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帅气CKH

新虫 (初入文坛)

[交流] 质粒重组一直做不出来啊,求大神分析一下原因啊,拜托啦!(我会尽可能详细描述) 已有11人参与

目前一直在做质粒重组,把目的基因和载体连起来然后进行后续使用,但是反反复复快2个月了,一直没有成功啊,很沮丧,请大神帮忙指点迷津啊
1.酶切:我目前想用pcs2载体(4700bp)与想要的几个基因重组构建,分别是基因A(1700bp),基因B(1300bp),基因C(1000bp)。粘性末端酶切,载体酶切切胶回收,目的基因酶切后过柱纯化,过程顺利(自认为此步应该不会有问题)。
2.连接:按照说明书计算摩尔体积比混合(总体积10ul,酶和buffer个1ul),这么长时间摸过很多条件:目的基因和载体(100ng)比例做过10比1(做得最多),8比1,3比1,5比1,连接时间大部分选择4度过夜,甚至4度反应2天3天也有,15度过夜也做过。(NEB和TAKARA两个公司的都用过,应该不是酶的问题)有时候当没做出克隆我会将没用来转化的液体跑胶看看连上了没,但是可以跑出来N多条带,除了能找到载体和目的基因的2条,从10000bp到1000bp会出现5,6个条带(难道是连接成环状质粒所以跑胶条带很多?那么说连上了?),我是看不懂了。
3.产物转化图版:感受态用的是商品化的dh5a或者top10,步骤一样(冰30min,42度90s,冰3min),最初我用10ul感受态+1ul连接产物没有结果,师兄说多加点,所以我把链接产物一直往上加,最多到过9ul,感受态不变,但是一直没有结果。转化完加dd水200ul摇菌复苏45-60min,我之前其实是用soc摇的,但是实验室soc出了点问题,所以师兄让我用水摇,他之前是可以做出来的,我做阳性对照的时候也可以做出菌落(但是菌落数总不多,不超过200个,而且长得很慢,24h最大的菌落不过1mm左右,感觉效率很低,我阳对加1ul转化,里面有200多ng的质粒),复苏后取100ul图版,37度过夜。结果永远只有阳性对照有菌落,做过载体自连对照,阴性对照,都没有,很沮丧。
问题:难道是dna的数量太少?连接总共就100ng还没有全做转化,毕竟200ng的阳对转的效率也不高啊;难道是我产物和感受态配比不对?最近看到连接产物不应超过体系10%,多了感受态会胀破,难道是因为这个;难道是我用水去复苏导致效率不高,但是我用阳对是可以的呀,不至于做了这么久一个克隆也不长吧?
现在老板让我把基因的pcr产物做ta克隆然后在切下来连,说如果酶切位点在dna两头酶切得到的粘性末端不好,连接效率低,让连到质粒上切的好,不知道是不是这个原因???(但是我跑胶出来很多条带说明我脸上了?)
求大家指点迷津啊啊啊啊,做了这么久都没结果,哎
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fendouzi

禁虫 (小有名气)

★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2017-08-09 07:46:57
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7楼2017-07-11 09:16:05
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MAS_rice

至尊木虫 (著名写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
想推荐你使用infusion 多少段无缝克隆

发自小木虫IOS客户端
竹杖芒鞋轻胜马,谁怕,一蓑烟雨任平生;回首向来萧瑟处,归去,也无风雨也无晴
2楼2017-07-10 23:06:20
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Younger Li

新虫 (初入文坛)

★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2017-08-09 07:46:31
建议目的基因和载体比例做6:2或5:3,酶连时间四度过夜,或者快连酶22度两小时。

发自小木虫IOS客户端
3楼2017-07-10 23:13:40
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伤何处

木虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
多片段连接建议使用gibson 或者golden gate 克隆,阳性率高
对也罢,错也罢;正也罢,逆也罢;通途也好,崎岖无妨……但问,吾心坚否?若坚,纵使歧路,以铁心,贯穿而过,亦为大道!不坚,便是坦途,也难登临绝顶,观险峰
4楼2017-07-11 00:16:45
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