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关于ovito软件对晶体晶型的判断 已有1人参与
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本人用ovito软件来判断晶体的构型是fcc，bcc，还是hcp，但是遇到个问题就是ovito在判断的时候边缘的粒子判断不出来，一直都是白色的，这可咋办？还望哪位人才能助我一臂之力，万分感谢！ 发自小木虫Android客户端 |
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可能是simulation box边界和原子边界不一致导致的；或者是没有保证box里都是unit cell，尤其边界处unit cell原子占位都填满的话，ovito里的周期性算法会认为边界处存在原子距离为零的点，无法得出对的构型。 发自小木虫IOS客户端 |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
11B3292楼2017-06-22 00:55:13
3楼2017-06-22 21:27:36
4楼2017-06-22 21:48:00
5楼2017-06-23 08:00:41
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不清楚Q4Q6W4W6方法。得看具体的模拟体系来决定什么更精确。CNA就是根据周围原子的构型来确定中心原子的结构类型，所以如果周期性边界处原子有距离很近的其它原子，就会破坏它的近邻结构。ovito里的CNA modifier有conventional, adaptive, bond-based三种，这些一般适用于温度不太高的情况，conventional对我做的金属力学模拟已经够用了，以及centrosymmetry modifier也不错。Development version里有voronoi topology analysis可以分析高温下的构型。不过如果边缘有无法识别的原子， 一般是结构文件不满足周期性导致的，提高CNA的精度不会有太大的帮助。 |
6楼2017-06-23 20:35:05
7楼2017-06-24 08:17:49