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嘟啦啦的妙想

铜虫 (初入文坛)

[求助] 请模拟高手给点建议,dmol3模拟消除反应,TS search问题,卡住了一个月,走不下去了。 已有1人参与

遇到个问题,卡住了。真心求助,快毕业了,还是不懂,快哭了。
描述如下:A(杂环)——>B(杂环)+HBr,DMol3模拟
反应物A经过消除反应生成B+HBr(均经过了几何优化),模拟过程中,将产物体系B和HBr之间距离分别设成3,5,9。
      经过过渡态搜索,距离为3和距离为5的有虚频(不是我要的虚频,方向不是从产物指向产物,而且绿色方向箭头不在H,Br原子上),距离为9的没有虚频。
1,请问这是什么原因导致不同的分子间距,虚频的情况不一样呢?距离为9的时候,没有虚频,到底是因为什么呢?我该怎么处理这个消除反应?
2,产物体系两个产物B和HBr的分子间距设成多少合适?
涉密,不方便图片展示。请大神们帮帮忙。
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嘟啦啦的妙想

铜虫 (初入文坛)

自己顶!顶一下=====( ̄▽ ̄*)
3楼2017-07-05 09:03:48
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嘟啦啦的妙想

铜虫 (初入文坛)

补充:TS search后输出的outmol里面没有提示失败原因。在进行TS search的同时,加入了cosmo计算,性质仅计算频率。所有精度设成中等,DNP。上述3,5距离搜索出来的虚频很小,-50左右,并且方向不对。
我改怎么处理,才能搜索出从反应物指向产物的虚频呢??

另外还有一个问题,如果液体有机分子作为催化剂改怎么固定呢?之前用有机分子作为催化剂加入上述反应体系进行TS 搜索,发现虚频也不是我要的,是有机催化剂再动,后来尝试把有机分子催化剂固定,也不行,居然还是动。

求助啊求助啊。求帮助,让我重拾信心吧~~
2楼2017-07-04 22:23:15
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clickme

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
嘟啦啦的妙想(漫天飘雪代发): 金币+5, 谢谢交流 2017-07-05 14:11:00
从三个方向考虑,1,是不是计算精度不够一些弱相互作用,比如氢键没有体现出来。2,建模的时候忽略掉一些重要的部分,比如说催化剂或者溶剂。3,这个反应不是基元反应,中间还包含了其他步骤。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
4楼2017-07-05 11:36:18
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嘟啦啦的妙想

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by clickme at 2017-07-05 11:36:18
从三个方向考虑,1,是不是计算精度不够一些弱相互作用,比如氢键没有体现出来。2,建模的时候忽略掉一些重要的部分,比如说催化剂或者溶剂。3,这个反应不是基元反应,中间还包含了其他步骤。
...

感谢您的回复
您所说的第二点有些不懂:
我建模的时候,没有宏观加入溶剂,只是用了COSMO模型,仅把介电常数考虑进去,是否要将溶剂分子放在反应体系里面一起画分子?
关于催化剂,我想问一下,其初始位置和反应结束后的空间位置怎么设定呢?两种产物的空间距离和相对方位设在多少合适呢?
5楼2017-07-05 14:49:00
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