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sunnylee108

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】请教:QSAR的模拟怎么做?金币报酬

我是搞农药有机合成的,想做QSAR模拟,请问应该从什么入手,需要准备些什么数据和用什么软件怎么操作,请高人帮助入门,金币报酬!!

[ Last edited by mingdong on 2009-1-21 at 15:39 ]
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚

★ ★ ★
mingdong(金币+1):谢谢 1-22 12:53
sunnylee108(金币+1):还是从基础开始看吧 哎 真头疼啊 1-23 17:18
sunnylee108(金币+1):难。。。。。。。。。。。。。 1-23 17:18
引用回帖:
Originally posted by lj623 at 2009-1-21 14:27:
QSAR分为2D、3D、4D和5D,2D相比3D要容易一些,但已经很少有人做了,要计算描述符,将活性与筛选出的参数作回归。

呵呵,这还是有些值得探讨的。

看:QSAR到底分几类?
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1150269
9楼2009-01-21 18:19:23
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查看全部 11 个回答

yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚

★ ★ ★ ★ ★ ★
sunnylee108(金币+2):谢谢! 那书我在看,不过我想知道具体怎么操作...... 1-19 13:49
yjcmwgk(金币+4,VIP+0):老汉你太帅了 11-23 13:56
入门:徐筱杰或蒋华良的计算机辅助药物分子设计

提高:李仁利 药物构效关系
      
数学:统计模式识别

软件:
      通用型:Excel, SPSS, MatLab, SAS等1000多种
      通用型/免费/自由软件:SciLab, R
      化学领域:
         大型软件:Tripos/Sybyl, Accelrys/Discovery Studio, CCG/MOE
             小型软件:MolConnZ, Dragon等,但只计算描述子,不建模

其他:
      10000000多个注意事项
       9999999种操作方法
2楼2009-01-19 13:31:33
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loappleve

金虫 (小有名气)

★ ★ ★ ★
sunnylee108(金币+2):谢谢给我启示,大体我是知道,但是软件不会操作啊,不是搞物化的,只会有机。。。 1-20 21:23
yjcmwgk(金币+2,VIP+0): 11-23 13:55
首先你研究的"A"是什么 ,模型是训练出来的,所以你要有数据集。(包含化合物结构及A得数据)
“S”通过描述符来表述,需要通过一些方法来选择合适描述符
"R" 选择数学方法来挖掘“A”和“S”之间的关系
中间设计得方法及步骤,楼上yalefield兄在论坛里都有帖子介绍

[ Last edited by loappleve on 2009-1-19 at 20:16 ]
3楼2009-01-19 20:13:39
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snoopyzhao

至尊木虫 (职业作家)

★ ★ ★
sunnylee108(金币+2):俺现在刚起步,都不知道模型怎么建立,抓虾啊。。。 1-20 21:24
yjcmwgk(金币+1,VIP+0): 11-23 13:56
最简单的就是对 活性数据与(结构)描述符做回归分析,至于其它高级方法,把最基本的了解了,也就都差不多了……

问题是,如何去解释获得的模型,俺觉得这很难很难,在很多现在的文章中,这一部分被(有意)忽略了……
4楼2009-01-19 22:23:26
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