应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 关于ovito软件对晶体晶型的判断
51/1返回列表
查看: 3597  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

11B329

金虫 (正式写手)

[求助] 关于ovito软件对晶体晶型的判断 已有1人参与

本人用ovito软件来判断晶体的构型是fcc，bcc，还是hcp，但是遇到个问题就是ovito在判断的时候边缘的粒子判断不出来，一直都是白色的，这可咋办？还望哪位人才能助我一臂之力，万分感谢！

发自小木虫Android客户端
回复此楼

» 猜你喜欢
往前走吧！
1楼 2017-06-18 09:39:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

11B329

金虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by kexing46 at 2017-06-22 00:55:13
可能是simulation box边界和原子边界不一致导致的；或者是没有保证box里都是unit cell，尤其边界处unit cell原子占位都填满的话，ovito里的周期性算法会认为边界处存在原子距离为零的点，无法得出对的构型。
...

请问，你是怎么处理这些边缘粒子的?这些边缘粒子的结构属性能有个方法来处理吗?

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
往前走吧！
3楼2017-06-22 21:27:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答

kexing46

金虫 (正式写手)
可能是simulation box边界和原子边界不一致导致的；或者是没有保证box里都是unit cell，尤其边界处unit cell原子占位都填满的话，ovito里的周期性算法会认为边界处存在原子距离为零的点，无法得出对的构型。

发自小木虫IOS客户端
赞一下 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

11B329
2楼2017-06-22 00:55:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

kexing46

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
11B329: 金币+20, ★★★★★最佳答案 2017-06-23 08:05:24
引用回帖:
3楼: Originally posted by 11B329 at 2017-06-22 21:27:36
请问，你是怎么处理这些边缘粒子的?这些边缘粒子的结构属性能有个方法来处理吗?
...

我用编程来处理结构，做的时候就已经把边缘的粒子删除了。熟悉编程的话重新读入结构文件，根据你结构的尺寸，把坐标在边缘的粒子删除就行。

另外想到一个或许可行的办法，ovito的slice功能，slice选中边界后delete selected particles，然后export到新文件。
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2017-06-22 21:48:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

11B329

金虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by kexing46 at 2017-06-22 21:48:00
我用编程来处理结构，做的时候就已经把边缘的粒子删除了。熟悉编程的话重新读入结构文件，根据你结构的尺寸，把坐标在边缘的粒子删除就行。

另外想到一个或许可行的办法，ovito的slice功能，slice选中边界后del ...

你好，我也可以用编程来处理。我看到有很多种方法来判断结构，比如说ovito的CNA,还有用Q4Q6W4W6来判断的，你觉得哪种方法更精确点呢?

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
往前走吧！
5楼2017-06-23 08:00:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭