进行分子动力学得用MD软件吧,基本MD程序都可以进行分子动力学模拟的退火模拟,你所要做的只是学习软件使用方法,即怎么去退火而已

呵呵,你要是特别喜欢的话(打死俺也不信!),
你可以自己编一个模拟退火的程序,
再在这个程序中,调用一个动力学软件/模块。
4楼2009-02-02 18:45:42
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长


yuhuobuku(金币+1,VIP+0):欢迎参加讨论 3-16 12:50
引用回帖:
Originally posted by yalefield at 2009/2/2 18:45:


呵呵,你要是特别喜欢的话(打死俺也不信!),
你可以自己编一个模拟退火的程序,
再在这个程序中,调用一个动力学软件/模块。

老汉说到这里,我突然想到,不管是论坛里还是QQ群里,都经常有朋友说到“自己编段程序”,但是我想多数人还是对此处于混沌状态,你觉得您单独开个帖扫盲一下在“计算模拟领域”要写程序时,语言选择,工具选择,平台(OS)选择方面的问题是否可行?说实话也有些私心哦,呵呵,狂想看
个人博客:[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
5楼2009-02-03 22:11:51
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚


gwdavid(金币+1,VIP+0):呵呵! 2-4 22:44
引用回帖:
Originally posted by gwdavid at 2009-2-3 22:11:
老汉说到这里,我突然想到,不管是论坛里还是QQ群里,都经常有朋友说到“自己编段程序”,但是我想多数人还是对此处于混沌状态,你觉得您单独开个帖扫盲一下在“计算模拟领域”要写程序时,语言选择,工具选择 ...

嘻嘻,你要累死/勒死俺不成?
别着急,现在科学出版社和化学化工出版社正在组稿,关于科学领域中的计算模拟方面的。
不过,俺看将开发的还是太少。
明天吧,不,明年吧。总不能都是“被逼的”。
6楼2009-02-04 11:30:07
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长

科学出版社和化学化工出版社正在组稿?这是什么意思啊?
个人博客:[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
7楼2009-02-04 11:44:48
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚


gwdavid(金币+1,VIP+0):谢谢! 2-4 22:44
引用回帖:
Originally posted by gwdavid at 2009-2-4 11:44:
科学出版社和化学化工出版社正在组稿?这是什么意思啊?

每隔一段时间,出版社都会计划出版一套反映学科发展的专著。
8楼2009-02-04 16:46:38
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wuhanhgf2002

金虫 (正式写手)

支持开个帖扫盲一下在“计算模拟领域”要写程序时,语言选择,工具选择,平台(OS)选择方面的问题。
9楼2009-02-06 09:35:32
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老虎大王

木虫 (著名写手)

★ ★ ★ ★ ★
lei0736(金币+5,VIP+0):谢谢 欢迎高手常来 2-10 09:18
自己写程序,自己用,不需要在语言、工具、平台方面做什么选择,自己熟悉什么就用什么吧。

以前,用fortran的很多。我最早是用Qbasic,后来都是用fortran了。但是现在,用c++的越来越多,还有不少使用matlab等工具软件的。

如果你计算中需要大量的矩阵相关运算,或者需要解方程之类的,就不妨学学使用matlab、Mathematica、scilab、octave等这些数学工具软件,这些软件的好处是有很多数学处理过程都被做成了现成的函数,而且在计算过程中可以随时作图,考察计算结果。scilab和octave都是免费软件,我个人很支持使用这样的免费软件。

如果你想搞个比较好的界面,可以用VB,Vc等来开发,当然也可用matlab。

如果你比较重视自己设计算法,比如想在节省运算时间和节省内存之间做出选择,或者并不重视界面开发和图形显示,可以用fortran或一般的c++等语言。

关于平台选择,我看无所谓。不过Linux下的免费编译软件比较多。

[ Last edited by 老虎大王 on 2009-2-10 at 10:30 ]
10楼2009-02-09 20:15:10
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