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konghuihui99

金虫 (小有名气)

[交流] 【已成功】cif求助:Flack参数问题,审稿人意见

我的单晶空间群是Pna2(1),
投稿时refinment 部分如下,
_refine_ls_structure_factor_coef  Fsqd  
_refine_ls_matrix_type            full
_refine_ls_weighting_scheme       calc  
_refine_ls_weighting_details
'calc w=1/[\s^2^(Fo^2^)+(0.0373P)^2^+0.0000P] where P=(Fo^2^+2Fc^2^)/3'
_atom_sites_solution_primary      direct
_atom_sites_solution_secondary    difmap
_atom_sites_solution_hydrogens    geom
_refine_ls_hydrogen_treatment     constr
_refine_ls_extinction_method      none
_refine_ls_extinction_coef        ?
_refine_ls_abs_structure_details
'Flack H D (1983), Acta Cryst. A39, 876-881'
_chemical_absolute_configuration  syn
_refine_ls_abs_structure_Flack    -10(10)
_refine_ls_number_reflns          1313
_refine_ls_number_parameters      154
_refine_ls_number_restraints      5
_refine_ls_R_factor_all           0.0433
_refine_ls_R_factor_gt            0.0354
_refine_ls_wR_factor_ref          0.0791
_refine_ls_wR_factor_gt           0.0763
_refine_ls_goodness_of_fit_ref    1.031
_refine_ls_restrained_S_all       1.030
_refine_ls_shift/su_max           0.000
_refine_ls_shift/su_mean          0.000


编辑回复如下,
According to your Refinement statement, you merged the Friedel pairs before the final refinement. Therefore it would be impossible to have a sensible Flack parameter. Your CIF currently reports a nonsensical Flack parameter of -10 with an uncertainty of 10. Please check your refinement to make sure that the Flack parameter was not included as a free variable. If it was included, set the instructions so that the Flack parameter is not refined, perform the final refinement again, and update the CIF and structure factor list accordingly. The proper listing for the _refine_ls_abs_structure_Flack entry in the CIF should be ? since no value was determined, and the entry for _refine_ls_abs_structure_details should be 'not determined'.

他建议把
_refine_ls_abs_structure_Flack 改成  ?
_refine_ls_abs_structure_details  改成  ‘not determined’

现在不清楚到底怎么改,只改cif里这两个地方就可以吗?
其他地方是否还需要修改?

谢谢高手来回答,
如果还需要其他资料 或有不清楚的,可以留言,我会及时补充

[ Last edited by konghuihui99 on 2009-1-19 at 16:21 ]
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crystalsnet

新虫 (正式写手)

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
waiy2001(金币+1,VIP+0):谢谢
konghuihui99(金币+10,VIP+0):谢谢,以后再追加金币
很显然您的结构里面没有重原子,因而在解结构时合并了 Friedel pairs。因而Flack参数对您的结构没有意义,尽管您合成的原料是已知的构型。
个人认为按照编辑的意见就可以了。
不对之处,请大家指正!
2楼2009-01-13 20:51:17
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konghuihui99

金虫 (小有名气)

谢谢您的帮助,我的结构的确没有重原子,我现在不明白具体怎么按照编辑的意思来修改,是不是只要改cif中这两个地方就可以呢? 既然Flack参数没有意义,但是我的单晶是非心的,该怎样来确定绝对结构呢?
3楼2009-01-13 21:07:20
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wangningsir

木虫 (著名写手)

上书房行走

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
konghuihui99(金币+10,VIP+0):谢谢,以后再追加金币
waiy2001(金币+1,VIP+0):
konghuihui99(金币+10):谢谢帮助我解答问题 1-19 16:24
翻转下构型试试?invert structure

在ins文件中加入move 1 1 1 -1 一行命令,用XL精修下试试
文艺青年researchid: http://www.researcherid.com/rid/G-7891-2011
4楼2009-01-14 01:07:21
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xi2004

至尊木虫 (职业作家)

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
konghuihui99(金币+1,VIP+0):谢谢,以后再追加金币
konghuihui99(金币+9,VIP+0):第一次加错了
waiy2001(金币+1,VIP+0):
引用回帖:
Originally posted by wangningsir at 2009-1-14 01:07:
翻转下构型试试?invert structure

在ins文件中加入move 1 1 1 -1 一行命令,用XL精修下试试

不必了.
crystalnet是对的.
xi2004-emuch@163.com
5楼2009-01-14 09:00:33
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konghuihui99

金虫 (小有名气)

您是指在cif里该这两个地方就可以了吗

引用回帖:
Originally posted by xi2004 at 2009-1-14 09:00:


不必了.
crystalnet是对的.

只在cif里把这两个地方改过来,然后解释一下绝对构型是任意选取的。

不知道行不行。谢谢大家!!!
6楼2009-01-14 10:42:16
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xi2004

至尊木虫 (职业作家)

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
waiy2001(金币+1,VIP+0):
konghuihui99(金币+10):谢谢帮助我解答问题 1-19 16:23
是的. 同时告诉编辑flack parameter was not included as a free variable.
xi2004-emuch@163.com
7楼2009-01-14 11:43:32
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crystalsnet

新虫 (正式写手)

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
konghuihui99(金币+10):谢谢帮助我解答问题 1-19 16:22
waiy2001(金币+1):牛人呀,呵呵 1-20 09:00
极性空间群就更没意义讨论Flack参数了
8楼2009-01-14 21:42:09
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konghuihui99

金虫 (小有名气)

谢谢大家

谢谢大家,文章已经被接收,等待排版出页码。

我是按照大家所说的 直接改了那两个地方。

祝大家新春快乐
9楼2009-01-19 16:27:15
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xi2004

至尊木虫 (职业作家)

为你高兴, 但crystalsnet  先回答的, 而且说得很好了, 我只是附议而已, 不值得发这么多金币啊.
xi2004-emuch@163.com
10楼2009-01-19 16:50:15
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