24小时热门版块排行榜    

查看: 6027  |  回复: 8
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

Phys_Xu

木虫 (著名写手)


[求助] GSAS精修求助 已有2人参与

最近在学用GSAS-2精修一个结构,遇到了个问题,想求助各位虫友
自己的数据是用布鲁克收集的(步长),用的是GSAS里默认的仪器文件(defaults for CuKa lab data)

第一步修scale factor和background(background用的chebyschev,No.coeff. = 12)
修完后Final residuals: wR = 28.014% chi**2 = 430062.9 GOF = 10.30 Nobs = 4063 Nvals = 13 log10 MaxLambda = -3.0

第二步修Sample displacement和unit cell
修完后Final residuals: wR = 24.878% chi**2 = 339179.8 GOF = 9.15 Nobs = 4063 Nvals = 16 log10 MaxLambda = -3.0

第三步修size和microstrain
修完后Final residuals: wR = 7.496% chi**2 = 30794.4 GOF = 2.76 Nobs = 4063 Nvals = 18 log10 MaxLambda = -3.0

当我进一步精修原子位置时,wR反而升高了,很疑惑
Final residuals: wR = 33.559% chi**2 = 617155.6 GOF = 12.35 Nobs = 4063 Nvals = 18 log10 MaxLambda = -3.0

这是精修原子位置之前的图
GSAS精修求助
可是进行原子位置精修之后,拟合线(上图中深绿色的线)却看不到了,误差线几乎和原始数据一样大了
GSAS精修求助-1

求助各位,这是什么原因导致,该如何改进?@lich666@jackdeng
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

AllToo

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
Phys_Xu: 金币+5 2017-04-11 14:56:40
不知道你咋修的原子位置,貌似只有O1的z坐标值得一修。
Modeling_X-Ray_data_in_all_type![alltooxray@126.com]
3楼2017-04-11 11:39:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 9 个回答

Phys_Xu

木虫 (著名写手)


附上精修原子位置之前的报告,求各位指点
********************************************************************************
   General Structure Analysis System-II Crystal Structure Refinement
              by Robert B. Von Dreele & Brian H. Toby
                Argonne National Laboratory(C), 2010
This product includes software developed by the UChicago Argonne, LLC,
            as Operator of Argonne National Laboratory.
                          Please cite:
   B.H. Toby & R.B. Von Dreele, J. Appl. Cryst. 46, 544-549 (2013)
********************************************************************************

Least squares controls:
Refinement type:  analytic Hessian
Maximum number of cycles: 3
Regularize hydrogens (if any): False
Initial shift factor:  1.000

Phases:

Phase name:  Co0.333 Li1 Mn0.333
=======================================================================================================================================

X-ray scattering factors:
   Symbol     fa                                      fb                                      fc
---------------------------------------------------------------------------------------------------
Ni+2      11.41660   7.40050   5.34420   0.97730   3.67660   0.24490   8.87300  22.16260   0.86140
Li+1       0.69680   0.78880   0.34140   0.15630   4.62370   1.95570   0.63160  10.09530   0.01670
Co+3      10.33800   7.88173   4.76795   0.72559   3.90969   0.23867   8.35583  18.34910   0.28667
O-2        3.76936   2.53342   1.91579   1.55094  15.07970   6.30430  40.34450   0.31291   0.22789
Mn+4       9.96253   7.97057   2.76067   0.05445   4.84850   0.28330  10.48520  27.57300   0.25188

Neutron scattering factors:
   Symbol   isotope       mass       b       resonant terms
---------------------------------------------------------------------------------------------------
Ni+2    Nat. Abund.     58.700    1.030
Li+1    Nat. Abund.      6.941   -0.190
Co+3    Nat. Abund.     58.933    0.249
O-2     Nat. Abund.     15.999    0.581
Mn+4    Nat. Abund.     54.938   -0.375

Space Group: R -3 m
The lattice is centrosymmetric R-centered trigonal
The Laue symmetry is 3m1
The lattice point group is -3m
Multiplicity of a general site is 36
The inversion center is located at 0,0,0

The equivalent positions are:
(0,0,0; 1/3,2/3,2/3; 2/3,1/3,1/3)+

( 1)     X,     Y,     Z
( 2)    -Y,   X-Y,     Z
( 3)   Y-X,    -X,     Z
( 4)   Y-X,     Y,     Z
( 5)    -Y,    -X,     Z
( 6)     X,   X-Y,     Z

Atoms:
   name    type  refine?   x         y         z      frac site sym  mult I/A   Uiso     U11     U22     U33     U12     U13     U23
---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
    Li1   Li+1          0.00000   0.00000   0.00000   0.975-3m(100)    3    I 0.01000                                                
    Co1   Co+3          0.00000   0.00000   0.50000   0.333-3m(100)    3    I 0.01000                                                
    Ni1   Ni+2          0.00000   0.00000   0.50000   0.309-3m(100)    3    I 0.01000                                                
    Mn1   Mn+4          0.00000   0.00000   0.50000   0.333-3m(100)    3    I 0.01000                                                
     O1    O-2          0.00000   0.00000   0.24110   1.000 3m(100)    6    I 0.01000                                                
    Li2   Li+1          0.00000   0.00000   0.50000   0.025-3m(100)    3    I 0.01000                                                
    Ni2   Ni+2          0.00000   0.00000   0.00000   0.025-3m(100)    3    I 0.01000                                                

Unit cell: a = 2.85871  b = 2.85871  c = 14.22720  alpha = 90.000  beta = 90.000  gamma = 120.000  volume = 100.691  Refine? True

Spherical harmonics texture: Order:0

Phase:  Co0.333 Li1 Mn0.333  in histogram:  PWDR Pristine.gsa Bank 1
=======================================================================================================================================
Phase fraction  :     1.0000  Refine? False
Extinction coeff:     0.0000  Refine? False
March-Dollase PO:     1.0000  Refine? False  Axis: 0 0 1

Size model    : isotropic equatorial:       1.000 Refine? True
         LG mixing coeff.:       1.0000 Refine? False

Mustrain model: isotropic equatorial:      1000.0 Refine? True
         LG mixing coeff.:      1.0000 Refine? False

Hydrostatic/elastic strain:
names :         D11         D33
values:           0           0
refine:       False       False

Histogram:  PWDR Pristine.gsa Bank 1  histogram Id:  0
=======================================================================================================================================
Instrument type:  Bragg-Brentano
Histogram limits:     5.00 deg to    85.01 deg

Sample Parameters:
Goniometer omega = 0.00, chi = 0.00, phi = 0.00
name  :         Scale         Shift  Transparency    SurfRoughA    SurfRoughB
value :       49.9640      -51.1872        0.0000        0.0000        0.0000
refine:          True          True         False         False         False

Instrument Parameters:
name  :     Azimuth        Bank I(L2)/I(L1)        Lam1        Lam2    Polariz.        SH/L           U
value :    0.000000    1.000000    0.500000    1.540500    1.544300    0.700000    0.002000    2.000000
refine:                   False       False                               False       False       False


name  :           V           W           X           Y        Zero
value :   -2.000000    5.000000    0.000000    0.000000    0.000000
refine:       False       False       False       False       False

Background function:  chebyschev  Refine? True
Coefficients:   1121.560  -540.523  -660.275  2450.153  4420.846 -8734.928 -9989.495  9915.896  8358.299  -602.288 -1347.907
                -3599.143

Refinement results:
---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
Number of function calls: 7  No. of observations:  4063  No. of parameters:  18  User rejected:  0  Sp. gp. extinct:  0
Refinement time =    2.292s,    0.573s/cycle, for 4 cycles
wR =    7.50%, chi**2 =      30794.4, GOF =   2.76
----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
Variables generated by constraints

name  :          0::A0
value :         0.1640
sig   :         0.0000

Phases:
Result for phase:  Co0.333 Li1 Mn0.333
=======================================================================================================================================
Reciprocal metric tensor:
  names :            A11            A22            A33            A12            A13            A23
  values:    0.164031945    0.164031945    0.004933352    0.164031945    0.000000000    0.000000000
  esds  :    0.000006881                   0.000000456                                             
New unit cell:
  names :           a           b           c       alpha        beta       gamma      Volume
  values:    2.851052    2.851052   14.237342     90.0000     90.0000    120.0000     100.224
  esds  :    0.000100    0.000100    0.000657                                           0.007

Atoms:
   name      x         y         z      frac   Uiso     U11     U22     U33     U12     U13     U23
---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
    Li1   Li+1:
values:   0.00000   0.00000   0.00000   0.975 0.01000
sig   :                                             
    Co1   Co+3:
values:   0.00000   0.00000   0.50000   0.333 0.01000
sig   :                                             
    Ni1   Ni+2:
values:   0.00000   0.00000   0.50000   0.309 0.01000
sig   :                                             
    Mn1   Mn+4:
values:   0.00000   0.00000   0.50000   0.333 0.01000
sig   :                                             
     O1    O-2:
values:   0.00000   0.00000   0.24110   1.000 0.01000
sig   :                                             
    Li2   Li+1:
values:   0.00000   0.00000   0.50000   0.025 0.01000
sig   :                                             
    Ni2   Ni+2:
values:   0.00000   0.00000   0.00000   0.025 0.01000
sig   :                                             

Phase:  Co0.333 Li1 Mn0.333  in histogram:  PWDR Pristine.gsa Bank 1
=======================================================================================================================================
Final refinement RF, RF^2 = 4.63%, 10.08% on 18 reflections
Durbin-Watson statistic = 0.340
Bragg intensity sum = 9.44e+05

Size model:     isotropic equatorial:     0.00100, sig:  0.1551 LG mix coeff.:      1.0000

Mustrain model: isotropic equatorial:      5402.9, sig:    97.1 LG mix coeff.:      1.0000

Histogram:  PWDR Pristine.gsa Bank 1  histogram Id:  0
=======================================================================================================================================
PWDR histogram weight factor = 1.000
Final refinement wR = 7.50% on 4063 observations in this histogram
Other residuals: R = 5.25%, R-bkg = 9.09%, wR-bkg = 7.50% wRmin = 2.72%
Instrument type:  Bragg-Brentano

Resonant form factors:
Element:     Ni+2     Li+1     Co+3     Mn+4      O-2
f'     :   -3.004    0.001   -2.365   -0.530    0.049
f"     :    0.509    0.000    3.614    2.805    0.032

Sample Parameters:
names :         Scale         Shift  Transparency    SurfRoughA    SurfRoughB
values:      120.7487      -69.9699        0.0000        0.0000        0.0000
sig   :        0.4811        1.6698                                          

Background function:  chebyschev
value :       1030    -382.1     16.47    -106.6      1352    -748.9     -5410      4882      6871     -7212     -2079      2482
sig   :      4.213     29.91     119.7     494.9       899      2702      2564      6325      3067      6604      1298      2528
Background sums: empirical 4.5e+06, Debye 0, peaks 0, Total 4.5e+06
2楼2017-04-11 09:16:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Phys_Xu

木虫 (著名写手)


引用回帖:
3楼: Originally posted by AllToo at 2017-04-11 11:39:14
不知道你咋修的原子位置,貌似只有O1的z坐标值得一修。

多谢回复
phase - atom中,将refine项定为修X
我是将所有的原子的位置一起进行精修的
请问您是如何看出只有O的位置值得精修的
新手入门,还望老师指导
4楼2017-04-11 11:50:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Phys_Xu

木虫 (著名写手)


引用回帖:
3楼: Originally posted by AllToo at 2017-04-11 11:39:14
不知道你咋修的原子位置,貌似只有O1的z坐标值得一修。

老师,您好
我又重新做了一次,修原子坐标时只勾了氧原子的X
但是还是得到了和上面一样的结果
5楼2017-04-11 14:56:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
信息提示
请填处理意见