| 查看: 1894 | 回复: 3 | ||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||
柳伊妃铁杆木虫 (小有名气)
|
[求助]
amber模拟受体-配体复合物报错，小分子力场问题
|
|
|
用amber模拟受体配体复合物出错，麻烦各位大神看看究竟是什么问题，如何解决呢？ > com = loadpdb gcx171.pdb Loading PDB file: ./gcx171.pdb -- residue 0: duplicate [ C] atoms (total 18) -- residue 0: duplicate [ H] atoms (total 2) -- residue 0: duplicate [ N] atoms (total 5) -- residue 0: duplicate [ O] atoms (total 2) Warning: Atom names in each residue should be unique. (Same-name atoms are handled by using the first occurrence and by ignoring the rest. Frequently duplicate atom names stem from alternate conformations in the PDB file.) Bond: Maximum coordination exceeded on .R<UNK 0>.A<H3 7> -- setting atoms pert=true overrides default limits ATOMS NOT BONDED: .R<UNK 0>.A<C 4> .R<UNK 0>.A<H3 7> !FATAL ERROR---------------------------------------- !FATAL: In file [atom.c], line 445 !FATAL: Message: bondAtomProblem found ! !ABORTING. |
回复此楼» 猜你喜欢
什么时候开奖？
已经有11人回复
-
范进中举一文的中心思想
已经有6人回复
-
建议基金发布提前给出明确的时间点
已经有14人回复
-
2026国自然函评费到账
已经有17人回复
-
让我中一个面上吧！
已经有15人回复
-
2026年的国家社科基金项目通讯评审的新规则与新动向、新挑战
已经有5人回复
-
跳槽后在研项目怎么办？
已经有10人回复
-
今天放榜吗？
已经有16人回复
-
93BebMhtakh前后11位开头都是大写
已经有8人回复
-
只有每年这种时候来逛逛小木虫
已经有26人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
3楼2018-08-29 09:13:59
4楼2020-11-09 15:40:19
