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nemoliu

铜虫 (小有名气)

[交流] 文章晶体学问题求助

我一篇文章投到了OBC杂志,审稿人都同意发表了。但晶体学编辑认为文中的一个晶体结构的A警告 4.1 There is unacceptably large electron-density in the final difference map.  _refine_diff_density_max   3.189.仍需解释。具体情况简述如下:这个较强的Q峰,从位置和键长(离苯环上最近的C距离1.78A)角度考虑似乎是跟苯环成键的氯原子。定义为其他原子后(如H2O上的O),苯环上再加氢也不可能了。在投稿文章中我就没有处理这个Q峰。
    晶体编辑似乎也建议我把这个Q峰定义为部分占有的Cl, 但如果把这个原子定义为Cl,晶体学上面的问题解决了,我的化合物就不对了,整篇文章也就不成立了。而且整个合成过程中,并没有引入Cl原子。
      不知道这种情况有没有晶体学方面的合理解释。希望大家能帮我出谋划策,不胜感激!
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nemoliu

铜虫 (小有名气)


warlen(金币+1,VIP+0):十分感谢,热心助人!
由于化合物中有PF6离子,有高手建议我把这这个Q峰处理成部分占有的F,并做了距离上的限制。这样处理后问题似乎是消除了,但由于处理成C-F键距离并不是特别吻合,所以仍有1点几的残余峰。不知道这样处理合适吗?
2楼2009-01-09 23:12:28
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xi2004

至尊木虫 (职业作家)


warlen(金币+1,VIP+0):十分感谢,热心助人!
如果是F,似乎不需要处理成部分占有, 这样处理不知道C-F键会修倒怎样?
数据好吗?
xi2004-emuch@163.com
3楼2009-01-10 01:54:53
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nemoliu

铜虫 (小有名气)

数据应该还行。但是问题是这个位置本来应该是H的,直接处理成C-F键是不是说明我的化合物上发生了不该有的取代。这样会让编辑认为我的化合物不纯或者错误吧?
4楼2009-01-10 20:16:42
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xi2004

至尊木虫 (职业作家)


waiy2001(金币+1,VIP+0):
是不是有这种可能呢?
其实, 有时候有新的反应更有意思吧?

如果数据还行, 忽略这个峰就没道理, 特别是其键长,键角都合理的话.
xi2004-emuch@163.com
5楼2009-01-10 21:44:54
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nemoliu

铜虫 (小有名气)

所以麻烦也就在这里,似乎苯环上的氢被Cl取代上去了,但其他表征(HNMR,MS)都没有观察到相关信息。从合成角度看,这个位置的氢很难取代(位阻很大,而且这种卤代反应一般需要比较苛刻的条件)。
如果真的有新的反应发生,也就说明我的最终化合物错误,估计整篇文章也就不成立了。
此外这个晶体结构我另外又测试过,数据不太好,但明显没有这个Q峰。
6楼2009-01-10 22:12:06
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xi2004

至尊木虫 (职业作家)


waiy2001(金币+1,VIP+0):能否说得具体点呢,呵呵
这种情况要结合其他表征.
结构里有没有Cl或F, 可以用其他手段来证明吧.
xi2004-emuch@163.com
7楼2009-01-10 22:56:19
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