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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 同分异构体能量比较稳定性
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huyingmm

银虫 (正式写手)

[求助] 同分异构体能量比较稳定性 已有2人参与

求助各位懂gaussian计算的同胞，
计算遇到一个问题：本人不太懂计算，但实验时通过质谱确定了反应产物的分子量，但并不确定产物的结构，结果查找文献和分析，最终确定两个结构，分别为Cl原子连接在不同位置的N上，所以这两种可能的产物结构不同但分子量相同。为了分析哪一种结构更稳定，所以就使用Gaussian软件分别画出了这两种可能的构型，分别进行opt+fre构型优化和频率计算。通过多次计算，两种构型得计算结构都达到收敛，且无虚频，构型1比构型2的 HF小0.0064 hartree。问题就出在这，从相关文献可以推断出，构型1应该没有构型2稳定，但计算的结果却无法证明文献的这个推论。
所以接下来我该如何解决这个问题？
1，继续优化两个构型比较能量直到构型1能量大于构型2能量？
2，还是说并不用太在意这个能量差？
3，还是该如何进行下一步？

感谢各位！多多提供思路!
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1楼 2017-07-10 16:42:55
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wangf44

禁虫 (小有名气)
本帖内容被屏蔽
2楼2017-07-10 17:27:14
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ra2ghgzh

木虫 (正式写手)

学痴
你可能需要使用更复杂的基组，然后比较零点能、焓以及自由能。
另外，如果是比较溶液中的能量还要考虑溶剂效应。
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我永远当不了老板
3楼2017-07-11 09:22:11
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huyingmm

银虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by ra2ghgzh at 2017-07-11 09:22:11
你可能需要使用更复杂的基组，然后比较零点能、焓以及自由能。
另外，如果是比较溶液中的能量还要考虑溶剂效应。

感谢感谢，因为我计算的是非常小的分子，一百多的分子量，基组是B3LYP/6-311++g(d,p)，优化计算时也从小基组算起的，结果都差不多，最后用了这个。估计这个基组够用了。
想问下，比较零点能、焓和自由能的目的是什么？通过比较能得出什么结果？
另外如何考虑溶剂效应？
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即使跌倒也要豪迈的笑！
4楼2017-07-12 20:53:56
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huyingmm

银虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wangf44 at 2017-07-10 17:27:14
文献推测2比1稳定的理由是什么？另外，0.006Hartree非常小了，光看总能量可能意义不大吧。动力学稳定性呢？就是说可能发生的反应上看呢？

感谢感谢，文献推测是因为这一类物质有几篇文章，确定的产物是产物2的相似结构，并没有提出产物1类，产物1是我们自己讨论时提出来的可能性产物。
如果说0.006已经很小了，那就是能量相当，那就是也可不将计算结果作为产物支持的证据。关于动力学的稳定性上，接下来正准备计算下反应路径，定量的看看反应路径。
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5楼2017-07-12 21:02:06
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ra2ghgzh

木虫 (正式写手)

学痴

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
huyingmm: 金币+20, ★★★很有帮助 2017-07-13 11:39:17
引用回帖:
4楼: Originally posted by huyingmm at 2017-07-12 20:53:56
感谢感谢，因为我计算的是非常小的分子，一百多的分子量，基组是B3LYP/6-311++g(d,p)，优化计算时也从小基组算起的，结果都差不多，最后用了这个。估计这个基组够用了。
想问下，比较零点能、焓和自由能的目的是什 ...

我感觉基组已经足够大了。
因为分子还有振动转动等能级，所以实际的能量应该在单点能的基础上再加上零点能等的修正，修正后谁的能量低谁才更稳定。
溶剂效应需要加关键词scrf=(solvent=water)，假如溶剂是水。
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我永远当不了老板
6楼2017-07-13 09:16:03
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huyingmm

银虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by ra2ghgzh at 2017-07-13 09:16:03
我感觉基组已经足够大了。
因为分子还有振动转动等能级，所以实际的能量应该在单点能的基础上再加上零点能等的修正，修正后谁的能量低谁才更稳定。
溶剂效应需要加关键词scrf=(solvent=water)，假如溶剂是水。...

感谢，那我再加上溶剂这个关键词重新进行结构优化和频率计算一下。
关于您说的实际能量获得，具体该如何操作？方便教一下吗？或者说有什么例子参考也行。
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7楼2017-07-13 11:41:38
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ra2ghgzh

木虫 (正式写手)

学痴
引用回帖:
7楼: Originally posted by huyingmm at 2017-07-13 11:41:38
感谢，那我再加上溶剂这个关键词重新进行结构优化和频率计算一下。
关于您说的实际能量获得，具体该如何操作？方便教一下吗？或者说有什么例子参考也行。...

只要你算过频率就可以在log文件中搜索zero energy，然后就会找到那些能量了，默认是300K情况下的焓和自由能。
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我永远当不了老板
8楼2017-07-13 12:32:41
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Jasminer

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by huyingmm at 2017-07-12 21:02:06
感谢感谢，文献推测是因为这一类物质有几篇文章，确定的产物是产物2的相似结构，并没有提出产物1类，产物1是我们自己讨论时提出来的可能性产物。
如果说0.006已经很小了，那就是能量相当，那就是也可不将计算结果 ...

那位虫友其它意见都是对的，但0.006hartree真不小，15kj/mol呢
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9楼2017-07-15 17:05:45
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huyingmm

银虫 (正式写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by Jasminer at 2017-07-15 17:05:45
那位虫友其它意见都是对的，但0.006hartree真不小，15kj/mol呢...

那请问多少kj/mol可以算作小呢？又重新计算了一下，差距变成0.005Hartree了
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10楼2017-07-16 17:02:47
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