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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 分类/鉴定 » 环境微生物多样性高通量测序的ITS扩增问题？
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99putao99

新虫 (初入文坛)

[求助] 环境微生物多样性高通量测序的ITS扩增问题？ 已有3人参与

我在做环境微生物多样性高通量测序和多样性分析，可是我扩ITS总是扩不出来，是不是环境中的真菌含量太少了，还是我PCR操作的问题啊
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1楼 2017-07-21 16:32:35
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小冀-

版主 (著名写手)

优秀版主优秀版主

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你可以先用实验室分纯出来的真菌扩增一下，如果可以扩出来，那应该不是PCR的问题，如果p不出来，或许是因为DNA没有提出来
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···
2楼2017-07-21 17:04:18
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99putao99

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 小冀- at 2017-07-21 17:04:18
你可以先用实验室分纯出来的真菌扩增一下，如果可以扩出来，那应该不是PCR的问题，如果p不出来，或许是因为DNA没有提出来

DNA拿来扩16S可以扩得很好
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3楼2017-07-21 17:47:15
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小冀-

版主 (著名写手)

优秀版主优秀版主
引用回帖:
3楼: Originally posted by 99putao99 at 2017-07-21 17:47:15
DNA拿来扩16S可以扩得很好...

那估计是土壤中微生物的DNA提得不好
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···
4楼2017-07-21 21:01:25
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美亿美生物

捐助贵宾 (职业作家)

技术服务-实验代做

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
环境微生物的提取DNA，真菌的量总体来说是比细菌要少。所以提取这一个步骤要细致。保证可以提取出DNA。然后再重复扩增，看产物。
很多情况下，琼脂糖检测是有DNA的，但是扩增不出来，一方面是真菌的量少，另一方面是扩增的问题。从这2个方面排查
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5楼2017-07-22 10:28:30
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欧易

新虫 (小有名气)
小冀-: 屏蔽内容, 违规存档, 广告，被人举报 2017-07-25 08:34:43
本帖内容被屏蔽
6楼2017-07-24 00:06:40
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99putao99

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 欧易 at 2017-07-24 00:06:40
给我们测，只需提供样品，后面的全包

样品已经提完DNA了  没有样品了
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7楼2017-07-24 15:00:06
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99putao99

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 美亿美生物 at 2017-07-22 10:28:30
环境微生物的提取DNA，真菌的量总体来说是比细菌要少。所以提取这一个步骤要细致。保证可以提取出DNA。然后再重复扩增，看产物。
很多情况下，琼脂糖检测是有DNA的，但是扩增不出来，一方面是真菌的量少，另一方面 ...

现在琼脂糖检测是有DNA  16S也可以扩出来 ITS扩不出来 怎么办呢
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8楼2017-07-24 15:01:35
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美亿美生物

捐助贵宾 (职业作家)

技术服务-实验代做

【答案】应助回帖

引用回帖:
8楼: Originally posted by 99putao99 at 2017-07-24 15:01:35
现在琼脂糖检测是有DNA  16S也可以扩出来 ITS扩不出来 怎么办呢...

恭喜，中标了。我们很早测过一批土壤，折腾了一个月。光提取上就不停的重复，将DNA混合再扩。后来让客户重新再送土壤，再混合土壤提取，再混合DNA扩增，我勒个去。真菌，想说爱你不容易呀
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9楼2017-07-24 17:10:44
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liuanna

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

小冀-: 应助指数+1 2017-07-28 09:05:26
问题有可能出现的地方：
1，环境中真菌量少，样本量少；如果检测DNA有，那么就是下面几个问题，可以一次排除。
2，引物设计不够合理；
3，PCR体系问题；
4，PCR程序问题。
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精准医学
10楼2017-07-24 22:58:51
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