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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 分类/鉴定 » 高通量测序固氮细菌nifH的OTU相对丰度中unclassified的比例很高
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chenhuan_11

新虫 (小有名气)

[求助] 高通量测序固氮细菌nifH的OTU相对丰度中unclassified的比例很高 已有2人参与

刚刚开始接触土壤分子微生物，最近测出结果很奇怪，如题，OTU中unclassified相对丰度很高，50%~60%，有没有大牛指导一下可能是什么环节出了问题，是所有sample都是这样的结果，不是一个两个。@天使托
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1楼 2017-04-27 17:10:05
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lihua209

禁虫 (初入文坛)
本帖内容被屏蔽
2楼2017-05-08 16:18:11
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chenhuan_11

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by lihua209 at 2017-05-08 16:18:11
你好，最近我的实验也出现了这个问题，请问您的问题解决了吗？

还没有～～～都没有人回复

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3楼2017-05-09 22:27:21
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二十一业

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

土壤中的生物成分包括动物、植物、微生物，提取的总DNA中有植物成分的、动物成份的、真菌、细菌、寄生虫等等。你跟公司说的是固氮细菌，所以比对数据库就主要关注细菌的，别的就是unclassified。动植物成分占了这么大的比例当然很正常。
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4楼2017-05-10 10:26:14
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chenhuan_11

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 二十一业 at 2017-05-10 10:26:14
土壤中的生物成分包括动物、植物、微生物，提取的总DNA中有植物成分的、动物成份的、真菌、细菌、寄生虫等等。你跟公司说的是固氮细菌，所以比对数据库就主要关注细菌的，别的就是unclassified。动植物成分占了这么 ...

意思是很大比例是非细菌组的？可是我看其他相关文献的数据，unclassified的相对风度都很低很低的

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5楼2017-05-11 20:37:57
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zhenxing1991

银虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

你是用的什么引物测的，如果是功能基因的话，我觉得是正常的，如果是16S的话，数据可能就有问题了。
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6楼2018-03-14 09:15:42
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