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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » change_box all triclinic”如何同时和“dump”命令联合?
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shiling1813

新虫 (小有名气)

[求助] change_box all triclinic”如何同时和“dump”命令联合? 已有1人参与

大家好：
       问个问题。lammps中的命令“change_box all  triclinic”如何同时和“dump”命令联合使用？ 兄弟我在写in文件时，这两个命令不能同时用，但我又想保存输出坐标文件。
       该怎么办呢？请大家指点一下，十分感谢！
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1楼 2017-06-20 23:14:24
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kexing46

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
shiling1813: 金币+10, ★★★很有帮助 2017-06-22 21:41:14
change_box是改变simulation box的属性，并不会改变原子的位置，triclinic可以用来模拟剪切。要输出坐标文件的话一般是dump和run一起用。
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2楼2017-06-22 01:26:03
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shiling1813

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by kexing46 at 2017-06-22 01:26:03
change_box是改变simulation box的属性，并不会改变原子的位置，triclinic可以用来模拟剪切。要输出坐标文件的话一般是dump和run一起用。

但我运行lammps时，提示dump命令只能在正交box中使用啊，在三斜box中不让运行。难道得使用fix print命令代替dump命令来保存文件？
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3楼2017-06-22 20:56:47
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kexing46

金虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by shiling1813 at 2017-06-22 20:56:47
但我运行lammps时，提示dump命令只能在正交box中使用啊，在三斜box中不让运行。难道得使用fix print命令代替dump命令来保存文件？...

不知道你具体的脚本以及错误信息是什么。Dump是可以用在triclinic box的，只是header信息会跟orthogonal box不一样。有一种错误的可能是这样的：
Cannot change box ortho/triclinic with dumps defined
This is because some dumps store the shape of the box. You need to use undump to discard the dump, change the box, then redefine a new dump.
http://lammps.sandia.gov/doc/Section_errors.html
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4楼2017-06-22 21:24:28
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shiling1813

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by kexing46 at 2017-06-22 21:24:28
不知道你具体的脚本以及错误信息是什么。Dump是可以用在triclinic box的，只是header信息会跟orthogonal box不一样。有一种错误的可能是这样的：
Cannot change box ortho/triclinic with dumps defined
This is ...

首先谢谢你的解答！
      我的报错信息是这样的：
      change_box all  triclinic
      ERROR: Cannot change box ortho/triclinic with dumps defined (../change_box.cpp:301)
其实我想模拟剪切情况，正如您前面的说法。没想到这个命令老是和dump冲突，汗。
      下面怎么解决这个问题呢，难道是要抛弃原先的dump命令，再改回正交box，再重新定义一个dump命令？可是这样怎么实现模拟剪切形变呢？
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5楼2017-06-22 21:39:19
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shiling1813

新虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by shiling1813 at 2017-06-22 21:39:19
首先谢谢你的解答！
      我的报错信息是这样的：
      change_box all  triclinic
      ERROR: Cannot change box ortho/triclinic with dumps defined (../change_box.cpp:301)
其实我想模拟剪切情况，正 ...

根据报错信息提示，我试验调整了一下命令change_box和dump顺序，dump放在后面，结果竟然顺利通过！
多谢您的指点！
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6楼2017-06-22 21:49:09
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kexing46

金虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by shiling1813 at 2017-06-22 21:39:19
首先谢谢你的解答！
      我的报错信息是这样的：
      change_box all  triclinic
      ERROR: Cannot change box ortho/triclinic with dumps defined (../change_box.cpp:301)
其实我想模拟剪切情况，正 ...

如果你在剪切前需要dump的话，在change_box之前需要把前面的dump给undump，然后加change_box行，然后定义一行新的dump用在剪切模拟过程中。
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7楼2017-06-22 21:57:29
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shiling1813

新虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by kexing46 at 2017-06-22 21:57:29
如果你在剪切前需要dump的话，在change_box之前需要把前面的dump给undump，然后加change_box行，然后定义一行新的dump用在剪切模拟过程中。...

刚才解决了这个问题，根据您的指点！
多谢您的耐心指点！
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8楼2017-06-22 22:02:19
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kexing46

金虫 (正式写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by shiling1813 at 2017-06-22 22:02:19
刚才解决了这个问题，根据您的指点！
多谢您的耐心指点！...

不用客气
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9楼2017-06-22 22:04:36
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