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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 压缩问题求助！！
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失火的天堂

新虫 (小有名气)

[求助] 压缩问题求助！！ 已有4人参与

做一个金属有机材料的压缩问题，但是老是出现问题：Cannot use fix npt and fix deform on same component of stress tensor
请问有大神能给点建议嘛？下面是in文件：
# MOF5_ReaxFF.in

units real
boundary p p p
atom_style charge
dimension 3

read_data    MOF5_Unitcell_ReaxFF.data


pair_style   reax/c NULL
pair_coeff   * * ffield.reax  Zn O C H

fix          1  all qeq/reax 1 0.0 10.0 1.0e-6 reax/c
neighbor     0.5 bin
neigh_modify  every 5  check yes
timestep     1
# define strain
variable     tmp equal "lz"
variable     L0 equal ${tmp}  
variable     strain equal "(lz - v_L0)/v_L0"
# define volume
variable     volume equal 26.98333*26.98333*26.98333

min_style    sd
minimize     1.0e-10 1.0e-10 1000 1000

velocity     all create 300 12345 mom yes rot no
fix          2  all npt temp 300 300 0.1 iso 0 0 0.1


thermo_style custom step temp etotal press
thermo       0
run          50000

fix          compression    all  deform 1000  z erate  -3.0e-6  remap x
fix          2  all npt temp 300 300  0.1 iso 0 0 0.1


compute      stress all stress/atom NULL
compute      stressx all reduce sum c_stress[1]
compute      stressy all reduce sum c_stress[2]
compute      stressz all reduce sum c_stress[3]

variable     p1  equal "(c_stressx+c_stressy+c_stressz)/(3*volume*9869)"
variable     p2  equal "c_stressx/v_volume/9869"
variable     p3  equal "c_stressy/v_volume/9869"
variable     p4  equal "c_stressz/v_volume/9869"
variable     st      equal   "step"
variable     p0      equal   "v_strain"

fix          def1 all print 1000 "${st}  ${p0}  ${p1} ${p2} ${p3} ${p4} " file [001]compression.txt screen no
dump         1 all custom  1000  dump.dat id x y z
thermo_style custom step temp etotal
thermo       1000
run          100000
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1楼 2017-04-27 10:05:35
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

15764220082

新虫 (初入文坛)
不能同时用npt和变形命令作用于同一个压力矢量

发自小木虫IOS客户端
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5楼2017-04-29 11:27:10
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普通回帖

iSimuLy

捐助贵宾 (正式写手)

资深专家顾问

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
就是收fix deform和fix npt不能同时用

fix deform 你可以和fix nvt一起用
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2楼2017-04-27 12:59:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

iSimuLy

捐助贵宾 (正式写手)

资深专家顾问

【答案】应助回帖

NVT和NPT区别，你可以看看这个：http://i.youku.com/i/UMjg3MDcwOD ... m=a2hzp.8249370.0.0
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3楼2017-04-27 13:01:00
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失火的天堂

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by iSimuLy at 2017-04-27 13:01:00
NVT和NPT区别，你可以看看这个：http://i.youku.com/i/UMjg3MDcwODM1Mg==/navcustom?id=673553&spm=a2hzp.8249370.0.0

又出现一个问题：ERROR: Invalid thermo keyword in variable formula
能否给一点建议？
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4楼2017-04-28 09:47:59
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15764220082

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
引用回帖:
4楼: Originally posted by 失火的天堂 at 2017-04-28 09:47:59
又出现一个问题：ERROR: Invalid thermo keyword in variable formula
能否给一点建议？...

检查一下拼写问题，和thermol命令格式

发自小木虫IOS客户端
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6楼2017-04-29 11:28:22
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liujingqi

金虫 (小有名气)
想问下楼主用reax势函数算压缩精度怎么样，我这边和实验值差太多了

发自小木虫IOS客户端
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7楼2017-04-30 15:39:38
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朱雪刚521

铁杆木虫 (知名作家)

【答案】应助回帖

fix 命令也可以在单方向控制压力，fix npt 命令后边别使用iso或uniso命令，改成x 0 0 100 和y 0 0 100 的方向单独控制压力。
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8楼2017-05-03 15:05:15
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失火的天堂

新虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by liujingqi at 2017-04-30 15:39:38
想问下楼主用reax势函数算压缩精度怎么样，我这边和实验值差太多了

精度确实不高，我想应该是势函数的原因，我算出来的应力应变曲线震荡也比较明显
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9楼2017-06-12 22:02:45
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Alehmn

新虫 (著名写手)
楼主问题解决了吗，我最近也遇到相同的问题，如果能赐教就再好不过了
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10楼2018-04-13 16:50:10
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