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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】跑动力学电势反常，请进来看看
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yyx19840628

木虫 (著名写手)

鹰的眼睛，狼的耳朵，豹的速 ...

[交流] 【求助】跑动力学电势反常，请进来看看

前面两张图是我自己的体系，后面的是别人做的，文献的势能是逐渐下降的，我的确上升。我再MS discover里坐的。之前能量最小话用的是默认的 smart选项。图是自动出来的。请做过动力学的帮忙看看哪里有问题。不胜感激。

[ Last edited by zdhlover on 2009-12-10 at 15:21 ]
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人生的最大遗憾莫过于错误地坚持了不该坚持的，轻易地放弃了不该放弃的……
1楼 2009-01-06 11:32:26
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lei0736

荣誉版主 (职业作家)

优秀版主
★
yyx19840628(金币+1,VIP+0):谢谢，不是这个原因
系综不一样吧 人家可能是NPT 猜的
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2楼2009-01-06 14:11:17
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QQQ9589

银虫 (小有名气)
★
yyx19840628(金币+1,VIP+0):谢谢
可能是你的系综或者所用的立场并不一样吧，其实你的第一幅图也是下降趋势的啊
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3楼2009-01-06 16:30:26
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yyx19840628

木虫 (著名写手)

鹰的眼睛，狼的耳朵，豹的速 ...
我的趋势和文献上的就相反，第一个点开始是陡然上升的，有一条直线，这个很反常。就算立场有区别但趋势也不能差这个多吧？
稳定的过程不是应该逐渐下降吗？
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人生的最大遗憾莫过于错误地坚持了不该坚持的，轻易地放弃了不该放弃的……
4楼2009-01-06 20:43:22
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yyx19840628

木虫 (著名写手)

鹰的眼睛，狼的耳朵，豹的速 ...
NPT我也做了，差不多都是这样
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人生的最大遗憾莫过于错误地坚持了不该坚持的，轻易地放弃了不该放弃的……
5楼2009-01-06 20:44:03
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yzhhlq_1983

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
jghe(金币+1,VIP+0):感谢参与讨论！
yyx19840628(金币+2,VIP+0):谢谢你，我是用MS 做的，文献是用insightII,而且文献中水分子很多，我的只有十多个，请问这些有关吗？
个人认为你的初始构型不合理造成的，你的体系的势能能量是正的，而文献中是负的
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6楼2009-01-06 20:51:36
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zz422

铜虫 (小有名气)
★
jghe(金币+1,VIP+0):感谢参与讨论！
如果你的和文献中体系是同一个体系，那么很可能是初始构型不好，或者你的小分子体系的电荷问题，不然能量怎么会差那么大呢
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7楼2009-01-07 17:20:15
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