应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » MS建立周期性模型需不需要加氢饱和电荷
121/2返回列表12下一页
查看: 2671  |  回复: 11
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

wangchuke

新虫 (初入文坛)

[求助] MS建立周期性模型需不需要加氢饱和电荷 已有3人参与

我想做表面吸附，用MS给原胞切面后建超胞，切面会不会使结构带有电荷？需不需要用氢来饱和呢？如果要的话，怎么确定加氢的个数和位置？求大神指教

发自小木虫IOS客户端
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2017-04-14 17:40:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mylifecg

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
漫天飘雪: 金币+2, 谢谢交流！ 2017-04-14 21:23:52
表面不需要用H钝化，如果你在非真空方向属于有限大小的表面的话，非 真空方向周边的悬挂键需要用H饱和。但是真空方向不需要。
赞一下 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

wangchuke
2楼2017-04-14 20:55:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wangchuke

新虫 (初入文坛)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by mylifecg at 2017-04-14 20:55:12
表面不需要用H钝化，如果你在非真空方向属于有限大小的表面的话，非 真空方向周边的悬挂键需要用H饱和。但是真空方向不需要。

谢谢您的回答！这个问题困扰我很久了。

发自小木虫IOS客户端
赞一下 回复此楼
3楼2017-04-15 07:52:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wangchuke

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by wangchuke at 2017-04-15 07:52:40
谢谢您的回答！这个问题困扰我很久了。
...

但是我看到一篇做分子动力学的文章里面加氢了，这是为什么呢？

发自小木虫IOS客户端
赞一下 回复此楼
4楼2017-04-15 07:56:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhangfrank

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
我想做表面吸附，用MS给原胞切面后建超胞，切面会不会使结构带有电荷？需不需要用氢来饱和呢？如果要的话，怎么确定加氢的个数和位置？求大神指

表面吸附模型，在建立表面模型的时候，可能因为上下表面不对称有表面dipole存在。不然不会有电荷
下表面一般用H钝化，来模拟bulk termination
H的个数，就看你下表面多少个悬挂键了。
H的位置，就是你悬挂键的位置
赞一下 回复此楼
计算顺利点吧
5楼2017-04-15 12:39:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhangfrank

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
wangchuke(蛋蛋小童鞋代发): 金币+2, 谢谢参与，小木虫鼓励积极回答问题者 2017-04-23 16:19:26
我想做表面吸附，用MS给原胞切面后建超胞，切面会不会使结构带有电荷？需不需要用氢来饱和呢？如果要的话，怎么确定加氢的个数和位置？求大神指

表面吸附模型，在建立表面模型的时候，可能因为上下表面不对称有表面dipole存在。不然不会有电荷
下表面一般用H钝化，来模拟bulk termination
H的个数，就看你下表面多少个悬挂键了。
H的位置，就是你悬挂键的位置
赞一下 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

wangchuke
计算顺利点吧
6楼2017-04-15 12:45:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wangchuke

新虫 (初入文坛)
送红花一朵
引用回帖:
6楼: Originally posted by zhangfrank at 2017-04-15 12:45:10
我想做表面吸附，用MS给原胞切面后建超胞，切面会不会使结构带有电荷？需不需要用氢来饱和呢？如果要的话，怎么确定加氢的个数和位置？求大神指

表面吸附模型，在建立表面模型的时候，可能因为上下表面不对称有表 ...

Computational models. Anorthite, with the chemical composition of CaAl2Si2O8, is the calcium
end-member of the plagioclase feldspars. A coupled substitution of two Al3+ for two of Si4+, allows
the incorporation of one Ca2+ and overall neutrality53. The fully optimized cell parameters at P=90
bar, a= 8.231 ?, b= 12.98 ?, c= 14.15 ?, α= 93.9°, β= 115.4°, γ = 91.3°, are less than 1% different than the crystallographic parameters, a0= 8.1860 ?, b0= 12.876 ?, c0= 14.1820 ?, α= 93.3°, β= 115.8°,γ = 91.12°. Using the optimized parameters, an oxygen-terminated (001）surface model was generated,shown in Supplementary Fig. 1. A 2× 1× 1 slab model of the (001) surface (one of the most frequently occurring surfaces in this class of minerals23,54) with 18.3 ? interlayer space was created, including the top-most layer of Ca cations (Ca-rich surface) in order to study Ca-speciation and mobilization. The bottom side of the slab is devoid of Ca cations (Ca-deficient surface) in accordance with known cation
vacancies as reported in the literature23. Finally, 8 hydrogens were added to terminal oxygens of the upper surface of the slab for charge compensation.

发自小木虫IOS客户端
赞一下 回复此楼
7楼2017-04-15 14:44:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wangchuke

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by zhangfrank at 2017-04-15 12:45:10
我想做表面吸附，用MS给原胞切面后建超胞，切面会不会使结构带有电荷？需不需要用氢来饱和呢？如果要的话，怎么确定加氢的个数和位置？求大神指

表面吸附模型，在建立表面模型的时候，可能因为上下表面不对称有表 ...

可是您看这篇文章这儿最后一句，他说是把氢加在upper surface来进行电荷补偿的

发自小木虫IOS客户端
赞一下 回复此楼
8楼2017-04-15 14:46:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

晨晨330


发自小木虫Android客户端
9楼2017-04-15 14:52:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wangchuke

新虫 (初入文坛)
顶

发自小木虫IOS客户端
10楼2017-04-16 09:28:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 wangchuke 的主题更新
121/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 基金中了 +6 laoda193707 2026-08-06 6/300 2026-08-06 23:34 by dragonxp
[基金申请] 听说今天filecode变了 +17 布布和一二 2026-08-06 31/1550 2026-08-06 22:34 by qusibaya
[基金申请] filecode +10 等待解的谜 2026-08-06 14/700 2026-08-06 21:16 by zhanghaozhu
[基金申请] 固定端突然变了，今天 +3 archvillain 2026-08-06 7/350 2026-08-06 21:05 by archvillain
[基金申请] filecode +8 布布和一二 2026-08-06 11/550 2026-08-06 20:41 by tangpu318
[基金申请] 大家散了吧，后缀研究没有意义，别浪费时间了，过好目前的每一天，不要焦虑 +5 Tide man 2026-08-06 6/300 2026-08-06 20:19 by 苏知砚
[有机交流] 一个有机合成实验室都需要哪些设备？ 50+3 kf2781974 2026-07-31 12/600 2026-08-06 15:11 by eddyin
[基金申请] 求各位大神看下 100+6 hpkpkpkp 2026-08-05 33/1650 2026-08-06 14:49 by zhiyanjiang
[教师之家] 咨询面上基金 +4 李长云 2026-07-31 7/350 2026-08-06 11:20 by 李长云
[基金申请] 影响面上的因素 +8 布布和一二 2026-08-05 11/550 2026-08-06 10:41 by 宝贝虫子
[基金申请] 8月时间戳变的，举个手。玩一下，释放压力 +9 archvillain 2026-08-04 11/550 2026-08-05 20:06 by wlwhappy
[基金申请] 面上再次挂了，太难了，躺也躺不了，倦也卷不过，小学校之殇！ +22 低垂的野花 2026-07-31 30/1500 2026-08-05 18:03 by 低垂的野花
[基金申请] 好消息？这个有何含义？？？ +8 Tide man 2026-08-05 10/500 2026-08-05 16:14 by xmuxiaoyu
[考博] 【2027博士申请】纳米药物递送方向 20+3 13586093586 2026-08-03 4/200 2026-08-05 09:59 by lfy8008
[基金申请] 有没有H口的？有收到消息的吗？ +3 超级海虾 2026-08-04 3/150 2026-08-04 17:26 by 学教育滴
[论文投稿] 十年后又回来了，论文投稿求助 +3 哈哈114477 2026-08-01 3/150 2026-08-04 15:40 by tegsgjy20
[基金申请] 纯娱乐，不喜欢勿喷 +7 Tide man 2026-08-04 10/500 2026-08-04 15:10 by loufangrui
[基金申请] 面上提前没消息，有中的吗 +14 archvillain 2026-08-02 18/900 2026-08-04 14:42 by archvillain
[基金申请] 娱乐 +4 Tide man 2026-08-03 4/200 2026-08-04 11:51 by wgch518
[基金申请] 什么时候能放榜呀？ +3 Jacob678 2026-08-03 3/150 2026-08-03 16:14 by gltch
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭