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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » MS建立周期性模型需不需要加氢饱和电荷
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wangchuke

新虫 (初入文坛)

[求助] MS建立周期性模型需不需要加氢饱和电荷 已有3人参与

我想做表面吸附，用MS给原胞切面后建超胞，切面会不会使结构带有电荷？需不需要用氢来饱和呢？如果要的话，怎么确定加氢的个数和位置？求大神指教

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1楼 2017-04-14 17:40:27
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mylifecg

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
漫天飘雪: 金币+2, 谢谢交流！ 2017-04-14 21:23:52
表面不需要用H钝化，如果你在非真空方向属于有限大小的表面的话，非 真空方向周边的悬挂键需要用H饱和。但是真空方向不需要。
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wangchuke
2楼2017-04-14 20:55:12
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wangchuke

新虫 (初入文坛)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by mylifecg at 2017-04-14 20:55:12
表面不需要用H钝化，如果你在非真空方向属于有限大小的表面的话，非 真空方向周边的悬挂键需要用H饱和。但是真空方向不需要。

谢谢您的回答！这个问题困扰我很久了。

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3楼2017-04-15 07:52:40
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wangchuke

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by wangchuke at 2017-04-15 07:52:40
谢谢您的回答！这个问题困扰我很久了。
...

但是我看到一篇做分子动力学的文章里面加氢了，这是为什么呢？

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4楼2017-04-15 07:56:20
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zhangfrank

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
我想做表面吸附，用MS给原胞切面后建超胞，切面会不会使结构带有电荷？需不需要用氢来饱和呢？如果要的话，怎么确定加氢的个数和位置？求大神指

表面吸附模型，在建立表面模型的时候，可能因为上下表面不对称有表面dipole存在。不然不会有电荷
下表面一般用H钝化，来模拟bulk termination
H的个数，就看你下表面多少个悬挂键了。
H的位置，就是你悬挂键的位置
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计算顺利点吧
5楼2017-04-15 12:39:59
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zhangfrank

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
wangchuke(蛋蛋小童鞋代发): 金币+2, 谢谢参与，小木虫鼓励积极回答问题者 2017-04-23 16:19:26
我想做表面吸附，用MS给原胞切面后建超胞，切面会不会使结构带有电荷？需不需要用氢来饱和呢？如果要的话，怎么确定加氢的个数和位置？求大神指

表面吸附模型，在建立表面模型的时候，可能因为上下表面不对称有表面dipole存在。不然不会有电荷
下表面一般用H钝化，来模拟bulk termination
H的个数，就看你下表面多少个悬挂键了。
H的位置，就是你悬挂键的位置
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wangchuke
计算顺利点吧
6楼2017-04-15 12:45:10
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wangchuke

新虫 (初入文坛)
送红花一朵
引用回帖:
6楼: Originally posted by zhangfrank at 2017-04-15 12:45:10
我想做表面吸附，用MS给原胞切面后建超胞，切面会不会使结构带有电荷？需不需要用氢来饱和呢？如果要的话，怎么确定加氢的个数和位置？求大神指

表面吸附模型，在建立表面模型的时候，可能因为上下表面不对称有表 ...

Computational models. Anorthite, with the chemical composition of CaAl2Si2O8, is the calcium
end-member of the plagioclase feldspars. A coupled substitution of two Al3+ for two of Si4+, allows
the incorporation of one Ca2+ and overall neutrality53. The fully optimized cell parameters at P=90
bar, a= 8.231 ?, b= 12.98 ?, c= 14.15 ?, α= 93.9°, β= 115.4°, γ = 91.3°, are less than 1% different than the crystallographic parameters, a0= 8.1860 ?, b0= 12.876 ?, c0= 14.1820 ?, α= 93.3°, β= 115.8°,γ = 91.12°. Using the optimized parameters, an oxygen-terminated (001）surface model was generated,shown in Supplementary Fig. 1. A 2× 1× 1 slab model of the (001) surface (one of the most frequently occurring surfaces in this class of minerals23,54) with 18.3 ? interlayer space was created, including the top-most layer of Ca cations (Ca-rich surface) in order to study Ca-speciation and mobilization. The bottom side of the slab is devoid of Ca cations (Ca-deficient surface) in accordance with known cation
vacancies as reported in the literature23. Finally, 8 hydrogens were added to terminal oxygens of the upper surface of the slab for charge compensation.

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7楼2017-04-15 14:44:51
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wangchuke

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by zhangfrank at 2017-04-15 12:45:10
我想做表面吸附，用MS给原胞切面后建超胞，切面会不会使结构带有电荷？需不需要用氢来饱和呢？如果要的话，怎么确定加氢的个数和位置？求大神指

表面吸附模型，在建立表面模型的时候，可能因为上下表面不对称有表 ...

可是您看这篇文章这儿最后一句，他说是把氢加在upper surface来进行电荷补偿的

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8楼2017-04-15 14:46:19
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晨晨330


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9楼2017-04-15 14:52:44
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wangchuke

新虫 (初入文坛)
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10楼2017-04-16 09:28:25
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