24小时热门版块排行榜    

查看: 1244  |  回复: 6

菠萝吹雪35

铁虫 (初入文坛)

[求助] 如何获得细菌基因组中的抗生素抗性基因相关信息 已有2人参与

万能的虫友们,有谁能够指教一下。我知道一个菌的基因组序列,有什么数据库或者什么方法可以查找到有关该菌的基因组抗生素抗性基因的信息。比如含有哪几类,分别是用于编码什么蛋白什么抗生素的。跪求!
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhaozhibozhi

金虫 (正式写手)

查一下pks/nrps预测方面的软件

发自小木虫Android客户端
做一个阳光、开朗的小和尚
2楼2017-05-11 18:44:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

GabyCare

新虫 (小有名气)

3楼2017-05-11 22:38:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

nanhu1984

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
下载抗生素抗性基因数据库,然后用本地blast将你的基因组蛋白质编码基因比对这个数据库,然后解析blastp结果即可
https://www.microbialgenomic.cn/
4楼2017-05-12 16:43:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

happybird929

铜虫 (初入文坛)

5楼2017-05-14 15:25:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

iwanfeng

新虫 (小有名气)

6楼2017-05-14 22:30:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

小西瓜丫丫

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

下载抗性基因数据库CARD进行比对就可以了,这个数据库根据抗性机制分了4大类,但是如果要进行更细的分类或者按抗生素类型分类就可以根据注释结果进行手动分类吧
7楼2021-01-10 16:22:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 菠萝吹雪35 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 93BebMhtakh前后11位开头都是大写 +4 且听虎啸 2026-08-17 5/250 2026-08-18 00:49 by 蔡棒棒菂
[基金申请] 欢迎发来filecode的Mz6后的代码验证其规律 +37 医学老男孩 2026-08-13 86/4300 2026-08-18 00:18 by longsantaizi
[基金申请] 感觉是下周放榜了 +6 angus9576 2026-08-17 11/550 2026-08-17 23:57 by angus9576
[基金申请] filecode=后面第一个是大写字母 +8 wangze12014 2026-08-14 10/500 2026-08-17 17:05 by xter9665
[基金申请] 时间戳变了,能看出什么问题? +4 基诺咪客 2026-08-17 4/200 2026-08-17 16:10 by Vivilian
[基金申请] 今天系统多次维护,明天很可能放榜! +8 zju2000 2026-08-16 9/450 2026-08-17 12:20 by lmz0216
[基金申请] 时间戳又变了8-15 +13 archvillain 2026-08-15 25/1250 2026-08-16 20:13 by zhaosm1982
[基金申请] 2027广东省杰青 +3 奶牛小黑 2026-08-15 6/300 2026-08-16 20:07 by 奶牛小黑
[基金申请] 咱们一起用铁证分析2026国家社科基金中标与否 +7 启萌科技 2026-08-12 26/1300 2026-08-16 12:35 by 启萌科技
[基金申请] 有时候,自然基金真的不能太认真 (我的申报经验) +10 majunge000 2026-08-11 12/600 2026-08-16 08:18 by xli1984
[精细化工] 招聘 金属平磨液,抛光液研发工程师 +3 小天0311 2026-08-14 3/150 2026-08-16 07:31 by H9PLUS
[基金申请] 各位道友,我要去昆明玩几天,回来见。 +7 Tide man 2026-08-14 8/400 2026-08-15 01:11 by arzu_hma
[基金申请] 是这周出结果还是下周出结果? +4 yuleib84 2026-08-11 4/200 2026-08-14 23:05 by lfy8008
[硕博家园] 读博的好处 +4 lnee 2026-08-11 4/200 2026-08-14 10:20 by ahsoarli
[基金申请] 重要来源:本周末出结果 +10 瞬息宇宙 2026-08-12 10/500 2026-08-13 15:46 by likettle
[基金申请] 不应该看fileCode +7 且听虎啸 2026-08-12 9/450 2026-08-13 14:27 by flydreamws
[基金申请] Filecode 又变了,巨变 +3 WH3796 2026-08-12 4/200 2026-08-13 14:13 by 小木虫6752397
[基金申请] 分享一下我之前已中青C的计划书的filecode +4 布布和一二 2026-08-11 5/250 2026-08-13 12:56 by cratir
[基金申请] 结合人工智能,周易传统文化,filecode打分制来了,3分以上希望很大。 +3 Tide man 2026-08-12 4/200 2026-08-13 08:35 by ZJTJZ
[基金申请] 什么时候出结果,有咨询渠道??? +3 Tide man 2026-08-11 3/150 2026-08-11 17:54 by kudofaye
信息提示
请填处理意见