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流火七月

新虫 (小有名气)

[交流] 计算子扩散系数时，分子只在固定圆环内振动 已有1人参与

参考@pigrass的http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=7330890&fpage=1&target=blank，尝试进行了NO在MOR中子扩散系数的模拟
不同之处是forcefield选择的是universal,全硅状态下正常
但是当分子筛内引入了其他金属原子（AL,CU等）后，MD的结果就显示气体分子只在原先location的圆环区域内振动，跑不出那个原本区域，请问这有什么方法可以解决吗？
MD运行时初始速度的设定只有random和current，能不能自己设置一个初始速度呢？
请问@pigrass，可否解答一下？
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@pigrass

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1楼 2017-04-26 10:22:13
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
★
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1、跑不出原本区域
不太清楚为什么一定要跑出原本的区域
可能是新加的原子的作用，另外看看参数、力场是不是合适

2、初始速度只有random和current两种，默认random
The temperature and the distribution of atomic velocities in a system are related through the Maxwell-Boltzmann equation——摘自help
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2楼2017-04-26 15:25:28
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流火七月

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by pigrass at 2017-04-26 15:25:28
1、跑不出原本区域
不太清楚为什么一定要跑出原本的区域
可能是新加的原子的作用，另外看看参数、力场是不是合适

2、初始速度只有random和current两种，默认random
The temperature and the distribution of  ...

分子筛的结构里有很多种元环，location在六元环内，MD模拟的结构就只是在这个六元环内，如果分子在MD的过程中没有途径整个分子筛，算出来的扩散系数就不对吧
我都跑了4000ps了，MSD曲线的纵坐标才不超过10，有的还零点几，而且MSD曲线还是小波浪线
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3楼2017-04-26 21:23:10
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pigrass

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伊卡斯特的小猪
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分子在MD的过程中没有途径整个分子筛，算出来的扩散系数就不对
——没听过这个说法

4000ps时间感觉有点长，不知道是不是你的结构比较特殊所以要这么长
我看到的一般分子筛是时长在200ps，取当中接近直线的一段求扩散系数
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4楼2017-04-29 08:54:58
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流火七月

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by pigrass at 2017-04-29 08:54:58
分子在MD的过程中没有途径整个分子筛，算出来的扩散系数就不对
——没听过这个说法

4000ps时间感觉有点长，不知道是不是你的结构比较特殊所以要这么长
我看到的一般分子筛是时长在200ps，取当中接近直线的一段 ...

是这样的，之前看到过关于扩散机理的一个说法 说的是氧气在pp内不断运动，大部分情况下运动振幅较小，视为振动，偶尔出现一次大的跃迁，氧分子会跳到另外一个区域继续进行小幅度的振动
所以我理解的是，没有跳出原本location的区域，是因为它没有一个更大的速度或者是通道使其进行跃迁，从而进入分子筛的其他区域，因而我觉得这样算出来的扩散系数过于片面

此外，还想请教一下，对于不同的MSD曲线，截取当中接近直线的一段求扩散系数，不考虑所截取直线横坐标时间段长度的差异，所求出来的扩散系数，是否具有对比性？
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5楼2017-05-01 22:00:06
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