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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 关于ovito软件对晶体晶型的判断
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11B329

金虫 (正式写手)

[求助] 关于ovito软件对晶体晶型的判断 已有1人参与

本人用ovito软件来判断晶体的构型是fcc，bcc，还是hcp，但是遇到个问题就是ovito在判断的时候边缘的粒子判断不出来，一直都是白色的，这可咋办？还望哪位人才能助我一臂之力，万分感谢！

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1楼 2017-06-18 09:39:48
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kexing46

金虫 (正式写手)
可能是simulation box边界和原子边界不一致导致的；或者是没有保证box里都是unit cell，尤其边界处unit cell原子占位都填满的话，ovito里的周期性算法会认为边界处存在原子距离为零的点，无法得出对的构型。

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11B329
2楼2017-06-22 00:55:13
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11B329

金虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by kexing46 at 2017-06-22 00:55:13
可能是simulation box边界和原子边界不一致导致的；或者是没有保证box里都是unit cell，尤其边界处unit cell原子占位都填满的话，ovito里的周期性算法会认为边界处存在原子距离为零的点，无法得出对的构型。
...

请问，你是怎么处理这些边缘粒子的?这些边缘粒子的结构属性能有个方法来处理吗?

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3楼2017-06-22 21:27:36
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kexing46

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
11B329: 金币+20, ★★★★★最佳答案 2017-06-23 08:05:24
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3楼: Originally posted by 11B329 at 2017-06-22 21:27:36
请问，你是怎么处理这些边缘粒子的?这些边缘粒子的结构属性能有个方法来处理吗?
...

我用编程来处理结构，做的时候就已经把边缘的粒子删除了。熟悉编程的话重新读入结构文件，根据你结构的尺寸，把坐标在边缘的粒子删除就行。

另外想到一个或许可行的办法，ovito的slice功能，slice选中边界后delete selected particles，然后export到新文件。
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4楼2017-06-22 21:48:00
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11B329

金虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by kexing46 at 2017-06-22 21:48:00
我用编程来处理结构，做的时候就已经把边缘的粒子删除了。熟悉编程的话重新读入结构文件，根据你结构的尺寸，把坐标在边缘的粒子删除就行。

另外想到一个或许可行的办法，ovito的slice功能，slice选中边界后del ...

你好，我也可以用编程来处理。我看到有很多种方法来判断结构，比如说ovito的CNA,还有用Q4Q6W4W6来判断的，你觉得哪种方法更精确点呢?

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5楼2017-06-23 08:00:41
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kexing46

金虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 11B329 at 2017-06-23 08:00:41
你好，我也可以用编程来处理。我看到有很多种方法来判断结构，比如说ovito的CNA,还有用Q4Q6W4W6来判断的，你觉得哪种方法更精确点呢?
...

不清楚Q4Q6W4W6方法。得看具体的模拟体系来决定什么更精确。CNA就是根据周围原子的构型来确定中心原子的结构类型，所以如果周期性边界处原子有距离很近的其它原子，就会破坏它的近邻结构。ovito里的CNA modifier有conventional, adaptive, bond-based三种，这些一般适用于温度不太高的情况，conventional对我做的金属力学模拟已经够用了，以及centrosymmetry modifier也不错。Development version里有voronoi topology analysis可以分析高温下的构型。不过如果边缘有无法识别的原子， 一般是结构文件不满足周期性导致的，提高CNA的精度不会有太大的帮助。
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6楼2017-06-23 20:35:05
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11B329

金虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by kexing46 at 2017-06-23 20:35:05
不清楚Q4Q6W4W6方法。得看具体的模拟体系来决定什么更精确。CNA就是根据周围原子的构型来确定中心原子的结构类型，所以如果周期性边界处原子有距离很近的其它原子，就会破坏它的近邻结构。ovito里的CNA modifier有 ...

谢谢你的解答！很有帮助！

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7楼2017-06-24 08:17:49
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