应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 请模拟高手给点建议，dmol3模拟消除反应，TS search问题，卡住了一个月，走不下去了。
51/1返回列表
查看: 1330  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

嘟啦啦的妙想

铜虫 (初入文坛)

[求助] 请模拟高手给点建议，dmol3模拟消除反应，TS search问题，卡住了一个月，走不下去了。 已有1人参与

遇到个问题，卡住了。真心求助，快毕业了，还是不懂，快哭了。
描述如下：A(杂环)——>B（杂环）+HBr，DMol3模拟
反应物A经过消除反应生成B+HBr（均经过了几何优化），模拟过程中，将产物体系B和HBr之间距离分别设成3,5,9。
      经过过渡态搜索，距离为3和距离为5的有虚频（不是我要的虚频，方向不是从产物指向产物，而且绿色方向箭头不在H，Br原子上），距离为9的没有虚频。
1，请问这是什么原因导致不同的分子间距，虚频的情况不一样呢？距离为9的时候，没有虚频，到底是因为什么呢？我该怎么处理这个消除反应？
2，产物体系两个产物B和HBr的分子间距设成多少合适？
涉密，不方便图片展示。请大神们帮帮忙。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
1楼 2017-07-04 22:06:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

嘟啦啦的妙想

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by clickme at 2017-07-05 11:36:18
从三个方向考虑，1，是不是计算精度不够一些弱相互作用，比如氢键没有体现出来。2，建模的时候忽略掉一些重要的部分，比如说催化剂或者溶剂。3，这个反应不是基元反应，中间还包含了其他步骤。
...

感谢您的回复
您所说的第二点有些不懂：
我建模的时候，没有宏观加入溶剂，只是用了COSMO模型，仅把介电常数考虑进去，是否要将溶剂分子放在反应体系里面一起画分子？
关于催化剂，我想问一下，其初始位置和反应结束后的空间位置怎么设定呢？两种产物的空间距离和相对方位设在多少合适呢？
赞一下 回复此楼
5楼2017-07-05 14:49:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答

嘟啦啦的妙想

铜虫 (初入文坛)
补充：TS search后输出的outmol里面没有提示失败原因。在进行TS search的同时，加入了cosmo计算，性质仅计算频率。所有精度设成中等，DNP。上述3,5距离搜索出来的虚频很小，-50左右，并且方向不对。
我改怎么处理，才能搜索出从反应物指向产物的虚频呢？？

另外还有一个问题，如果液体有机分子作为催化剂改怎么固定呢？之前用有机分子作为催化剂加入上述反应体系进行TS 搜索，发现虚频也不是我要的，是有机催化剂再动，后来尝试把有机分子催化剂固定，也不行，居然还是动。

求助啊求助啊。求帮助，让我重拾信心吧~~
赞一下 回复此楼
2楼2017-07-04 22:23:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

嘟啦啦的妙想

铜虫 (初入文坛)
自己顶！顶一下=====(￣▽￣*)
赞一下 回复此楼
3楼2017-07-05 09:03:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

clickme

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
嘟啦啦的妙想(漫天飘雪代发): 金币+5, 谢谢交流 2017-07-05 14:11:00
从三个方向考虑，1，是不是计算精度不够一些弱相互作用，比如氢键没有体现出来。2，建模的时候忽略掉一些重要的部分，比如说催化剂或者溶剂。3，这个反应不是基元反应，中间还包含了其他步骤。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2017-07-05 11:36:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 欢迎发来filecode的Mz6后的代码验证其规律 +8 医学老男孩 2026-08-13 16/800 2026-08-13 19:18 by 医学老男孩
[基金申请] 静等基金结果 +8 gjjjzhong 2026-08-10 21/1050 2026-08-13 17:56 by 且听虎啸
[文学芳草园] 阿姨 +3 汪汪锅 2026-08-09 3/150 2026-08-13 16:56 by 410610288
[基金申请] 有时候，自然基金真的不能太认真 （我的申报经验） +4 majunge000 2026-08-11 6/300 2026-08-13 16:50 by 四季常青藤
[基金申请] 不应该看fileCode +7 且听虎啸 2026-08-12 9/450 2026-08-13 14:27 by flydreamws
[基金申请] 结合人工智能，周易传统文化，filecode打分制来了，3分以上希望很大。 +3 Tide man 2026-08-12 4/200 2026-08-13 08:35 by ZJTJZ
[基金申请] 2019年青年基金涵评意见，大家看看几个A，几个B? +11 Tide man 2026-08-11 11/550 2026-08-13 07:35 by 撸猫猫
[基金申请] 好奇怪的filecode +5 布布和一二 2026-08-08 6/300 2026-08-12 16:11 by 云上清扬
[论文投稿] 职称评审，求友友推荐见刊最快的期刊 +4 工厂打螺丝 2026-08-08 4/200 2026-08-12 09:18 by hansi2025
[基金申请] 奇怪，两个人的filecode固定段从头到尾一模一样 +7 布布和一二 2026-08-10 10/500 2026-08-12 09:12 by 布布和一二
[基金申请] 小木虫上这么多卖论文的，真有人买论文么？感觉没必要啊 +8 Tide man 2026-08-10 9/450 2026-08-11 20:39 by beefly
[硕博家园] 读博的好处 +3 lnee 2026-08-11 3/150 2026-08-11 18:10 by 希望我好好的
[基金申请] 国自然结果 +4 Vierhys 2026-08-10 8/400 2026-08-10 15:06 by Vierhys
[基金申请] 2026国自然放榜时间 +9 布布和一二 2026-08-08 9/450 2026-08-10 11:22 by xxxx2020
[基金申请] 面上项目filecode邪修 +5 西山十月 2026-08-09 7/350 2026-08-10 07:32 by 仁砚薪传
[基金申请] filecode与中标关系的预测 +5 布布和一二 2026-08-07 5/250 2026-08-09 16:15 by 袁向阳007
[基金申请] fileCode有新解读？ +10 Tide man 2026-08-08 18/900 2026-08-09 12:55 by 仁砚薪传
[基金申请] 国基金的申报应该改成非等额制，评价高的钱多评价低的钱少，但是增加资助率 +7 a089 2026-08-07 7/350 2026-08-08 18:05 by gltch
[基金申请] 关于filecode +4 布布和一二 2026-08-07 7/350 2026-08-07 22:55 by zhanghaozhu
[基金申请] filecode变化情况 +6 布布和一二 2026-08-07 22/1100 2026-08-07 14:45 by 且听虎啸
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭