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VMD建立的membrane模型有问题？有什么好的方法或模型吗？（磷脂双分子层模型） 已有1人参与
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我要用vmd构建了popc在立场charmm27立场下的的模型，但是出现了部分原子的干涉。发现一个问题就是vmd的bilayer lipid 的原模型不是固定的，就是当我的X Y长度不同时会导致单位面积的原子数不同（就是所取patch大小不同，会导致单面积原子密度不同）。也就是说这样的情况下我无法决定最适合的模型，而且出现干涉现象。 故想请教大家下有什么比较好的建模方式，我用的namd。有说用amder的，因为不是很熟悉，有相关的教程吗？ 如果可以的话，能分享一些popc pope dppc 的bilayer lipid的模型吗？ 谢谢大家  |
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