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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 怎么用脚本文件建立球状水体
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toxicLi

新虫 (初入文坛)

[求助] 怎么用脚本文件建立球状水体 已有1人参与

我在我的电脑中找不到wat_sphere.tcl脚本文件？请问这个有什么解决办法吗？

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1楼 2017-05-17 08:51:15
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toxicLi

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2017-05-17 16:57:24
干嘛要搞那么麻烦呢？
用VMD就可以很轻松建立一个球形水体啊。
打个比方说，你想建立一个半径为6的球形水体，那么你可以先在vmd里面输入一个边长大于6的水盒子，然后选择半径为6的部分保存就可以了。

set sel  ...

我刚入门，嘻嘻，谢谢指点!

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3楼2017-05-19 09:18:24
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
干嘛要搞那么麻烦呢？
用VMD就可以很轻松建立一个球形水体啊。
打个比方说，你想建立一个半径为6的球形水体，那么你可以先在vmd里面输入一个边长大于6的水盒子，然后选择半径为6的部分保存就可以了。

set sel [atomselect top "sqrt(x*x+y*y+z*z)<6"]
$sel writepdb waterR6.pdb
$sel writepsf waterR6.psf

OK， so easy
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2楼2017-05-17 16:57:24
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雨叶G

新虫 (初入文坛)
你好，你的问题解决了吗？我也遇到了同样的问题，用二楼给的方法的到的pdb文件时空的
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破釜沉舟，拼它个日出日落
4楼2019-04-06 23:09:46
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cjl123321

铜虫 (正式写手)
二楼的方法是可行的，还有一种方法是packmol

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5楼2019-04-30 00:49:31
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