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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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zhhgeren

铜虫 (初入文坛)

[求助] autodock柔性对接结果分析问题 已有1人参与

第一次学习使用autodock，用小分子和蛋白进行对接，获得的对接结果的pdb最后一部分如下，我选用的149和61位为柔性残基，采用的柔性对接，为什么得出的pdb61和149位氨基酸的坐标是有问题的？看图显示就是断了吗？想求教各位大家柔性对接都是这样的结果然后进行后期处理吗？还是我对接过程有问题进而导致获得的坐标有问题呢。
ATOM   1447  CE1 PHE A 148       0.441   4.621 -33.844  1.00 25.83     0.001 A
ATOM   1448  CE2 PHE A 148      -0.067   2.500 -32.872  1.00 26.04     0.001 A
ATOM   1449  CZ  PHE A 148      -0.197   3.393 -33.907  1.00 26.23     0.000 A
ATOM   1450  N   TYR A 149       2.217   5.006 -27.212  1.00 27.38    -0.346 N
ATOM   1451  HN  TYR A 149       1.479   4.306 -27.136  1.00  0.00     0.163 HD
ATOM   1452  C   TYR A 149       4.036   4.043 -25.912  1.00 30.30     0.241 C
ATOM   1453  O   TYR A 149       3.603   2.961 -25.515  1.00 28.79    -0.271 OA
ATOM   1454  N   VAL A 150       5.318   4.249 -26.212  1.00 32.37    -0.344 N
ATOM   1455  HN  VAL A 150       5.687   5.200 -26.243  1.00  0.00     0.163 HD
ATOM   1456  CA  VAL A 150       6.202   3.110 -26.498  1.00 35.92     0.189 C
ATOM   1457  C   VAL A 150       7.339   2.916 -25.531  1.00 38.86     0.197 C
ATOM   1458  O   VAL A 150       7.732   3.806 -24.777  1.00 43.07    -0.646 OA
ATOM   1459  CB  VAL A 150       6.786   3.174 -27.917  1.00 35.06     0.010 C
ATOM   1460  CG1 VAL A 150       5.646   3.265 -28.920  1.00 35.53     0.012 C
ATOM   1461  CG2 VAL A 150       7.775   4.335 -28.065  1.00 34.37     0.012 C
ATOM   1462  OXT VAL A 150       7.865   1.806 -25.521  1.00 42.94    -0.646 OA
HETATM    1  C           0      -0.428  14.401 -25.095  0.00  0.00     0.201 C
HETATM    2  C           0      -0.851  13.911 -23.702  0.00  0.00     0.120 C
HETATM    3  O           0      -0.733  15.793 -25.136  0.00  0.00    -0.349 OA
HETATM    4  C           0      -0.099  14.597 -22.514  0.00  0.00     0.014 C
HETATM    5  C           0      -1.063  15.263 -21.516  0.00  0.00     0.036 C
HETATM    6  C           0      -0.297  16.012 -20.421  0.00  0.00     0.270 C
HETATM    7  N           0       0.620  15.092 -19.748  0.00  0.00     0.083 N
HETATM    8  H           0       1.074  15.564 -18.970  0.00  0.00     0.315 HD
HETATM    9  C           0       1.627  14.572 -20.672  0.00  0.00     0.270 C
HETATM   10  C           0       0.947  13.745 -21.769  0.00  0.00     0.036 C
HETATM   11  N           0      -0.940  12.433 -23.682  0.00  0.00    -0.322 N
HETATM   12  C           0       0.191  11.643 -23.908  0.00  0.00     0.065 A
HETATM   13  C           0      -0.159  10.341 -23.493  0.00  0.00     0.086 A
HETATM   14  C           0       1.464  11.937 -24.408  0.00  0.00     0.032 A
HETATM   15  N           0      -1.455  10.327 -23.014  0.00  0.00    -0.228 NA
HETATM   16  C           0       0.764   9.292 -23.591  0.00  0.00     0.034 A
HETATM   17  C           0      -1.892  11.560 -23.136  0.00  0.00     0.141 A
HETATM   18  C           0       2.028   9.578 -24.093  0.00  0.00     0.002 A
HETATM   19  C           0       2.371  10.884 -24.493  0.00  0.00     0.002 A
HETATM   20  C           0      -3.271  11.921 -22.729  0.00  0.00     0.010 A
HETATM   21  C           0      -3.556  13.104 -22.033  0.00  0.00     0.015 A
HETATM   22  C           0      -4.875  13.438 -21.721  0.00  0.00     0.001 A
HETATM   23  C           0      -5.922  12.599 -22.107  0.00  0.00     0.000 A
HETATM   24  C           0      -5.648  11.433 -22.826  0.00  0.00     0.001 A
HETATM   25  C           0      -4.332  11.100 -23.142  0.00  0.00     0.015 A
HETATM   26  C           0      -0.449  16.486 -26.281  0.00  0.00     0.068 A
HETATM   27  C           0       0.708  16.308 -27.050  0.00  0.00     0.037 A
HETATM   28  C           0       0.892  17.073 -28.199  0.00  0.00     0.018 A
HETATM   29  C           0      -0.053  18.025 -28.604  0.00  0.00     0.010 A
HETATM   30  C           0      -1.218  18.179 -27.828  0.00  0.00     0.018 A
HETATM   31  C           0      -1.411  17.424 -26.679  0.00  0.00     0.037 A
HETATM   32  C           0       0.187  18.766 -29.854  0.00  0.00     0.141 A
.......
ATOM      1  CA  TYR A 149       3.100   5.225 -26.055  1.00 29.69     0.180 C
ATOM      2  CB  TYR A 149       2.285   5.396 -24.769  1.00 30.59     0.073 C
ATOM      3  CG  TYR A 149       1.081   6.278 -24.969  1.00 32.46    -0.056 A
ATOM      4  CD1 TYR A 149       0.066   6.294 -24.043  1.00 33.85     0.010 A
ATOM      5  CE1 TYR A 149      -1.030   7.110 -24.197  1.00 35.61     0.037 A
ATOM      6  CZ  TYR A 149      -1.128   7.932 -25.282  1.00 37.35     0.065 A
ATOM      7  CE2 TYR A 149      -0.125   7.944 -26.227  1.00 37.10     0.037 A
ATOM      8  CD2 TYR A 149       0.976   7.117 -26.062  1.00 34.74     0.010 A
ATOM      9  OH  TYR A 149      -2.246   8.725 -25.412  1.00 42.39    -0.361 OA
ATOM     10  HH  TYR A 149      -2.401   9.460 -24.831  1.00  0.00     0.217 HD
ATOM     11  CA  ARG A  61       5.519  21.813 -25.339  1.00 29.27     0.176 C
ATOM     12  CB  ARG A  61       4.122  21.385 -25.753  1.00 28.37     0.036 C
ATOM     13  CG  ARG A  61       3.883  21.369 -27.249  1.00 29.02     0.023 C
ATOM     14  CD  ARG A  61       2.806  22.366 -27.609  1.00 29.65     0.138 C
ATOM     15  NE  ARG A  61       1.532  21.673 -27.780  1.00 31.90    -0.227 N
ATOM     16  CZ  ARG A  61       0.395  21.994 -27.179  1.00 33.26     0.665 C
ATOM     17  NH1 ARG A  61       0.343  23.041 -26.361  1.00 33.10    -0.235 N
ATOM     18  NH2 ARG A  61      -0.700  21.265 -27.422  1.00 35.65    -0.235 N
ATOM     19 2HH1 ARG A  61      -0.532  23.288 -25.899  1.00  0.00     0.174 HD
ATOM     20 1HH1 ARG A  61       1.177  23.598 -26.176  1.00  0.00     0.174 HD
ATOM     21 2HH2 ARG A  61      -1.575  21.512 -26.960  1.00  0.00     0.174 HD
ATOM     22 1HH2 ARG A  61      -0.659  20.461 -28.050  1.00  0.00     0.174 HD
ATOM     23  HE  ARG A  61       1.516  20.875 -28.415  1.00  0.00     0.177 HD

autodock柔性对接结果分析问题
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1楼 2017-04-13 15:21:20
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longdlut

捐助贵宾 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
柔性对接后，氨基酸对接的坐标不是应该变化的吗
赞一下 回复此楼
2楼2017-04-14 09:51:56
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zhhgeren

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by longdlut at 2017-04-14 09:51:56
柔性对接后，氨基酸对接的坐标不是应该变化的吗

所以这样的结果是没有问题的对吧
赞一下 回复此楼
3楼2017-04-14 10:05:48
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