应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 同样的初始构型与in文件，模拟结果与并行核数有关，如何解决？
61/1返回列表
查看: 1725  |  回复: 5
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

sandy950111

新虫 (初入文坛)

[求助] 同样的初始构型与in文件，模拟结果与并行核数有关，如何解决？

如题，我用LAMMPS做一个NEMD，用nose-hoover控压控制水的压力，模拟水滴的两相过程。
但是用20核并行和用100核并行结果有着显著差异，请问这可能与什么有关？应该尝试改变哪些模拟参数以消除？
我采用的水分子模型为TIP4P-2005，timestep=2fs，采用fix shake算法。

谢谢！
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
1楼 2017-06-11 11:46:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

iSimuLy

捐助贵宾 (正式写手)

资深专家顾问
显著 差异是指

发自小木虫Android客户端
回复此楼
2楼2017-06-11 13:20:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

iSimuLy

捐助贵宾 (正式写手)

资深专家顾问
系综平均的物理量才有可比性

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
3楼2017-06-11 13:20:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sandy950111

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by iSimuLy at 2017-06-11 13:20:01
显著 差异是指

您好，显著差异是指：
20核模拟中，并未因压力降低产生两相现象，即液体转变为水蒸气。
100核模拟中，因压力降低产生了液体转变为水蒸气的结果，并且随着模拟时间的进行该转变愈发明显。

两个模拟中的data文件与in文件都一致。
我对20核和100核的模拟均进行了多组进行确认。20核的模拟结果相互一致，100核的模拟结果也相互一致。所以这种差异应该是由于并行的核数不同导致的，但是为什么会有这种结果我无法理解。
赞一下 回复此楼
4楼2017-06-11 14:14:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

MS_Z

金虫 (初入文坛)
水的模拟timestep一般不都取1fs么……不过这个既然是一样的in文件 这个应该影响不大 不过并行核数确实会对结果有影响 不会影响这么大还是第一次听说 关注一下

发自小木虫IOS客户端
赞一下 回复此楼
5楼2017-06-11 14:22:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

有风的日子qq

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by sandy950111 at 2017-06-11 14:14:15
您好，显著差异是指：
20核模拟中，并未因压力降低产生两相现象，即液体转变为水蒸气。
100核模拟中，因压力降低产生了液体转变为水蒸气的结果，并且随着模拟时间的进行该转变愈发明显。

两个模拟中的data文件 ...

您好，我也出现了差异，请问你是怎么解决的？
赞一下 回复此楼
6楼2018-06-21 14:11:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 sandy950111 的主题更新
61/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[博后之家] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +4 IDs3scOF0tjC 2026-09-28 4/200 2026-09-29 19:27 by cqwQDCxMcL3I
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +4 ZYXdhzDAy9ZX 2026-09-28 4/200 2026-09-29 16:54 by yCO1Ll7aHtsw
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 ZYXdhzDAy9ZX 2026-09-28 4/200 2026-09-29 16:37 by etmYJ6d2rquH
[博后之家] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 ZYXdhzDAy9ZX 2026-09-28 3/150 2026-09-29 16:30 by etmYJ6d2rquH
[考博] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 tqUTOxClQUMF 2026-09-28 3/150 2026-09-29 15:46 by etmYJ6d2rquH
[论文投稿] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 tqUTOxClQUMF 2026-09-28 4/200 2026-09-29 15:15 by etmYJ6d2rquH
[博后之家] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 tqUTOxClQUMF 2026-09-28 3/150 2026-09-29 15:04 by etmYJ6d2rquH
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +6 GDBe8tDZqE8z 2026-09-28 6/300 2026-09-29 14:41 by etmYJ6d2rquH
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 CfXuS1rDhLYN 2026-09-28 3/150 2026-09-29 14:24 by etmYJ6d2rquH
[找工作] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +6 IDs3scOF0tjC 2026-09-28 6/300 2026-09-29 14:13 by etmYJ6d2rquH
[博后之家] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 IDs3scOF0tjC 2026-09-28 3/150 2026-09-29 13:56 by etmYJ6d2rquH
[考研] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 tqUTOxClQUMF 2026-09-28 3/150 2026-09-29 09:59 by JzYBbHIXWSrW
[教师之家] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +4 GDBe8tDZqE8z 2026-09-28 4/200 2026-09-29 09:49 by JzYBbHIXWSrW
[考研] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 ZYXdhzDAy9ZX 2026-09-28 3/150 2026-09-29 06:42 by ZvyPK8n6Nfki
[找工作] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 ZYXdhzDAy9ZX 2026-09-28 3/150 2026-09-29 06:28 by ZvyPK8n6Nfki
[公派出国] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +4 IDs3scOF0tjC 2026-09-28 4/200 2026-09-28 22:55 by ez6fGg9abYaj
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 CfXuS1rDhLYN 2026-09-28 4/200 2026-09-28 22:55 by ez6fGg9abYaj
[有机交流] 同一个分子，一条来自文献，一条来自AI——不告诉你答案，你会选哪条？ +3 tianxiaoxian 2026-09-28 6/300 2026-09-28 22:44 by tianxiaoxian
[考博] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 IDs3scOF0tjC 2026-09-28 6/300 2026-09-28 22:15 by ez6fGg9abYaj
[考研] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 IDs3scOF0tjC 2026-09-28 4/200 2026-09-28 18:51 by 9lS3ad5oOymn
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭