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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 请模拟高手给点建议，dmol3模拟消除反应，TS search问题，卡住了一个月，走不下去了。
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嘟啦啦的妙想

铜虫 (初入文坛)

[求助] 请模拟高手给点建议，dmol3模拟消除反应，TS search问题，卡住了一个月，走不下去了。 已有1人参与

遇到个问题，卡住了。真心求助，快毕业了，还是不懂，快哭了。
描述如下：A(杂环)——>B（杂环）+HBr，DMol3模拟
反应物A经过消除反应生成B+HBr（均经过了几何优化），模拟过程中，将产物体系B和HBr之间距离分别设成3,5,9。
      经过过渡态搜索，距离为3和距离为5的有虚频（不是我要的虚频，方向不是从产物指向产物，而且绿色方向箭头不在H，Br原子上），距离为9的没有虚频。
1，请问这是什么原因导致不同的分子间距，虚频的情况不一样呢？距离为9的时候，没有虚频，到底是因为什么呢？我该怎么处理这个消除反应？
2，产物体系两个产物B和HBr的分子间距设成多少合适？
涉密，不方便图片展示。请大神们帮帮忙。
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1楼 2017-07-04 22:06:28
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嘟啦啦的妙想

铜虫 (初入文坛)
自己顶！顶一下=====(￣▽￣*)
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3楼2017-07-05 09:03:48
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查看全部 7 个回答

嘟啦啦的妙想

铜虫 (初入文坛)
补充：TS search后输出的outmol里面没有提示失败原因。在进行TS search的同时，加入了cosmo计算，性质仅计算频率。所有精度设成中等，DNP。上述3,5距离搜索出来的虚频很小，-50左右，并且方向不对。
我改怎么处理，才能搜索出从反应物指向产物的虚频呢？？

另外还有一个问题，如果液体有机分子作为催化剂改怎么固定呢？之前用有机分子作为催化剂加入上述反应体系进行TS 搜索，发现虚频也不是我要的，是有机催化剂再动，后来尝试把有机分子催化剂固定，也不行，居然还是动。

求助啊求助啊。求帮助，让我重拾信心吧~~
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2楼2017-07-04 22:23:15
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clickme

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
嘟啦啦的妙想(漫天飘雪代发): 金币+5, 谢谢交流 2017-07-05 14:11:00
从三个方向考虑，1，是不是计算精度不够一些弱相互作用，比如氢键没有体现出来。2，建模的时候忽略掉一些重要的部分，比如说催化剂或者溶剂。3，这个反应不是基元反应，中间还包含了其他步骤。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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4楼2017-07-05 11:36:18
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嘟啦啦的妙想

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by clickme at 2017-07-05 11:36:18
从三个方向考虑，1，是不是计算精度不够一些弱相互作用，比如氢键没有体现出来。2，建模的时候忽略掉一些重要的部分，比如说催化剂或者溶剂。3，这个反应不是基元反应，中间还包含了其他步骤。
...

感谢您的回复
您所说的第二点有些不懂：
我建模的时候，没有宏观加入溶剂，只是用了COSMO模型，仅把介电常数考虑进去，是否要将溶剂分子放在反应体系里面一起画分子？
关于催化剂，我想问一下，其初始位置和反应结束后的空间位置怎么设定呢？两种产物的空间距离和相对方位设在多少合适呢？
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5楼2017-07-05 14:49:00
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