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耶鲁蜀黍

新虫 (初入文坛)

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[求助] 请问怎么做下图这样的发育树，老师一直要求做这种的，请各位虫友帮助，谢谢！已有1人参与

原来一直是做横向的发育树现在老师要求做树状发育树，新手上路，不知道怎么继续，烦请帮助，谢谢！

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新手上路，请多多照顾

1楼 2017-07-13 13:44:06

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晋鹏

版主 (知名作家)

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【答案】应助回帖

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西门吹雪170: 金币+4, 鼓励热心回帖交流 2017-07-13 22:51:26

1、使用MEGA6构建

2、首先准备你将要建树的序列，可以将你的序列在NCBI上进行Blast查找出相近的序列，下载下来，可以都放到一个Text文件中（都是fasta格式）。（以下是具体步骤，黑体为软件选项）
打开MEGA6——Align——Edit/Build Alignment——Creat a new Alignment——DNA（若是蛋白质则选择Protein）（这就打开了一个序列比对的新窗口）——Edit——Insert sequence from file（选择你已经存储序列的文件）——Alignment——Alignment by ClustalW（参数不需多改，直接点击OK）——等待比对（比对结果相同的碱基会在同一列上）——data——Phylogenetic Analysis（然后就可以回到主界面进行系统发育树的构建）——Phylogeny（可以选择构建树的方法，一般是邻接法neighbor-joining和最大简约法maximum parsimony）——Construct neighbor-Join（这里选择构建邻接树，会出现一个窗口）——在Test of phylogeny 选择Bootstrap method 并设定其值为1000——compute——这样树就建好了，在树的生成界面可以对其形状大小等进行调节。