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99putao99

新虫 (初入文坛)

[求助] 环境微生物多样性高通量测序的ITS扩增问题? 已有3人参与

我在做环境微生物多样性高通量测序和多样性分析,可是我扩ITS总是扩不出来,是不是环境中的真菌含量太少了,还是我PCR操作的问题啊
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小冀-

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【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
你可以先用实验室分纯出来的真菌扩增一下,如果可以扩出来,那应该不是PCR的问题,如果p不出来,或许是因为DNA没有提出来
···
2楼2017-07-21 17:04:18
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99putao99

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 小冀- at 2017-07-21 17:04:18
你可以先用实验室分纯出来的真菌扩增一下,如果可以扩出来,那应该不是PCR的问题,如果p不出来,或许是因为DNA没有提出来

DNA拿来扩16S可以扩得很好
3楼2017-07-21 17:47:15
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小冀-

版主 (著名写手)

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引用回帖:
3楼: Originally posted by 99putao99 at 2017-07-21 17:47:15
DNA拿来扩16S可以扩得很好...

那估计是土壤中微生物的DNA提得不好
···
4楼2017-07-21 21:01:25
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美亿美生物

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【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
环境微生物的提取DNA,真菌的量总体来说是比细菌要少。所以提取这一个步骤要细致。保证可以提取出DNA。然后再重复扩增,看产物。
很多情况下,琼脂糖检测是有DNA的,但是扩增不出来,一方面是真菌的量少,另一方面是扩增的问题。从这2个方面排查
5楼2017-07-22 10:28:30
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欧易

新虫 (小有名气)

小冀-: 屏蔽内容, 违规存档, 广告,被人举报 2017-07-25 08:34:43
本帖内容被屏蔽

6楼2017-07-24 00:06:40
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99putao99

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
6楼: Originally posted by 欧易 at 2017-07-24 00:06:40
给我们测,只需提供样品,后面的全包

样品已经提完DNA了  没有样品了
7楼2017-07-24 15:00:06
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99putao99

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 美亿美生物 at 2017-07-22 10:28:30
环境微生物的提取DNA,真菌的量总体来说是比细菌要少。所以提取这一个步骤要细致。保证可以提取出DNA。然后再重复扩增,看产物。
很多情况下,琼脂糖检测是有DNA的,但是扩增不出来,一方面是真菌的量少,另一方面 ...

现在琼脂糖检测是有DNA  16S也可以扩出来 ITS扩不出来 怎么办呢
8楼2017-07-24 15:01:35
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美亿美生物

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技术服务-实验代做


【答案】应助回帖

引用回帖:
8楼: Originally posted by 99putao99 at 2017-07-24 15:01:35
现在琼脂糖检测是有DNA  16S也可以扩出来 ITS扩不出来 怎么办呢...

恭喜,中标了。我们很早测过一批土壤,折腾了一个月。光提取上就不停的重复,将DNA混合再扩。后来让客户重新再送土壤,再混合土壤提取,再混合DNA扩增,我勒个去。真菌,想说爱你不容易呀
9楼2017-07-24 17:10:44
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liuanna

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

小冀-: 应助指数+1 2017-07-28 09:05:26
问题有可能出现的地方:
1,环境中真菌量少,样本量少;如果检测DNA有,那么就是下面几个问题,可以一次排除。
2,引物设计不够合理;
3,PCR体系问题;
4,PCR程序问题。
精准医学
10楼2017-07-24 22:58:51
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