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hxsj

木虫 (正式写手)

[交流] 请教蛋白质结构预测

我是新手,听说有些网站可以做免费的蛋白质结构预测,查了一些不太会用,哪位大侠做过,哪个网站简单好用一些呢?
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

★ ★
hxsj(金币+2,VIP+0):非常感谢
swiss-model
http://swissmodel.expasy.org/SWISS-MODEL.html
这个很简便的
做蛋白结构预测这网站采用的是同源建模的方法
在你已知你的蛋白序列时,你可以提交后点选Alignment Interface 即可利用数据库内自有的模板进行建模。
当同源性大于30%时结果比较可信
但是由这个得出的蛋白模型是很粗糙的,需要进一步的处理,你可以上计模-药物设计板块看看,那边有很多高人
2楼2009-01-14 21:04:09
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hxsj

木虫 (正式写手)

感谢帮助,具体情况是这样的。我现在手头自己表达了一个蛋白,和PDB中的一个同样蛋白相比,N端比它多了大概几十个氨基酸,其他几乎相同。我想预测出我的蛋白的二级结构和三级结构,但是在swiss model上面做了之后只能给出同源性部分的模型,在predictprotein又只能得到二级结构的信息。在这里请教大家,我怎么才能得到前端多出来的几十个氨基酸的结构以及对整体结构的影响,或者是整个蛋白3D方面的信息。有什么网站或者是软件可以做这件事吗?先谢谢楼上的以及大家了。
3楼2009-02-18 16:14:38
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