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licailan88

银虫 (正式写手)

[求助] 分子对接 已有1人参与

请问我要做一个药物对洋刀豆脲酶和幽门螺杆菌脲酶的分子对接,Grid格子的大小设置X,Y,Z参数怎么设置?Center Grid Box如何设置?请指教,谢谢!
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licailan88

银虫 (正式写手)

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引用回帖:
2楼: Originally posted by ioadong at 2017-06-03 22:32:46
Center Grid Box 通常是设在活性口袋的位置,x,y,z的大小要把活性口袋包住,这两个都不要完全精确的。如果实在拿不准,你就可以把center 设在分子中心,xyz把分子全包围,不过这样会增加计算量。

好的,谢谢您!您说的分子中心,是药物分子还是受体分子?

发自小木虫Android客户端
3楼2017-06-03 23:51:07
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ioadong

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
Center Grid Box 通常是设在活性口袋的位置,x,y,z的大小要把活性口袋包住,这两个都不要完全精确的。如果实在拿不准,你就可以把center 设在分子中心,xyz把分子全包围,不过这样会增加计算量。

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以科学的理性代替天然的非理性。
2楼2017-06-03 22:32:46
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