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autodock柔性对接结果分析问题 已有1人参与
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第一次学习使用autodock，用小分子和蛋白进行对接，获得的对接结果的pdb最后一部分如下，我选用的149和61位为柔性残基，采用的柔性对接，为什么得出的pdb61和149位氨基酸的坐标是有问题的？看图显示就是断了吗？想求教各位大家柔性对接都是这样的结果然后进行后期处理吗？还是我对接过程有问题进而导致获得的坐标有问题呢。 ATOM 1447 CE1 PHE A 148 0.441 4.621 -33.844 1.00 25.83 0.001 A ATOM 1448 CE2 PHE A 148 -0.067 2.500 -32.872 1.00 26.04 0.001 A ATOM 1449 CZ PHE A 148 -0.197 3.393 -33.907 1.00 26.23 0.000 A ATOM 1450 N TYR A 149 2.217 5.006 -27.212 1.00 27.38 -0.346 N ATOM 1451 HN TYR A 149 1.479 4.306 -27.136 1.00 0.00 0.163 HD ATOM 1452 C TYR A 149 4.036 4.043 -25.912 1.00 30.30 0.241 C ATOM 1453 O TYR A 149 3.603 2.961 -25.515 1.00 28.79 -0.271 OA ATOM 1454 N VAL A 150 5.318 4.249 -26.212 1.00 32.37 -0.344 N ATOM 1455 HN VAL A 150 5.687 5.200 -26.243 1.00 0.00 0.163 HD ATOM 1456 CA VAL A 150 6.202 3.110 -26.498 1.00 35.92 0.189 C ATOM 1457 C VAL A 150 7.339 2.916 -25.531 1.00 38.86 0.197 C ATOM 1458 O VAL A 150 7.732 3.806 -24.777 1.00 43.07 -0.646 OA ATOM 1459 CB VAL A 150 6.786 3.174 -27.917 1.00 35.06 0.010 C ATOM 1460 CG1 VAL A 150 5.646 3.265 -28.920 1.00 35.53 0.012 C ATOM 1461 CG2 VAL A 150 7.775 4.335 -28.065 1.00 34.37 0.012 C ATOM 1462 OXT VAL A 150 7.865 1.806 -25.521 1.00 42.94 -0.646 OA HETATM 1 C 0 -0.428 14.401 -25.095 0.00 0.00 0.201 C HETATM 2 C 0 -0.851 13.911 -23.702 0.00 0.00 0.120 C HETATM 3 O 0 -0.733 15.793 -25.136 0.00 0.00 -0.349 OA HETATM 4 C 0 -0.099 14.597 -22.514 0.00 0.00 0.014 C HETATM 5 C 0 -1.063 15.263 -21.516 0.00 0.00 0.036 C HETATM 6 C 0 -0.297 16.012 -20.421 0.00 0.00 0.270 C HETATM 7 N 0 0.620 15.092 -19.748 0.00 0.00 0.083 N HETATM 8 H 0 1.074 15.564 -18.970 0.00 0.00 0.315 HD HETATM 9 C 0 1.627 14.572 -20.672 0.00 0.00 0.270 C HETATM 10 C 0 0.947 13.745 -21.769 0.00 0.00 0.036 C HETATM 11 N 0 -0.940 12.433 -23.682 0.00 0.00 -0.322 N HETATM 12 C 0 0.191 11.643 -23.908 0.00 0.00 0.065 A HETATM 13 C 0 -0.159 10.341 -23.493 0.00 0.00 0.086 A HETATM 14 C 0 1.464 11.937 -24.408 0.00 0.00 0.032 A HETATM 15 N 0 -1.455 10.327 -23.014 0.00 0.00 -0.228 NA HETATM 16 C 0 0.764 9.292 -23.591 0.00 0.00 0.034 A HETATM 17 C 0 -1.892 11.560 -23.136 0.00 0.00 0.141 A HETATM 18 C 0 2.028 9.578 -24.093 0.00 0.00 0.002 A HETATM 19 C 0 2.371 10.884 -24.493 0.00 0.00 0.002 A HETATM 20 C 0 -3.271 11.921 -22.729 0.00 0.00 0.010 A HETATM 21 C 0 -3.556 13.104 -22.033 0.00 0.00 0.015 A HETATM 22 C 0 -4.875 13.438 -21.721 0.00 0.00 0.001 A HETATM 23 C 0 -5.922 12.599 -22.107 0.00 0.00 0.000 A HETATM 24 C 0 -5.648 11.433 -22.826 0.00 0.00 0.001 A HETATM 25 C 0 -4.332 11.100 -23.142 0.00 0.00 0.015 A HETATM 26 C 0 -0.449 16.486 -26.281 0.00 0.00 0.068 A HETATM 27 C 0 0.708 16.308 -27.050 0.00 0.00 0.037 A HETATM 28 C 0 0.892 17.073 -28.199 0.00 0.00 0.018 A HETATM 29 C 0 -0.053 18.025 -28.604 0.00 0.00 0.010 A HETATM 30 C 0 -1.218 18.179 -27.828 0.00 0.00 0.018 A HETATM 31 C 0 -1.411 17.424 -26.679 0.00 0.00 0.037 A HETATM 32 C 0 0.187 18.766 -29.854 0.00 0.00 0.141 A ....... ATOM 1 CA TYR A 149 3.100 5.225 -26.055 1.00 29.69 0.180 C ATOM 2 CB TYR A 149 2.285 5.396 -24.769 1.00 30.59 0.073 C ATOM 3 CG TYR A 149 1.081 6.278 -24.969 1.00 32.46 -0.056 A ATOM 4 CD1 TYR A 149 0.066 6.294 -24.043 1.00 33.85 0.010 A ATOM 5 CE1 TYR A 149 -1.030 7.110 -24.197 1.00 35.61 0.037 A ATOM 6 CZ TYR A 149 -1.128 7.932 -25.282 1.00 37.35 0.065 A ATOM 7 CE2 TYR A 149 -0.125 7.944 -26.227 1.00 37.10 0.037 A ATOM 8 CD2 TYR A 149 0.976 7.117 -26.062 1.00 34.74 0.010 A ATOM 9 OH TYR A 149 -2.246 8.725 -25.412 1.00 42.39 -0.361 OA ATOM 10 HH TYR A 149 -2.401 9.460 -24.831 1.00 0.00 0.217 HD ATOM 11 CA ARG A 61 5.519 21.813 -25.339 1.00 29.27 0.176 C ATOM 12 CB ARG A 61 4.122 21.385 -25.753 1.00 28.37 0.036 C ATOM 13 CG ARG A 61 3.883 21.369 -27.249 1.00 29.02 0.023 C ATOM 14 CD ARG A 61 2.806 22.366 -27.609 1.00 29.65 0.138 C ATOM 15 NE ARG A 61 1.532 21.673 -27.780 1.00 31.90 -0.227 N ATOM 16 CZ ARG A 61 0.395 21.994 -27.179 1.00 33.26 0.665 C ATOM 17 NH1 ARG A 61 0.343 23.041 -26.361 1.00 33.10 -0.235 N ATOM 18 NH2 ARG A 61 -0.700 21.265 -27.422 1.00 35.65 -0.235 N ATOM 19 2HH1 ARG A 61 -0.532 23.288 -25.899 1.00 0.00 0.174 HD ATOM 20 1HH1 ARG A 61 1.177 23.598 -26.176 1.00 0.00 0.174 HD ATOM 21 2HH2 ARG A 61 -1.575 21.512 -26.960 1.00 0.00 0.174 HD ATOM 22 1HH2 ARG A 61 -0.659 20.461 -28.050 1.00 0.00 0.174 HD ATOM 23 HE ARG A 61 1.516 20.875 -28.415 1.00 0.00 0.177 HD  image2.jpg |
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