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sandy950111

新虫 (初入文坛)

[求助] 同样的初始构型与in文件,模拟结果与并行核数有关,如何解决?

如题,我用LAMMPS做一个NEMD,用nose-hoover控压控制水的压力,模拟水滴的两相过程。
但是用20核并行和用100核并行结果有着显著差异,请问这可能与什么有关?应该尝试改变哪些模拟参数以消除?
我采用的水分子模型为TIP4P-2005,timestep=2fs,采用fix shake算法。

谢谢!
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iSimuLy

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2楼2017-06-11 13:20:01
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iSimuLy

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资深专家顾问


系综平均的物理量才有可比性

发自小木虫Android客户端
3楼2017-06-11 13:20:44
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sandy950111

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by iSimuLy at 2017-06-11 13:20:01
显著 差异是指

您好,显著差异是指:
20核模拟中,并未因压力降低产生两相现象,即液体转变为水蒸气。
100核模拟中,因压力降低产生了液体转变为水蒸气的结果,并且随着模拟时间的进行该转变愈发明显。

两个模拟中的data文件与in文件都一致。
我对20核和100核的模拟均进行了多组进行确认。20核的模拟结果相互一致,100核的模拟结果也相互一致。所以这种差异应该是由于并行的核数不同导致的,但是为什么会有这种结果我无法理解。
4楼2017-06-11 14:14:15
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MS_Z

金虫 (初入文坛)

水的模拟timestep一般不都取1fs么……不过这个既然是一样的in文件 这个应该影响不大 不过并行核数确实会对结果有影响 不会影响这么大还是第一次听说 关注一下

发自小木虫IOS客户端
5楼2017-06-11 14:22:09
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有风的日子qq

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by sandy950111 at 2017-06-11 14:14:15
您好,显著差异是指:
20核模拟中,并未因压力降低产生两相现象,即液体转变为水蒸气。
100核模拟中,因压力降低产生了液体转变为水蒸气的结果,并且随着模拟时间的进行该转变愈发明显。

两个模拟中的data文件 ...

您好,我也出现了差异,请问你是怎么解决的?
6楼2018-06-21 14:11:02
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