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请问怎么做下图这样的发育树，老师一直要求做这种的，请各位虫友帮助，谢谢！ 已有1人参与
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原来一直是做横向的发育树现在老师要求做树状发育树，新手上路，不知道怎么继续，烦请帮助，谢谢！ 1.png |
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晋鹏
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【答案】应助回帖
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感谢参与，应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+4, 鼓励热心回帖交流 2017-07-13 22:51:26
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西门吹雪170: 金币+4, 鼓励热心回帖交流 2017-07-13 22:51:26
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1、使用MEGA6构建 2、首先准备你将要建树的序列，可以将你的序列在NCBI上进行Blast查找出相近的序列，下载下来，可以都放到一个Text文件中（都是fasta格式）。（以下是具体步骤，黑体为软件选项） 打开MEGA6——Align——Edit/Build Alignment——Creat a new Alignment——DNA（若是蛋白质则选择Protein）（这就打开了一个序列比对的新窗口）——Edit——Insert sequence from file（选择你已经存储序列的文件）——Alignment——Alignment by ClustalW（参数不需多改，直接点击OK）——等待比对（比对结果相同的碱基会在同一列上）——data——Phylogenetic Analysis（然后就可以回到主界面进行系统发育树的构建）——Phylogeny（可以选择构建树的方法，一般是邻接法neighbor-joining和最大简约法maximum parsimony）——Construct neighbor-Join（这里选择构建邻接树，会出现一个窗口）——在Test of phylogeny 选择Bootstrap method 并设定其值为1000——compute——这样树就建好了，在树的生成界面可以对其形状大小等进行调节。 |
2楼2017-07-13 14:43:47
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3楼2017-08-17 19:18:30
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4楼2017-08-18 00:39:54
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5楼2017-08-18 15:30:02
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7楼2017-08-19 22:33:31
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8楼2017-08-20 15:05:07
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9楼2017-08-20 22:56:35
10楼2018-10-24 14:02:25
