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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 如何对nve系综进行弛豫？
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huang998

木虫 (小有名气)
引用回帖:
10楼: Originally posted by wxrui at 2017-06-06 15:28:53
删除部分原子，表示你已经建好模型了，然后就优化结构达到你想要的一个状态，run 就可以了。nve系综我没用过，所以不太清楚，这需要结合你的模拟体系，研究目的。温控算法有好几种，nose-hoover算法用的比较多，这 ...

我也不太清楚，如果要删除部分原子的话，应该用npt？

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11楼2017-06-06 16:02:46
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wxrui

新虫 (正式写手)
引用回帖:
11楼: Originally posted by huang998 at 2017-06-06 16:02:46
我也不太清楚，如果要删除部分原子的话，应该用npt？
...

删除原子是建立模型的方法之一，和后期你运行哪种系综是没有关系的，具体的系综使用需要结合你的研究体系以及研究条件
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12楼2017-06-06 16:34:06
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cl1994861

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
9楼: Originally posted by huang998 at 2017-06-06 14:33:21
有原子，我一个模型几万个原子中，删除几十个后，要先平衡再进行其他吧？
...

你既然删除了部分原子，当然是要重新进行弛豫了，还有控温是通过其他命令的例如fix npt ，fix nvt等，nve系综并不能实现控温的目的
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huang998
13楼2017-06-06 17:35:04
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huang998

木虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
13楼: Originally posted by cl1994861 at 2017-06-06 17:35:04
你既然删除了部分原子，当然是要重新进行弛豫了，还有控温是通过其他命令的例如fix npt ，fix nvt等，nve系综并不能实现控温的目的...

如果在nve系综下删除部分原子以后，怎么驰豫？你能简单的讲一下？

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14楼2017-06-06 18:50:15
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cl1994861

金虫 (小有名气)
引用回帖:
14楼: Originally posted by huang998 at 2017-06-06 18:50:15
如果在nve系综下删除部分原子以后，怎么驰豫？你能简单的讲一下？
...

如果你是在nve系综系run过一段时间后，再进行的删除原子操作，那么弛豫就是在nve下继续让它run一段时间
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huang998
15楼2017-06-07 10:34:31
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huang998

木虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
15楼: Originally posted by cl1994861 at 2017-06-07 10:34:31
如果你是在nve系综系run过一段时间后，再进行的删除原子操作，那么弛豫就是在nve下继续让它run一段时间...

如果是先删除原子，然后弛豫，可以像这样吗？控制温度的变化，run一段时间？？
# equilibrate

velocity        mobile create 300.0 5812775 temp new3d
fix                1 all nve
fix                2 boundary setforce 0.0 0.0 0.0

fix                3 mobile temp/rescale 10 300.0 300.0 10.0 1.0
fix_modify        3 temp new3d

thermo                25
thermo_modify        temp new3d

timestep        0.001
run                100
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16楼2017-06-07 11:35:22
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iSimuLy

捐助贵宾 (正式写手)

资深专家顾问

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
先讲清楚你的弛豫是什么意思？  MD的弛豫，一般讲是从非平衡到平衡的过程
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17楼2017-06-07 11:54:28
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huang998

木虫 (小有名气)
引用回帖:
17楼: Originally posted by iSimuLy at 2017-06-07 11:54:28
先讲清楚你的弛豫是什么意思？  MD的弛豫，一般讲是从非平衡到平衡的过程

就是总能量变化不大？

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18楼2017-06-07 13:14:49
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cl1994861

金虫 (小有名气)
引用回帖:
16楼: Originally posted by huang998 at 2017-06-07 11:35:22
如果是先删除原子，然后弛豫，可以像这样吗？控制温度的变化，run一段时间？？
# equilibrate

velocity        mobile create 300.0 5812775 temp new3d
fix                1 all nve
fix                2 boundary setforce 0.0 0.0 0.0

f ...

对的，如果你指的是删除原子后，想让系综重新稳定的话，不过你的这个时间有点短
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huang998
19楼2017-06-07 16:45:52
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huang998

木虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
19楼: Originally posted by cl1994861 at 2017-06-07 16:45:52
对的，如果你指的是删除原子后，想让系综重新稳定的话，不过你的这个时间有点短...

时间短是指时间间隔短，还是run的步数太少？是根据能量的变化幅度的大小，还是其它的东西确认弛豫完成了？
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20楼2017-06-07 16:59:37
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