24小时热门版块排行榜

返回列表

赵少荣很棒

新虫 (初入文坛)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 43.1
帖子: 5
在线: 3.8小时
虫号: 5148141
注册: 2016-10-21
专业: 生物大分子结构与功能

[求助] VMD建立的membrane模型有问题？有什么好的方法或模型吗？（磷脂双分子层模型）已有1人参与

我要用vmd构建了popc在立场charmm27立场下的的模型，但是出现了部分原子的干涉。发现一个问题就是vmd的bilayer lipid 的原模型不是固定的，就是当我的X Y长度不同时会导致单位面积的原子数不同（就是所取patch大小不同，会导致单面积原子密度不同）。也就是说这样的情况下我无法决定最适合的模型，而且出现干涉现象。
故想请教大家下有什么比较好的建模方式，我用的namd。有说用amder的，因为不是很熟悉，有相关的教程吗？
如果可以的话，能分享一些popc pope dppc 的bilayer lipid的模型吗？
谢谢大家