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失火的天堂

新虫 (小有名气)

[求助] 压缩问题求助!! 已有4人参与

做一个金属有机材料的压缩问题,但是老是出现问题:Cannot use fix npt and fix deform on same component of stress tensor
请问有大神能给点建议嘛?下面是in文件:
# MOF5_ReaxFF.in

units real
boundary p p p
atom_style charge
dimension 3

read_data    MOF5_Unitcell_ReaxFF.data


pair_style   reax/c NULL
pair_coeff   * * ffield.reax  Zn O C H

fix          1  all qeq/reax 1 0.0 10.0 1.0e-6 reax/c
neighbor     0.5 bin
neigh_modify  every 5  check yes
timestep     1
# define strain
variable     tmp equal "lz"
variable     L0 equal ${tmp}  
variable     strain equal "(lz - v_L0)/v_L0"
# define volume
variable     volume equal 26.98333*26.98333*26.98333

min_style    sd
minimize     1.0e-10 1.0e-10 1000 1000

velocity     all create 300 12345 mom yes rot no
fix          2  all npt temp 300 300 0.1 iso 0 0 0.1


thermo_style custom step temp etotal press
thermo       0
run          50000

fix          compression    all  deform 1000  z erate  -3.0e-6  remap x
fix          2  all npt temp 300 300  0.1 iso 0 0 0.1


compute      stress all stress/atom NULL
compute      stressx all reduce sum c_stress[1]
compute      stressy all reduce sum c_stress[2]
compute      stressz all reduce sum c_stress[3]

variable     p1  equal "(c_stressx+c_stressy+c_stressz)/(3*volume*9869)"
variable     p2  equal "c_stressx/v_volume/9869"
variable     p3  equal "c_stressy/v_volume/9869"
variable     p4  equal "c_stressz/v_volume/9869"
variable     st      equal   "step"
variable     p0      equal   "v_strain"

fix          def1 all print 1000 "${st}  ${p0}  ${p1} ${p2} ${p3} ${p4} " file [001]compression.txt screen no
dump         1 all custom  1000  dump.dat id x y z
thermo_style custom step temp etotal
thermo       1000
run          100000
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15764220082

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
引用回帖:
4楼: Originally posted by 失火的天堂 at 2017-04-28 09:47:59
又出现一个问题:ERROR: Invalid thermo keyword in variable formula
能否给一点建议?...

检查一下拼写问题,和thermol命令格式

发自小木虫IOS客户端
6楼2017-04-29 11:28:22
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查看全部 11 个回答

iSimuLy

捐助贵宾 (正式写手)

资深专家顾问


【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
就是收fix deform和fix npt不能同时用

fix deform 你可以和fix nvt一起用
2楼2017-04-27 12:59:51
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iSimuLy

捐助贵宾 (正式写手)

资深专家顾问


【答案】应助回帖

NVT和NPT区别,你可以看看这个:http://i.youku.com/i/UMjg3MDcwOD ... m=a2hzp.8249370.0.0
3楼2017-04-27 13:01:00
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失火的天堂

新虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by iSimuLy at 2017-04-27 13:01:00
NVT和NPT区别,你可以看看这个:http://i.youku.com/i/UMjg3MDcwODM1Mg==/navcustom?id=673553&spm=a2hzp.8249370.0.0

又出现一个问题:ERROR: Invalid thermo keyword in variable formula
能否给一点建议?
4楼2017-04-28 09:47:59
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