24小时热门版块排行榜    

查看: 1114  |  回复: 6

菠萝吹雪35

铁虫 (初入文坛)

[求助] 如何获得细菌基因组中的抗生素抗性基因相关信息 已有2人参与

万能的虫友们,有谁能够指教一下。我知道一个菌的基因组序列,有什么数据库或者什么方法可以查找到有关该菌的基因组抗生素抗性基因的信息。比如含有哪几类,分别是用于编码什么蛋白什么抗生素的。跪求!
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhaozhibozhi

金虫 (正式写手)

查一下pks/nrps预测方面的软件

发自小木虫Android客户端
做一个阳光、开朗的小和尚
2楼2017-05-11 18:44:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

GabyCare

新虫 (小有名气)

3楼2017-05-11 22:38:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

nanhu1984

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
下载抗生素抗性基因数据库,然后用本地blast将你的基因组蛋白质编码基因比对这个数据库,然后解析blastp结果即可
https://www.microbialgenomic.cn/
4楼2017-05-12 16:43:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

happybird929

铜虫 (初入文坛)

5楼2017-05-14 15:25:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

iwanfeng

新虫 (小有名气)

6楼2017-05-14 22:30:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

小西瓜丫丫

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

下载抗性基因数据库CARD进行比对就可以了,这个数据库根据抗性机制分了4大类,但是如果要进行更细的分类或者按抗生素类型分类就可以根据注释结果进行手动分类吧
7楼2021-01-10 16:22:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 菠萝吹雪35 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 295求调剂 +4 一志愿京区211 2026-03-18 6/300 2026-03-20 23:41 by JourneyLucky
[考研] 304求调剂 +7 司空. 2026-03-18 7/350 2026-03-20 23:08 by JourneyLucky
[考研] 350求调剂 +5 weudhdk 2026-03-19 5/250 2026-03-20 22:04 by luoyongfeng
[考研] 329求调剂 +9 想上学吖吖 2026-03-19 9/450 2026-03-20 22:01 by luoyongfeng
[考研] 中南大学化学学硕337求调剂 +3 niko- 2026-03-19 6/300 2026-03-20 21:58 by luoyongfeng
[考研] 北科281学硕材料求调剂 +5 tcxiaoxx 2026-03-20 5/250 2026-03-20 21:35 by laoshidan
[考研] 0817 化学工程 299分求调剂 有科研经历 有二区文章 +22 rare12345 2026-03-18 22/1100 2026-03-20 20:39 by zhukairuo
[考研] 289求调剂 +6 怀瑾握瑜l 2026-03-20 6/300 2026-03-20 20:30 by 学员8dgXkO
[考研] 08工学调剂 +5 用户573181 2026-03-20 5/250 2026-03-20 15:47 by xia_2003
[论文投稿] 申请回稿延期一个月,编辑同意了。但系统上的时间没变,给编辑又写邮件了,没回复 10+3 wangf9518 2026-03-17 4/200 2026-03-19 23:55 by babero
[考研] 307求调剂 +9 冷笙123 2026-03-17 9/450 2026-03-19 22:44 by 学员8dgXkO
[考博] 申博26年 +3 八6八68 2026-03-19 3/150 2026-03-19 19:43 by nxgogo
[考研] 288求调剂,一志愿华南理工大学071005 +5 ioodiiij 2026-03-17 5/250 2026-03-19 18:22 by zcl123
[考研] 一志愿天津大学化学工艺专业(081702)315分求调剂 +11 yangfz 2026-03-17 11/550 2026-03-19 15:06 by houyaoxu
[考研] 324分 085600材料化工求调剂 +3 llllkkkhh 2026-03-18 3/150 2026-03-19 14:22 by houyaoxu
[考研] 311求调剂 +6 26研0 2026-03-15 6/300 2026-03-18 14:43 by haxia
[考研] 070300化学319求调剂 +6 锦鲤0909 2026-03-17 6/300 2026-03-18 13:22 by Iveryant
[考研] 293求调剂 +11 zjl的号 2026-03-16 16/800 2026-03-18 08:10 by zhukairuo
[考研] 301求调剂 +4 A_JiXing 2026-03-16 4/200 2026-03-17 17:32 by ruiyingmiao
[考研] 材料工程专硕274一志愿211求调剂 +6 薛云鹏 2026-03-15 6/300 2026-03-17 11:05 by 学员h26Tkc
信息提示
请填处理意见