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赵少荣很棒

新虫 (初入文坛)

[求助] VMD建立的membrane模型有问题?有什么好的方法或模型吗?(磷脂双分子层模型) 已有1人参与

我要用vmd构建了popc在立场charmm27立场下的的模型,但是出现了部分原子的干涉。发现一个问题就是vmd的bilayer lipid 的原模型不是固定的,就是当我的X Y长度不同时会导致单位面积的原子数不同(就是所取patch大小不同,会导致单面积原子密度不同)。也就是说这样的情况下我无法决定最适合的模型,而且出现干涉现象。
故想请教大家下有什么比较好的建模方式,我用的namd。有说用amder的,因为不是很熟悉,有相关的教程吗?
如果可以的话,能分享一些popc pope dppc 的bilayer lipid的模型吗?
谢谢大家
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摄氏三十九度

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
http://www.charmm-gui.org/?doc=input/membrane_only&step=1
2楼2017-04-11 14:58:04
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