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请问什么程序语言读取数据文档比较快？ 已有3人参与
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通过Lammps得到了一个将近4G的存储有分子轨迹的文件，需要对轨迹数据进行分析。 我现在的做法是用Matlab中的textscan函数读取该文件中的数据，读了一天了。。。。 请问大家使用什么高效的工具来读取数据、分析数据？ |
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 分子模拟 |
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5楼2017-05-13 16:30:33
jluchemlib
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2楼2017-05-12 08:29:47
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感谢您的回复！ 试了下用VMD读取dcd格式，速度的确比lammpstrj格式快的多。 matlab中也有fread等函数可用于读取二进制文档。 简单查了一下，dcd是一种单精度的二进制Fortran文档。 对于lammpstrj文档，可以看出它的结构，每一帧前几行描述了这帧数据的总体情况，后面每一行依次是原子编号，原子类型编号，x、y、z坐标（标定/未标定） 但是dcd文档的结构是怎样的？查了lammps、charmm、NAMD的手册，都没找到具体说明 用fread函数，换不同的格式读取了前几个数据，都没有与lammpstrj文档中的数据对应的 请问我应该怎么去读取dcd文档呢？ 可否简单说明一下，或者给个示例程序？ |
3楼2017-05-13 11:18:45
jluchemlib
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dcd因为是二进制的，所以无法直接打开，一般只包括体系box的大小和粒子的坐标，用fortran读取的话，可以参考这个网页，http://www.ks.uiuc.edu/Research/ ... ReadingDCDinFortran |
4楼2017-05-13 13:11:57
