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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 同样的初始构型与in文件，模拟结果与并行核数有关，如何解决？
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sandy950111

新虫 (初入文坛)

[求助] 同样的初始构型与in文件，模拟结果与并行核数有关，如何解决？

如题，我用LAMMPS做一个NEMD，用nose-hoover控压控制水的压力，模拟水滴的两相过程。
但是用20核并行和用100核并行结果有着显著差异，请问这可能与什么有关？应该尝试改变哪些模拟参数以消除？
我采用的水分子模型为TIP4P-2005，timestep=2fs，采用fix shake算法。

谢谢！
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1楼 2017-06-11 11:46:50
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iSimuLy

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显著 差异是指

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2楼2017-06-11 13:20:01
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iSimuLy

捐助贵宾 (正式写手)

资深专家顾问
系综平均的物理量才有可比性

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3楼2017-06-11 13:20:44
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sandy950111

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by iSimuLy at 2017-06-11 13:20:01
显著 差异是指

您好，显著差异是指：
20核模拟中，并未因压力降低产生两相现象，即液体转变为水蒸气。
100核模拟中，因压力降低产生了液体转变为水蒸气的结果，并且随着模拟时间的进行该转变愈发明显。

两个模拟中的data文件与in文件都一致。
我对20核和100核的模拟均进行了多组进行确认。20核的模拟结果相互一致，100核的模拟结果也相互一致。所以这种差异应该是由于并行的核数不同导致的，但是为什么会有这种结果我无法理解。
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4楼2017-06-11 14:14:15
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MS_Z

金虫 (初入文坛)
水的模拟timestep一般不都取1fs么……不过这个既然是一样的in文件 这个应该影响不大 不过并行核数确实会对结果有影响 不会影响这么大还是第一次听说 关注一下

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5楼2017-06-11 14:22:09
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有风的日子qq

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by sandy950111 at 2017-06-11 14:14:15
您好，显著差异是指：
20核模拟中，并未因压力降低产生两相现象，即液体转变为水蒸气。
100核模拟中，因压力降低产生了液体转变为水蒸气的结果，并且随着模拟时间的进行该转变愈发明显。

两个模拟中的data文件 ...

您好，我也出现了差异，请问你是怎么解决的？
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6楼2018-06-21 14:11:02
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