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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 【求助】请教：QSAR的模拟怎么做？金币报酬
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sunnylee108

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】请教：QSAR的模拟怎么做？金币报酬

我是搞农药有机合成的，想做QSAR模拟，请问应该从什么入手，需要准备些什么数据和用什么软件怎么操作，请高人帮助入门，金币报酬！！

[ Last edited by mingdong on 2009-1-21 at 15:39 ]
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1楼 2009-01-19 11:17:01
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚
★ ★ ★ ★ ★ ★
sunnylee108(金币+2):谢谢！ 那书我在看，不过我想知道具体怎么操作...... 1-19 13:49
yjcmwgk(金币+4,VIP+0):老汉你太帅了 11-23 13:56
入门：徐筱杰或蒋华良的计算机辅助药物分子设计

提高：李仁利 药物构效关系
      
数学：统计模式识别

软件：
      通用型：Excel, SPSS, MatLab, SAS等1000多种
      通用型/免费/自由软件：SciLab, R
      化学领域：
         大型软件：Tripos/Sybyl, Accelrys/Discovery Studio, CCG/MOE
             小型软件：MolConnZ, Dragon等，但只计算描述子，不建模

其他：
      10000000多个注意事项
       9999999种操作方法
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2楼2009-01-19 13:31:33
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loappleve

金虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★
sunnylee108(金币+2):谢谢给我启示，大体我是知道，但是软件不会操作啊，不是搞物化的，只会有机。。。 1-20 21:23
yjcmwgk(金币+2,VIP+0): 11-23 13:55
首先你研究的"A"是什么 ，模型是训练出来的，所以你要有数据集。（包含化合物结构及A得数据）
“S”通过描述符来表述，需要通过一些方法来选择合适描述符
"R" 选择数学方法来挖掘“A”和“S”之间的关系
中间设计得方法及步骤，楼上yalefield兄在论坛里都有帖子介绍

[ Last edited by loappleve on 2009-1-19 at 20:16 ]
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3楼2009-01-19 20:13:39
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snoopyzhao

至尊木虫 (职业作家)
★ ★ ★
sunnylee108(金币+2):俺现在刚起步，都不知道模型怎么建立，抓虾啊。。。 1-20 21:24
yjcmwgk(金币+1,VIP+0): 11-23 13:56
最简单的就是对 活性数据与（结构）描述符做回归分析，至于其它高级方法，把最基本的了解了，也就都差不多了……

问题是，如何去解释获得的模型，俺觉得这很难很难，在很多现在的文章中，这一部分被（有意）忽略了……
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4楼2009-01-19 22:23:26
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚
★
sunnylee108(金币+1):。。。。。。 1-20 21:25
引用回帖:
Originally posted by snoopyzhao at 2009-1-19 22:23:
如何去解释获得的模型这一部分被（有意）忽 ...

不忽略，又奈何？
想忽悠，实不敢。
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5楼2009-01-19 22:48:28
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snoopyzhao

至尊木虫 (职业作家)
★
sunnylee108(金币+1):我什么也不会哦，也不会计算符也不会回归，晕吧。。。 1-21 13:37
那么，你告诉我，你会计算（结构）描述符吗？
你会做多元回归吗？
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6楼2009-01-20 22:10:18
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lj623

金虫 (小有名气)
★ ★
yjcmwgk(金币+2,VIP+0): 11-23 13:56
QSAR分为2D、3D、4D和5D，2D相比3D要容易一些，但已经很少有人做了，要计算描述符，将活性与筛选出的参数作回归。
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7楼2009-01-21 14:27:37
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snoopyzhao

至尊木虫 (职业作家)
那还是好好看一些书吧，最好结合一些例子来体会……
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8楼2009-01-21 15:06:01
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚
★ ★ ★
mingdong(金币+1):谢谢 1-22 12:53
sunnylee108(金币+1):还是从基础开始看吧 哎 真头疼啊 1-23 17:18
sunnylee108(金币+1):难。。。。。。。。。。。。。 1-23 17:18
引用回帖:
Originally posted by lj623 at 2009-1-21 14:27:
QSAR分为2D、3D、4D和5D，2D相比3D要容易一些，但已经很少有人做了，要计算描述符，将活性与筛选出的参数作回归。

呵呵，这还是有些值得探讨的。

看：QSAR到底分几类？
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1150269
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9楼2009-01-21 18:19:23
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tingjun

木虫 (小有名气)

qsar

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
yjcmwgk(金币+2,VIP+0): 11-23 13:57
引用回帖:
Originally posted by sunnylee108 at 2009-1-19 11:17:
我是搞农药有机合成的，想做QSAR模拟，请问应该从什么入手，需要准备些什么数据和用什么软件怎么操作，请高人帮助入门，金币报酬！！

[ Last edited by mingdong on 2009-1-21 at 15:39 ]

首先的知道作为已经合成的已知农药化合物的结构和活性，然后做qsar，再根据你的模型去预测要合成的化合物即可
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10楼2009-11-23 10:32:36
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