24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
汕头大学海洋科学、生物学、生物与医药接受调剂
查看: 2285  |  回复: 8
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

shiling1813

新虫 (小有名气)

[求助] change_box all triclinic”如何同时和“dump”命令联合? 已有1人参与

大家好:
       问个问题。lammps中的命令“change_box all  triclinic”如何同时和“dump”命令联合使用? 兄弟我在写in文件时,这两个命令不能同时用,但我又想保存输出坐标文件。
       该怎么办呢?请大家指点一下,十分感谢!
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

shiling1813

新虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by shiling1813 at 2017-06-22 21:39:19
首先谢谢你的解答!
      我的报错信息是这样的:
      change_box all  triclinic
      ERROR: Cannot change box ortho/triclinic with dumps defined (../change_box.cpp:301)
其实我想模拟剪切情况,正 ...

根据报错信息提示,我试验调整了一下命令change_box和dump顺序,dump放在后面,结果竟然顺利通过!
多谢您的指点!
6楼2017-06-22 21:49:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 9 个回答

kexing46

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
shiling1813: 金币+10, ★★★很有帮助 2017-06-22 21:41:14
change_box是改变simulation box的属性,并不会改变原子的位置,triclinic可以用来模拟剪切。要输出坐标文件的话一般是dump和run一起用。
2楼2017-06-22 01:26:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

shiling1813

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by kexing46 at 2017-06-22 01:26:03
change_box是改变simulation box的属性,并不会改变原子的位置,triclinic可以用来模拟剪切。要输出坐标文件的话一般是dump和run一起用。

但我运行lammps时,提示dump命令只能在正交box中使用啊,在三斜box中不让运行。难道得使用fix print命令代替dump命令来保存文件?
3楼2017-06-22 20:56:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

kexing46

金虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by shiling1813 at 2017-06-22 20:56:47
但我运行lammps时,提示dump命令只能在正交box中使用啊,在三斜box中不让运行。难道得使用fix print命令代替dump命令来保存文件?...

不知道你具体的脚本以及错误信息是什么。Dump是可以用在triclinic box的,只是header信息会跟orthogonal box不一样。有一种错误的可能是这样的:
Cannot change box ortho/triclinic with dumps defined
This is because some dumps store the shape of the box. You need to use undump to discard the dump, change the box, then redefine a new dump.
http://lammps.sandia.gov/doc/Section_errors.html
4楼2017-06-22 21:24:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 化工学硕294分,求导师收留 +20 yzyzx 2026-04-12 20/1000 2026-04-13 14:50 by ajpv风雷
[考研] 327求调剂 +15 Xxjc1107. 2026-04-06 16/800 2026-04-13 13:51 by 张zhihao
[考研] 化工学硕 285求调剂 +29 Wisjxn 2026-04-07 29/1450 2026-04-13 13:47 by floriea
[考研] 一志愿085502,267分求调剂 +17 再忙也要吃饭啊 2026-04-08 18/900 2026-04-13 09:57 by darren_yym
[考研] 295分求调剂 +13 ?要上岸? 2026-04-10 13/650 2026-04-12 15:37 by laoshidan
[考研] 电气专硕320求调剂 +6 小麻子111 2026-04-10 6/300 2026-04-12 10:54 by lemon6009
[考研] 化学工程调剂289 +44 yang婷 2026-04-07 50/2500 2026-04-12 02:36 by 秋豆菜芽
[考研] 086003调剂求助 +21 苏弋万 2026-04-09 22/1100 2026-04-11 20:25 by dongdian1
[考研] 农学0904 312求调剂 +6 Say Never 2026-04-10 6/300 2026-04-11 10:33 by wwj2530616
[考研] 087100初试311求调剂 +4 任雅琴 2026-04-09 4/200 2026-04-11 10:33 by zhq0425
[考研] 288求调剂 +15 代fish 2026-04-09 16/800 2026-04-11 10:26 by wwj2530616
[考研] 工科273调剂 +6 X1999 2026-04-09 7/350 2026-04-11 10:23 by zhq0425
[考研] 297求调剂 +9 Kwgyz 2026-04-09 9/450 2026-04-11 10:09 by zhq0425
[考研] 求调剂 +13 雪逢冬 2026-04-10 13/650 2026-04-11 09:58 by 猪会飞
[考研] 298求调剂 +9 钉叮咚冬瓜 2026-04-07 11/550 2026-04-11 09:35 by zhq0425
[考研] 调剂 化学 307 +21 73372112 2026-04-09 23/1150 2026-04-10 23:53 by wj165256
[考研] 282,电气工程专业,求调剂,不挑专业 +9 jggshjkkm 2026-04-10 9/450 2026-04-10 14:55 by 逆水乘风
[考研] 材料化工总分334求调剂 +16 Riot2025 2026-04-08 17/850 2026-04-09 20:19 by maddjdld
[考研] 材料调剂 +10 18815505510 2026-04-09 11/550 2026-04-09 17:07 by 544594351
[考研] 招收有机化学、化工,药学,食品灯专业学生 +3 yrfhjgdj 2026-04-08 3/150 2026-04-09 10:15 by QYQX_123
信息提示
请填处理意见