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菠萝吹雪35

铁虫 (初入文坛)

[求助] 如何获得细菌基因组中的抗生素抗性基因相关信息 已有2人参与

万能的虫友们,有谁能够指教一下。我知道一个菌的基因组序列,有什么数据库或者什么方法可以查找到有关该菌的基因组抗生素抗性基因的信息。比如含有哪几类,分别是用于编码什么蛋白什么抗生素的。跪求!
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zhaozhibozhi

金虫 (正式写手)

查一下pks/nrps预测方面的软件

发自小木虫Android客户端
做一个阳光、开朗的小和尚
2楼2017-05-11 18:44:42
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GabyCare

新虫 (小有名气)

3楼2017-05-11 22:38:12
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nanhu1984

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
下载抗生素抗性基因数据库,然后用本地blast将你的基因组蛋白质编码基因比对这个数据库,然后解析blastp结果即可
https://www.microbialgenomic.cn/
4楼2017-05-12 16:43:58
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happybird929

铜虫 (初入文坛)

5楼2017-05-14 15:25:42
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iwanfeng

新虫 (小有名气)

6楼2017-05-14 22:30:08
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小西瓜丫丫

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

下载抗性基因数据库CARD进行比对就可以了,这个数据库根据抗性机制分了4大类,但是如果要进行更细的分类或者按抗生素类型分类就可以根据注释结果进行手动分类吧
7楼2021-01-10 16:22:31
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