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shiling1813

新虫 (小有名气)

[求助] change_box all triclinic”如何同时和“dump”命令联合? 已有1人参与

大家好:
       问个问题。lammps中的命令“change_box all  triclinic”如何同时和“dump”命令联合使用? 兄弟我在写in文件时,这两个命令不能同时用,但我又想保存输出坐标文件。
       该怎么办呢?请大家指点一下,十分感谢!
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kexing46

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
shiling1813: 金币+10, ★★★很有帮助 2017-06-22 21:41:14
change_box是改变simulation box的属性,并不会改变原子的位置,triclinic可以用来模拟剪切。要输出坐标文件的话一般是dump和run一起用。
2楼2017-06-22 01:26:03
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shiling1813

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by kexing46 at 2017-06-22 01:26:03
change_box是改变simulation box的属性,并不会改变原子的位置,triclinic可以用来模拟剪切。要输出坐标文件的话一般是dump和run一起用。

但我运行lammps时,提示dump命令只能在正交box中使用啊,在三斜box中不让运行。难道得使用fix print命令代替dump命令来保存文件?
3楼2017-06-22 20:56:47
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kexing46

金虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by shiling1813 at 2017-06-22 20:56:47
但我运行lammps时,提示dump命令只能在正交box中使用啊,在三斜box中不让运行。难道得使用fix print命令代替dump命令来保存文件?...

不知道你具体的脚本以及错误信息是什么。Dump是可以用在triclinic box的,只是header信息会跟orthogonal box不一样。有一种错误的可能是这样的:
Cannot change box ortho/triclinic with dumps defined
This is because some dumps store the shape of the box. You need to use undump to discard the dump, change the box, then redefine a new dump.
http://lammps.sandia.gov/doc/Section_errors.html
4楼2017-06-22 21:24:28
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shiling1813

新虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by kexing46 at 2017-06-22 21:24:28
不知道你具体的脚本以及错误信息是什么。Dump是可以用在triclinic box的,只是header信息会跟orthogonal box不一样。有一种错误的可能是这样的:
Cannot change box ortho/triclinic with dumps defined
This is ...

首先谢谢你的解答!
      我的报错信息是这样的:
      change_box all  triclinic
      ERROR: Cannot change box ortho/triclinic with dumps defined (../change_box.cpp:301)
其实我想模拟剪切情况,正如您前面的说法。没想到这个命令老是和dump冲突,汗。
      下面怎么解决这个问题呢,难道是要抛弃原先的dump命令,再改回正交box,再重新定义一个dump命令?可是这样怎么实现模拟剪切形变呢?
5楼2017-06-22 21:39:19
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shiling1813

新虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by shiling1813 at 2017-06-22 21:39:19
首先谢谢你的解答!
      我的报错信息是这样的:
      change_box all  triclinic
      ERROR: Cannot change box ortho/triclinic with dumps defined (../change_box.cpp:301)
其实我想模拟剪切情况,正 ...

根据报错信息提示,我试验调整了一下命令change_box和dump顺序,dump放在后面,结果竟然顺利通过!
多谢您的指点!
6楼2017-06-22 21:49:09
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kexing46

金虫 (正式写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by shiling1813 at 2017-06-22 21:39:19
首先谢谢你的解答!
      我的报错信息是这样的:
      change_box all  triclinic
      ERROR: Cannot change box ortho/triclinic with dumps defined (../change_box.cpp:301)
其实我想模拟剪切情况,正 ...

如果你在剪切前需要dump的话,在change_box之前需要把前面的dump给undump,然后加change_box行,然后定义一行新的dump用在剪切模拟过程中。
7楼2017-06-22 21:57:29
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shiling1813

新虫 (小有名气)

引用回帖:
7楼: Originally posted by kexing46 at 2017-06-22 21:57:29
如果你在剪切前需要dump的话,在change_box之前需要把前面的dump给undump,然后加change_box行,然后定义一行新的dump用在剪切模拟过程中。...

刚才解决了这个问题,根据您的指点!
多谢您的耐心指点!
8楼2017-06-22 22:02:19
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kexing46

金虫 (正式写手)

引用回帖:
8楼: Originally posted by shiling1813 at 2017-06-22 22:02:19
刚才解决了这个问题,根据您的指点!
多谢您的耐心指点!...

不用客气
9楼2017-06-22 22:04:36
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