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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 如何对nve系综进行弛豫？
汕头大学海洋科学、生物学、生物与医药接受调剂
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huang998

木虫 (小有名气)

[求助] 如何对nve系综进行弛豫？ 已有3人参与

在用lammps模拟裂纹扩展中，如何对nve系综进行弛豫？是用mini_style,和minimize?
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1楼 2017-06-05 19:58:05
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wxrui

新虫 (正式写手)
nve系综直接run不就可以了？min_style和 minimize 能量最小化，不是弛豫
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huang998
3楼2017-06-05 21:19:21
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wxrui

新虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
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huang998: 金币+3, ★有帮助 2017-07-10 11:02:24
nve系综直接run不就可以了？min_style和 minimize 能量最小化，不是弛豫
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4楼2017-06-05 21:20:04
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wxrui

新虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by huang998 at 2017-06-05 21:54:58
安装包里的例子里没有min _style. minimize这些命令，但是删除原子后怎么驰豫？
...

这样说吧，min_style 和minimize 是用于优化结构的方法，有几类算法可以实现，常用的有共轭梯度法（cg），模拟退火，最速下降法等，目的都是找个尽可能全局的（局域）能量最低点最稳定的结构，这时候的优化出来的结构没有温度。另外，你删除部分原子与弛豫没有必然的联系，也就是说，你删除了部分原子之后你依然可以nve弛豫，或者minimize，如果所有原子都删除，，也就不存在研究体系了，也就没法弛豫或者minimize了
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huang998
7楼2017-06-06 12:15:33
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wxrui

新虫 (正式写手)
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11楼: Originally posted by huang998 at 2017-06-06 16:02:46
我也不太清楚，如果要删除部分原子的话，应该用npt？
...

删除原子是建立模型的方法之一，和后期你运行哪种系综是没有关系的，具体的系综使用需要结合你的研究体系以及研究条件
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12楼2017-06-06 16:34:06
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cl1994861

金虫 (小有名气)
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16楼: Originally posted by huang998 at 2017-06-07 11:35:22
如果是先删除原子，然后弛豫，可以像这样吗？控制温度的变化，run一段时间？？
# equilibrate

velocity        mobile create 300.0 5812775 temp new3d
fix                1 all nve
fix                2 boundary setforce 0.0 0.0 0.0

f ...

对的，如果你指的是删除原子后，想让系综重新稳定的话，不过你的这个时间有点短
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huang998
19楼2017-06-07 16:45:52
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huang998

木虫 (小有名气)
没人吗

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2楼2017-06-05 20:39:09
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huang998

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3楼: Originally posted by wxrui at 2017-06-05 21:19:21
nve系综直接run不就可以了？min_style和 minimize 能量最小化，不是弛豫

安装包里的例子里没有min _style. minimize这些命令，但是删除原子后怎么驰豫？

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5楼2017-06-05 21:54:58
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cl1994861

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

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huang998: 金币+2, ★有帮助 2017-07-10 11:02:48
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5楼: Originally posted by huang998 at 2017-06-05 21:54:58
安装包里的例子里没有min _style. minimize这些命令，但是删除原子后怎么驰豫？
...

这2个命令是用来能量最小化的，弛豫过程说的就是运行过程中达到所设置系综条件的过程。你说的删除原子后弛豫？原子都没有不存在弛豫一说
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huang998
6楼2017-06-06 10:48:40
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huang998

木虫 (小有名气)
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引用回帖:
7楼: Originally posted by wxrui at 2017-06-06 12:15:33
这样说吧，min_style 和minimize 是用于优化结构的方法，有几类算法可以实现，常用的有共轭梯度法（cg），模拟退火，最速下降法等，目的都是找个尽可能全局的（局域）能量最低点最稳定的结构，这时候的优化出来的结 ...

比如我先建一个0 30 0 20 -5 -5的box，然后用delete_atoms删除一些原子后，要先equilibrate吧，如果是nve系综可以用temp/rescale控制温度进行驰豫？如果不是那怎么办？

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8楼2017-06-06 14:30:39
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huang998

木虫 (小有名气)
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6楼: Originally posted by cl1994861 at 2017-06-06 10:48:40
这2个命令是用来能量最小化的，弛豫过程说的就是运行过程中达到所设置系综条件的过程。你说的删除原子后弛豫？原子都没有不存在弛豫一说...

有原子，我一个模型几万个原子中，删除几十个后，要先平衡再进行其他吧？

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9楼2017-06-06 14:33:21
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wxrui

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【答案】应助回帖

★ ★ ★
huang998: 金币+3, ★有帮助 2017-07-10 11:02:58
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8楼: Originally posted by huang998 at 2017-06-06 14:30:39
比如我先建一个0 30 0 20 -5 -5的box，然后用delete_atoms删除一些原子后，要先equilibrate吧，如果是nve系综可以用temp/rescale控制温度进行驰豫？如果不是那怎么办？
...

删除部分原子，表示你已经建好模型了，然后就优化结构达到你想要的一个状态，run 就可以了。nve系综我没用过，所以不太清楚，这需要结合你的模拟体系，研究目的。温控算法有好几种，nose-hoover算法用的比较多，这也需要根据你的研究体系决定。另外nve系综应该不能控温吧？本身能量就是恒定了，，再标定粒子速度控温，，感觉有些奇怪
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10楼2017-06-06 15:28:53
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