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zhhgeren

铜虫 (初入文坛)

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专业: 理论和计算化学

[求助] autodock柔性对接结果分析问题已有1人参与

第一次学习使用autodock，用小分子和蛋白进行对接，获得的对接结果的pdb最后一部分如下，我选用的149和61位为柔性残基，采用的柔性对接，为什么得出的pdb61和149位氨基酸的坐标是有问题的？看图显示就是断了吗？想求教各位大家柔性对接都是这样的结果然后进行后期处理吗？还是我对接过程有问题进而导致获得的坐标有问题呢。
ATOM 1447  CE1 PHE A 148    0.441 4.621 -33.844  1.00 25.83    0.001 A
ATOM 1448  CE2 PHE A 148    -0.067 2.500 -32.872  1.00 26.04    0.001 A
ATOM 1449  CZ  PHE A 148    -0.197 3.393 -33.907  1.00 26.23    0.000 A
ATOM 1450  N TYR A 149    2.217 5.006 -27.212  1.00 27.38 -0.346 N
ATOM 1451  HN  TYR A 149    1.479 4.306 -27.136  1.00  0.00    0.163 HD
ATOM 1452  C TYR A 149    4.036 4.043 -25.912  1.00 30.30    0.241 C
ATOM 1453  O TYR A 149    3.603 2.961 -25.515  1.00 28.79 -0.271 OA
ATOM 1454  N VAL A 150    5.318 4.249 -26.212  1.00 32.37 -0.344 N
ATOM 1455  HN  VAL A 150    5.687 5.200 -26.243  1.00  0.00    0.163 HD
ATOM 1456  CA  VAL A 150    6.202 3.110 -26.498  1.00 35.92    0.189 C
ATOM 1457  C VAL A 150    7.339 2.916 -25.531  1.00 38.86    0.197 C
ATOM 1458  O VAL A 150    7.732 3.806 -24.777  1.00 43.07 -0.646 OA
ATOM 1459  CB  VAL A 150    6.786 3.174 -27.917  1.00 35.06    0.010 C
ATOM 1460  CG1 VAL A 150    5.646 3.265 -28.920  1.00 35.53    0.012 C
ATOM 1461  CG2 VAL A 150    7.775 4.335 -28.065  1.00 34.37    0.012 C
ATOM 1462  OXT VAL A 150    7.865 1.806 -25.521  1.00 42.94 -0.646 OA
HETATM 1  C          0    -0.428  14.401 -25.095  0.00  0.00    0.201 C
HETATM 2  C          0    -0.851  13.911 -23.702  0.00  0.00    0.120 C
HETATM 3  O          0    -0.733  15.793 -25.136  0.00  0.00 -0.349 OA
HETATM 4  C          0    -0.099  14.597 -22.514  0.00  0.00    0.014 C
HETATM 5  C          0    -1.063  15.263 -21.516  0.00  0.00    0.036 C
HETATM 6  C          0    -0.297  16.012 -20.421  0.00  0.00    0.270 C
HETATM 7  N          0    0.620  15.092 -19.748  0.00  0.00    0.083 N
HETATM 8  H          0    1.074  15.564 -18.970  0.00  0.00    0.315 HD
HETATM 9  C          0    1.627  14.572 -20.672  0.00  0.00    0.270 C
HETATM 10  C          0    0.947  13.745 -21.769  0.00  0.00    0.036 C
HETATM 11  N          0    -0.940  12.433 -23.682  0.00  0.00 -0.322 N
HETATM 12  C          0    0.191  11.643 -23.908  0.00  0.00    0.065 A
HETATM 13  C          0    -0.159  10.341 -23.493  0.00  0.00    0.086 A
HETATM 14  C          0    1.464  11.937 -24.408  0.00  0.00    0.032 A
HETATM 15  N          0    -1.455  10.327 -23.014  0.00  0.00 -0.228 NA
HETATM 16  C          0    0.764 9.292 -23.591  0.00  0.00    0.034 A
HETATM 17  C          0    -1.892  11.560 -23.136  0.00  0.00    0.141 A
HETATM 18  C          0    2.028 9.578 -24.093  0.00  0.00    0.002 A
HETATM 19  C          0    2.371  10.884 -24.493  0.00  0.00    0.002 A
HETATM 20  C          0    -3.271  11.921 -22.729  0.00  0.00    0.010 A
HETATM 21  C          0    -3.556  13.104 -22.033  0.00  0.00    0.015 A
HETATM 22  C          0    -4.875  13.438 -21.721  0.00  0.00    0.001 A
HETATM 23  C          0    -5.922  12.599 -22.107  0.00  0.00    0.000 A
HETATM 24  C          0    -5.648  11.433 -22.826  0.00  0.00    0.001 A
HETATM 25  C          0    -4.332  11.100 -23.142  0.00  0.00    0.015 A
HETATM 26  C          0    -0.449  16.486 -26.281  0.00  0.00    0.068 A
HETATM 27  C          0    0.708  16.308 -27.050  0.00  0.00    0.037 A
HETATM 28  C          0    0.892  17.073 -28.199  0.00  0.00    0.018 A
HETATM 29  C          0    -0.053  18.025 -28.604  0.00  0.00    0.010 A
HETATM 30  C          0    -1.218  18.179 -27.828  0.00  0.00    0.018 A
HETATM 31  C          0    -1.411  17.424 -26.679  0.00  0.00    0.037 A
HETATM 32  C          0    0.187  18.766 -29.854  0.00  0.00    0.141 A
.......
ATOM    1  CA  TYR A 149    3.100 5.225 -26.055  1.00 29.69    0.180 C
ATOM    2  CB  TYR A 149    2.285 5.396 -24.769  1.00 30.59    0.073 C
ATOM    3  CG  TYR A 149    1.081 6.278 -24.969  1.00 32.46 -0.056 A
ATOM    4  CD1 TYR A 149    0.066 6.294 -24.043  1.00 33.85    0.010 A
ATOM    5  CE1 TYR A 149    -1.030 7.110 -24.197  1.00 35.61    0.037 A
ATOM    6  CZ  TYR A 149    -1.128 7.932 -25.282  1.00 37.35    0.065 A
ATOM    7  CE2 TYR A 149    -0.125 7.944 -26.227  1.00 37.10    0.037 A
ATOM    8  CD2 TYR A 149    0.976 7.117 -26.062  1.00 34.74    0.010 A
ATOM    9  OH  TYR A 149    -2.246 8.725 -25.412  1.00 42.39 -0.361 OA
ATOM    10  HH  TYR A 149    -2.401 9.460 -24.831  1.00  0.00    0.217 HD
ATOM    11  CA  ARG A  61    5.519  21.813 -25.339  1.00 29.27    0.176 C
ATOM    12  CB  ARG A  61    4.122  21.385 -25.753  1.00 28.37    0.036 C
ATOM    13  CG  ARG A  61    3.883  21.369 -27.249  1.00 29.02    0.023 C
ATOM    14  CD  ARG A  61    2.806  22.366 -27.609  1.00 29.65    0.138 C
ATOM    15  NE  ARG A  61    1.532  21.673 -27.780  1.00 31.90 -0.227 N
ATOM    16  CZ  ARG A  61    0.395  21.994 -27.179  1.00 33.26    0.665 C
ATOM    17  NH1 ARG A  61    0.343  23.041 -26.361  1.00 33.10 -0.235 N
ATOM    18  NH2 ARG A  61    -0.700  21.265 -27.422  1.00 35.65 -0.235 N
ATOM    19 2HH1 ARG A  61    -0.532  23.288 -25.899  1.00  0.00    0.174 HD
ATOM    20 1HH1 ARG A  61    1.177  23.598 -26.176  1.00  0.00    0.174 HD
ATOM    21 2HH2 ARG A  61    -1.575  21.512 -26.960  1.00  0.00    0.174 HD
ATOM    22 1HH2 ARG A  61    -0.659  20.461 -28.050  1.00  0.00    0.174 HD
ATOM    23  HE  ARG A  61    1.516  20.875 -28.415  1.00  0.00    0.177 HD

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