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ufolt16

新虫 (初入文坛)

[求助] RNA提取质量 已有5人参与

使用方法:Trizol
目的:qPCR
样品:番茄叶片
问题描述:目前处于预实验阶段,前后提取了几次番茄叶片RNA,之前并未太过关注电泳图(因为并没有特别处理,就是一般的跑DNA的胶和缓冲液,私以为电泳可能也有降解效果可能会不好,但是如果严格处理,又太耗时耗力),只是着重测了浓度和OD比值,OD260:OD280一般在1.9到2.0左右,浓度却很奇怪,有时同时取得两个样品,一个六七百ng,一个却只有八九十一百多,很是纠结。后来尝试进行qPCR,主要还是想摸摸条件,结果非常不好,被老板骂,要我跑电泳确认RNA质量,结果前后提取的RNA跑了几次电泳,效果都不好,自己也没信心,不知道这RNA提成什么样才能进行下一步试验。有几个问题希望专家解疑:
1. 提取RNA浓度差异如此大是什么原因?
2. 就目前提出的RNA的电泳图看质量,有什么问题,下一步怎么改进?
3. 什么程度是满足qPCR的高质量RNA
PS:染色是跑完胶扔到EB里染色,每次染色时间没有特意记,可能有染色不充分的,比如最后一张图。。。。

RNA提取质量
第一次提取


RNA提取质量-1
第二波,若干次提取,一起跑的电泳


RNA提取质量-2
第三次


RNA提取质量-3
第四次,第一泳道是第三次提的,2345是第四次提的,1234按照3ul+6ul水上样,5是4按照6ul上样


RNA提取质量-4
第五次@biostar2009@飞约疯人院@wizardfan@youlinglyw
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781055707

木虫 (著名写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by ufolt16 at 2017-05-02 16:53:04
请问上样量是什么意思?您看我理解对吗?trizol的比例是50-100mg:1ml,您的意思是不是指我的叶片按10.20.40…mg还是加1ml trizol来算,请问是这个意思吗
...

恩,是的。
采菊东篱下,悠然见南山。
4楼2017-05-02 16:57:01
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781055707

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与,应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2017-05-02 19:27:40
有些植物它本身RNA含量会比较高,建议降低你的番茄叶片上样量,从10MG,20,40,60,80MG做个梯度。样品量如果太高,就会使RNA降解。
采菊东篱下,悠然见南山。
2楼2017-05-02 16:39:40
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ufolt16

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 781055707 at 2017-05-02 16:39:40
有些植物它本身RNA含量会比较高,建议降低你的番茄叶片上样量,从10MG,20,40,60,80MG做个梯度。样品量如果太高,就会使RNA降解。

请问上样量是什么意思?您看我理解对吗?trizol的比例是50-100mg:1ml,您的意思是不是指我的叶片按10.20.40…mg还是加1ml trizol来算,请问是这个意思吗

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3楼2017-05-02 16:53:04
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ufolt16

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 781055707 at 2017-05-02 16:57:01
恩,是的。...

梯度的话不太现实…我是用研钵研磨再用小勺收集到ep管,担心液氮干了会解冻造成降解,这一步都是快了再快的收集,损失其实是蛮大的,所以每次样品都是过量研磨的怕损失太大,一般都是收集的差不多到ep管的0.1ml那就加trizol了…

发自小木虫Android客户端
5楼2017-05-02 17:10:11
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