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再靓二十年

金虫 (小有名气)

[求助] 优化结构出错 已有2人参与

如图 除去金属 所含元素确实只有CNHSO啊？

优化结构出错


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1楼 2017-06-13 22:18:05
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三石草祭

木虫 (正式写手)
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树的精神，水的品质
2楼2017-06-14 07:38:41
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再靓二十年

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 三石草祭 at 2017-06-14 07:38:41
贴出输入文件

%chk=2.chk
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#p opt freq b3lyp/gen geom=connectivity pseudo=read gfinput scrf=（iefpcm,solvent=water）

21 opt

-1 1
N
C                  1              B1
C                  2              B2    1              A1
C                  3              B3    2              A2    1              D1
C                  4              B4    3              A3    2              D2
C                  5              B5    4              A4    3              D3
C                  6              B6    5              A5    4              D4
C                  7              B7    6              A6    5              D5
C                  8              B8    7              A7    6              D6
C                  1              B9    2              A8    3              D7
C                  4             B10    3              A9    2              D8
O                 11             B11    4             A10    3              D9
O                 11             B12    4             A11    3             D10
C                  2             B13    1             A12   10             D11
C                 14             B14    2             A13    1             D12
C                 15             B15   14             A14    2             D13
C                 16             B16   15             A15   14             D14
C                 17             B17   16             A16   15             D15
C                 18             B18   17             A17   16             D16
N                 15             B19   14             A18    2             D17
C                 20             B20   15             A19   14             D18
C                 21             B21   20             A20   15             D19
C                 22             B22   21             A21   20             D20
C                 23             B23   22             A22   21             D21
C                 24             B24   23             A23   22             D22
C                 25             B25   24             A24   23             D23
C                 26             B26   25             A25   24             D24
C                 27             B27   26             A26   25             D25
C                 20             B28   15             A27   14             D26
C                 23             B29   22             A28   21             D27
O                 30             B30   23             A29   22             D28
O                 30             B31   23             A30   22             D29
C                 21             B32   20             A31   15             D30
C                 33             B33   21             A32   20             D31
C                 34             B34   33             A33   21             D32
C                 35             B35   34             A34   33             D33
C                 36             B36   35             A35   34             D34
C                 37             B37   36             A36   35             D35
Ir                 1             B38    2             A37    3             D36
C                  8             B39    7             A38    6             D37
C                 40             B40    8             A39    7             D38
C                 41             B41   40             A40    8             D39
C                 42             B42   41             A41   40             D40
C                 43             B43   42             A42   41             D41
C                 40             B44    8             A43    7             D42
S                 40             B45    8             A44    7             D43
O                 46             B46   40             A45    8             D44
O                 46             B47   40             A46    8             D45
O                 46             B48   40             A47    8             D46
N                 20             B49   15             A48   14             D47
N                 50             B50   20             A49   15             D48
C                 51             B51   50             A50   20             D49
N                 52             B52   51             A51   50             D50
C                 53             B53   52             A52   51             D51
C                 50             B54   20             A53   15             D52
C                 55             B55   50             A54   20             D53
C                 56             B56   55             A55   50             D54
C                 57             B57   56             A56   55             D55
C                 58             B58   57             A57   56             D56
C                 59             B59   58             A58   57             D57
C                 60             B60   59             A59   58             D58
S                 59             B61   58             A60   57             D59
O                 62             B62   59             A61   58             D60
O                 62             B63   59             A62   58             D61
O                 62             B64   59             A63   58             D62
C                 52             B65   51             A64   50             D63
C                 66             B66   52             A65   51             D64
C                 67             B67   66             A66   52             D65
C                 68             B68   67             A67   66             D66
C                 69             B69   68             A68   67             D67
N                 70             B70   69             A69   68             D68
H                  3             B71    2             A70    1             D69
H                  6             B72    5             A71    4             D70
H                  7             B73    6             A72    5             D71
H                  8             B74    7             A73    6             D72
H                  9             B75    8             A74    7             D73
H                 13             B76   11             A75    4             D74
H                 16             B77   15             A76   14             D75
H                 17             B78   16             A77   15             D76
H                 18             B79   17             A78   16             D77
H                 19             B80   18             A79   17             D78
H                 22             B81   21             A80   20             D79
H                 25             B82   24             A81   23             D80
H                 26             B83   25             A82   24             D81
H                 27             B84   26             A83   25             D82
H                 28             B85   27             A84   26             D83
H                 32             B86   30             A85   23             D84
H                 35             B87   34             A86   33             D85
H                 36             B88   35             A87   34             D86
H                 37             B89   36             A88   35             D87
H                 38             B90   37             A89   36             D88
H                 41             B91   40             A90    8             D89
H                 42             B92   41             A91   40             D90
H                 44             B93   43             A92   42             D91
H                 45             B94   40             A93    8             D92
H                 57             B95   56             A94   55             D93
H                 58             B96   57             A95   56             D94
H                 60             B97   59             A96   58             D95
H                 61             B98   60             A97   59             D96
H                 67             B99   66             A98   52             D97
H                 68            B100   67             A99   66             D98
H                 69            B101   68            A100   67             D99
H                 70            B102   69            A101   68            D100

   B1             1.27778858
   B2             1.34639582
   B3             1.34432788
   B4             1.35657985
   B5             1.35121200
   B6             1.33771980
   B7             1.33258168
   B8             1.33895675
   B9             1.29129912
   B10            1.37125147
   B11            1.21163560
   B12            1.36213759
   B13            1.35220363
   B14            1.34050533
   B15            1.34601116
   B16            1.34090382
   B17            1.33864719
   B18            1.34167625
   B19            2.78641366
   B20            1.28254327
   B21            1.34682571
   B22            1.34135085
   B23            1.35403126
   B24            1.35181823
   B25            1.33677685
   B26            1.33133880
   B27            1.33889851
   B28            1.29509397
   B29            1.37109020
   B30            1.21231337
   B31            1.36080612
   B32            1.35363817
   B33            1.33971960
   B34            1.34500421
   B35            1.34046345
   B36            1.33841299
   B37            1.34174260
   B38            1.97028405
   B39            6.33729175
   B40            1.34105881
   B41            1.34301059
   B42            1.35183778
   B43            1.35017893
   B44            1.34134921
   B45            1.79382569
   B46            1.45256233
   B47            1.45221780
   B48            1.66216266
   B49            2.72997292
   B50            1.24912468
   B51            1.25690518
   B52            1.27680607
   B53            1.27618219
   B54            1.27006413
   B55            1.36057605
   B56            1.35325250
   B57            1.34153100
   B58            1.34000714
   B59            1.34150269
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   B65            1.35473260
   B66            1.36582632
   B67            1.34411164
   B68            1.32843154
   B69            1.33646855
   B70            1.29317635
   B71            1.09414192
   B72            1.09632231
   B73            1.10333373
   B74            1.10350372
   B75            1.09608731
   B76            0.96689783
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   B79            1.10344273
   B80            1.10035189
   B81            1.09352343
   B82            1.09666386
   B83            1.10285052
   B84            1.10364825
   B85            1.09148475
   B86            0.96727672
   B87            1.09893125
   B88            1.10289998
   B89            1.10332793
   B90            1.10016477
   B91            1.10326694
   B92            1.10325496
   B93            1.10168899
   B94            1.10340247
   B95            1.10313416
   B96            1.10288706
   B97            1.10361378
   B98            1.10157205
   B99            1.11080951
   B100           1.10193794
   B101           1.09907262
   B102           1.10913405
   A1           117.29400980
   A2           122.61224907
   A3           115.07849299
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   A5           123.48683472
   A6           117.93962551
   A7           118.80780510
   A8           119.18803276
   A9           117.31048520
   A10          123.51484847
   A11          122.29223399
   A12          121.94975432
   A13          114.38861189
   A14          121.14627514
   A15          120.11872579
   A16          119.47907253
   A17          119.94034250
   A18          154.77143082
   A19          102.19631876
   A20          118.61873699
   A21          122.55608640
   A22          114.16559700
   A23          120.63095745
   A24          123.58171482
   A25          117.48166718
   A26          118.76823789
   A27          132.59059030
   A28          118.15528929
   A29          122.42849759
   A30          122.44797894
   A31          121.95086227
   A32          114.56411078
   A33          121.21688739
   A34          120.29300697
   A35          119.29654444
   A36          119.87528994
   A37          112.21746173
   A38          117.90161506
   A39           61.42335492
   A40          120.86305393
   A41          122.94687812
   A42          114.66325828
   A43           75.99583773
   A44          131.42713214
   A45          109.31612041
   A46          108.20446444
   A47          109.49007685
   A48          119.28443552
   A49           72.97737814
   A50          122.92365452
   A51          112.17456025
   A52          123.78402086
   A53          159.78079217
   A54          112.82084202
   A55          121.73338168
   A56          123.23452513
   A57          120.55842061
   A58          117.78330111
   A59          120.77265034
   A60          120.62449845
   A61          108.37781669
   A62          107.84080992
   A63          109.27407435
   A64          140.23625620
   A65          173.52912272
   A66          142.38122634
   A67          112.31105872
   A68          108.42174362
   A69          121.54214231
   A70          118.59985977
   A71          124.41335638
   A72          121.53781865
   A73          119.93727142
   A74          110.58320083
   A75          112.49143813
   A76          124.12418362
   A77          120.46938244
   A78          119.72824513
   A79          115.23951877
   A80          119.16914560
   A81          124.54652103
   A82          121.81788293
   A83          119.82381311
   A84          109.20209558
   A85          112.03794233
   A86          123.86534686
   A87          120.53333790
   A88          119.70354954
   A89          114.85252835
   A90          120.11313820
   A91          115.03790762
   A92          121.42043429
   A93          120.27168454
   A94          122.64071914
   A95          118.82883095
   A96          120.00036835
   A97          115.38675376
   A98          107.06010073
   A99          122.86929069
   A100         124.25529250
   A101         111.19399822
   D1             6.96513422
   D2            12.08761729
   D3           166.54443282
   D4          -172.37634414
   D5             1.84540755
   D6            -3.65875183
   D7           -28.93602483
   D8          -174.10999710
   D9          -177.51431510
   D10            4.17640471
   D11          160.11381529
   D12            3.79051015
   D13          176.38191511
   D14            1.82140834
   D15           -0.29275122
   D16           -0.93241057
   D17          -20.08988848
   D18          -86.60918592
   D19         -121.20193096
   D20           -8.09210318
   D21          -13.29131789
   D22         -163.34655550
   D23          172.78862821
   D24           -1.34608866
   D25            2.60863587
   D26          128.56373734
   D27          173.08749250
   D28         -174.65551900
   D29           -1.33400575
   D30           50.88308942
   D31           -3.86643531
   D32         -175.12584861
   D33           -3.33475827
   D34            0.61025230
   D35            1.44991446
   D36          169.09609347
   D37         -135.73899554
   D38           63.83397627
   D39           52.97969150
   D40            1.91265548
   D41           -2.73809534
   D42         -163.32602605
   D43          -43.61140514
   D44          -68.11421144
   D45          165.17517481
   D46           48.32470961
   D47           15.59169168
   D48           20.38322312
   D49          133.66803804
   D50           34.75843197
   D51          -13.36500543
   D52          149.71040059
   D53           54.58125934
   D54           14.86762839
   D55         -175.42077375
   D56            1.57204149
   D57           -0.62263790
   D58            0.15888301
   D59          176.14754081
   D60         -131.86602393
   D61          102.07748813
   D62          -15.04735702
   D63         -150.45796869
   D64            8.01828696
   D65           13.76572034
   D66           18.27711255
   D67          -14.14187304
   D68          -16.52301901
   D69         -171.58645198
   D70            4.10724456
   D71          178.36497569
   D72          176.77243600
   D73          179.22879770
   D74            8.05214681
   D75         -178.35727776
   D76          179.36835795
   D77          179.44915071
   D78         -179.99003523
   D79          169.74183075
   D80           -2.58397775
   D81         -178.14458071
   D82         -177.58121003
   D83         -179.95687342
   D84           15.36164085
   D85          176.42101789
   D86         -179.26372060
   D87         -179.36636878
   D88          179.72046714
   D89         -126.10770614
   D90         -178.78047017
   D91         -171.68224754
   D92          130.18521373
   D93            5.64565211
   D94         -179.03381870
   D95          176.93146984
   D96          173.46850210
   D97         -169.78296044
   D98          177.91183882
   D99          156.72958711
   D100         164.92313851

C N O S H 0
6-31G*
****
Ir 0
Lanl2dz
****

Ir 0
Lanl2dz
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3楼2017-06-14 08:11:48
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zhangmt

至尊木虫 (著名写手)

我叫MT

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
#p opt freq b3lyp/gen geom=connectivity pseudo=read gfinput scrf=（iefpcm,solvent=water）
这一行，改成：
#p opt freq b3lyp/genecp scrf=(iefpcm)

另外不要用中文的括号。
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一群自以为正义凛然的年轻人将一切不能以科学解释的事情定性为封建迷信并大刀阔斧地进行消灭，其实这是修养不足学识浅薄的一种体现，也是可恶的偏执和愚蠢的自以
4楼2017-06-14 23:33:31
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再靓二十年

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by zhangmt at 2017-06-14 23:33:31
#p opt freq b3lyp/gen geom=connectivity pseudo=read gfinput scrf=（iefpcm,solvent=water）
这一行，改成：
#p opt freq b3lyp/genecp scrf=(iefpcm)

另外不要用中文的括号。

修改以后 还是不对，再次求教
优化结构出错-1


优化结构出错-2


优化结构出错-3



发自小木虫IOS客户端
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5楼2017-06-16 22:02:52
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hzfish

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
再靓二十年: 金币+10, ★★★很有帮助 2017-06-26 10:13:45
去掉 geom=connectivity。
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6楼2017-06-17 08:53:21
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zhangmt

至尊木虫 (著名写手)

我叫MT

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
再靓二十年: 金币+40, ★★★★★最佳答案 2017-06-26 10:13:02
错误信息：excessive number of vertices on a tessera
表面上看，似乎是溶剂化模型在构造空腔的时候出错。但查看你的结构就会发现，初始结构不合理。很多键长、键角不在合理的范围内，Gaussian不是万能的，你给一个不合理的初始结构，它不会给你合理的计算结果的。比如你把所有的C-C键不论单键双键芳香键都定义在1.34-1.35A，这肯定不合理。芳香键你从1.39A就差不多。吡啶C-N键应该在1.35左右，你画成1.25显然不合理。吡啶N向Ir的配位不可能导致吡啶你绘制的那么扭曲。其它比如羧酸的H也不会向临近的苯环上的H靠近的，有空间位阻啊。
反正就是初始结构一塌糊涂，那么计算过程出现任何错误都是可以理解的。
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一群自以为正义凛然的年轻人将一切不能以科学解释的事情定性为封建迷信并大刀阔斧地进行消灭，其实这是修养不足学识浅薄的一种体现，也是可恶的偏执和愚蠢的自以
7楼2017-06-18 07:57:35
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再靓二十年

金虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by zhangmt at 2017-06-18 07:57:35
错误信息：excessive number of vertices on a tessera
表面上看，似乎是溶剂化模型在构造空腔的时候出错。但查看你的结构就会发现，初始结构不合理。很多键长、键角不在合理的范围内，Gaussian不是万能的，你给一 ...

我是先在chemdraw 3D里画图然后MM2优化后 再到高斯进一步优化。初始结构不合理，我用的就是自带的结构模型然后用啊 它本身应该不存在不合理的情况啊
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8楼2017-06-19 09:31:01
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zhangmt

至尊木虫 (著名写手)

我叫MT
对，你就坚持你说的正确。。我撤回所有的建议。
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一群自以为正义凛然的年轻人将一切不能以科学解释的事情定性为封建迷信并大刀阔斧地进行消灭，其实这是修养不足学识浅薄的一种体现，也是可恶的偏执和愚蠢的自以
9楼2017-06-23 05:59:00
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小范范1989

木虫 (著名写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 再靓二十年 at 2017-06-19 09:31:01
我是先在chemdraw 3D里画图然后MM2优化后 再到高斯进一步优化。初始结构不合理，我用的就是自带的结构模型然后用啊 它本身应该不存在不合理的情况啊...

听zhangmt大牛的。你构建的初始构型应该不合理。我当时也用chemdraw建过模型，然后放入高斯。但是是为了图省事。
你看看直接用view建模。
我看了一下你的构型，里面有很多键不合理。你这个构型，我们这个方向做磷光的采用过。你用高斯view搭建，应该也不是很困难。
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It doesn't matter how slow you are, as long as you're determined to get there, you'll get there.
10楼2017-06-23 08:53:35
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